После присоединения новгородских земель Московия превратилась в балтийскую державу. В этом регионе тесно сплелись торговые и политические интересы разных стран, и появление нового, агрессивно настроенного государства вызвало вражду и тревогу. Однако Ивана III это нисколько не смущало. Целью его прибалтийской политики было стремление оградить Новгород и Псков от ливонских рыцарей и обезопасить от шведов выход через Неву в Финский залив. Заодно он хотел прибрать к рукам прибалтийскую торговлю, чтобы поправить свои финансовые дела.
Своего флота на Балтике Россия не имела, и вся русская торговля шла через иноземных перекупщиков. Новгородцы исстари торговали с Ганзой — мощным торговым союзом, объединявшим немецкие, голландские, английские и ливонские города. Оживленная ганзейская торговля всегда вызывала недовольство московских купцов, а также негоциантов-караимов во главе с Хозей Кокосом, которые были заинтересованы в том, чтобы убрать с русского рынка западных конкурентов.
В 1492 году великий князь приказал заложить на реке Нарове крепость Ивангород, названную в его честь. Это был не только мощный военный бастион, но и первый русский город-порт на Балтике, плацдарм для торгового проникновения в Европу. Первыми забили тревогу ливонские купцы, для которых восточная торговля была главным источником дохода. Прямая торговля русских с западом через Ивангород наносила непоправимый ущерб всему ливонскому купечеству. Это вызвало настоящий взрыв ненависти к русским в Прибалтике. Ганзейцы запретили своим купцам торговать в Ивангороде, ливонцы также игнорировали русский порт.
Дорогостоящий проект, любимое детище великого князя, зашатался. Тогда взбешенный Иван III объявил Ганзе настоящую войну. Поводом для нее послужили два эпизода, случившиеся в Ревеле с двумя русскими купцами. Первого купца Василия Захарьина ревельские власти обвинили в содомском грехе (зоофилии) и сожгли на костре, второго, некоего Василия Сарая, объявили фальшивомонетчиком и заживо сварили в кипятке. Причем казнь фальшивомонетчика случилась четыре года назад, и была просто поводом.
В ноябре 1494 году великий князь велел разгромить ганзейский двор в Новгороде. Сорок пять купцов из тридцати городов Европы, главным образом немцы и ливонцы, были схвачены, закованы в кандалы и брошены в тюрьму, где их продержали четыре года. Огромное количество ганзейских товаров было конфисковано, немецкая церковь Святого Петра в Новгороде разграблена и закрыта.
В ответ Ганза объявила торговый бойкот, запретив ввоз в Россию железа и цветных металлов. Бойкот поддержали все ливонские негоцианты. Попытки русских купцов самим выйти в море на малых невооруженных судах пресекались нападениями морских пиратов — каперов. Русско-балтийская торговля фактически прекратилась, упали доходы казны, Россия лишилась важнейших стратегических товаров.
Закрытие ганзейского двора — одна из крупных ошибок Ивана III. Не исключено, что он совершил ее, поддавшись чувству старой вражды к Новгороду, которая затуманила обычно здравый рассудок великого князя. Вместо того чтобы, используя многовековой новгородский опыт, шаг за шагом настойчиво проникать на западный рынок, он снова поступил как вспыльчивый восточный деспот, уронив тем самым свою репутацию в глазах Европы. Также бесплодно завершилась и война со Швецией, развязанная великим князем летом 1495 года. Огромная русская армия после безуспешной осады была вынуждена уйти от стен шведского Выборга.
Провал русской внешней политики в Прибалтике и ее будущий успех на литовском направлении вполне объяснимы. В Литве эта политика опиралась на утесняемых властями и католической церковью православных русских людей, как знати, так и простонародья. В Прибалтике такой опоры не существовало, а настороженное отношение к русским здесь сменилось откровенной враждой в ходе конфликта вокруг Ивангорода и последовавшего разгрома ганзейского двора.
Потерпев неудачу на балтийском направлении, русская дипломатия срочно переориентировалась на сближение с Литвой, еще недавно считавшейся главным врагом России. С 1487 года между Россией и Литвой шла вялотекущая война за пограничные территории. Военные действия сопровождались переманиванием в русское подданство православной литовской знати, недовольной католической экспансией и своим неравноправным положением. В числе перебежчиков мелькают имена древних княжеских родов: Воротынские, Вяземские, Мезецкие, Белевские, которые впоследствии составят цвет русской аристократии.