Собор был назначен на август 1503 года, но светская власть начала готовиться к нему значительно раньше. Пользуясь отсутствием четкого регламента Соборов и покорностью митрополита Симона Чижа, государевы дьяки фактически взяли на себя всю подготовительную работу этого, казалось бы, чисто церковного форума, решающего вопросы вероучения и канонического устроения. Можно только удивляться мастерскому владению тогдашними госчиновниками всеми аппаратными хитростями, которые сейчас принято называть политическими технологиями.
Во-первых, повестка дня. Предполагалось вынести на обсуждение вопросы, которые были связаны с негативными явлениями церковной жизни: о симонии, о вдовых попах, о совместных монастырях. Тем самым церковь заведомо ставилась в положение обвиняемой стороны. Вопрос о монастырских землях в первоначальной повестке Собора вообще не фигурировал, дабы захватить оппонентов врасплох и не дать им возможности подготовиться к дискуссии.
Во-вторых, состав участников и приглашенных. По традиции в соборах помимо архиереев принимали участие представители клира, монашествующих и мирян. Понимая, что епископат будет сопротивляться секуляризации земель, власти постарались пригласить побольше рядовых представителей духовенства, знатных мирян, а также высокопоставленных чиновников.
В-третьих, требовалось найти подходящего человека, который «озвучит» нужное властям предложение. Было очевидно, что если с этой идеей выступят сами «жидовствующие», то против них дружно ополчится весь Собор. Нужен был подвижник веры с незапятнанной репутацией. И тут власти вспомнили Собор 1490 года и заволжского старца Нила Сорского, который настаивал на снисхождении к еретикам и призывал церковь к отказу от «стяжания». По циничному раскладу властей прекраснодушный идеализм Нила Сорского как нельзя лучше соответствовал отведенной для него роли.
Весьма полезной для властей фигурой стал и князь Вассиан Патрикеев, уцелевший после зимней расправы 1498 года и насильственно постриженный в монахи. Отправленный в железах в Кирилло-Белозерский монастырь, он сблизился с Нилом Сорским и стал одним из его последователей. Но и поменяв боярскую шапку на монашескую скуфью, князь-инок остался человеком власти, мечтающим вернуться к ее высотам. Ради этого возвращения Вассиан Патрикеев, в недавнем прошлом один из крупнейших землевладельцев России, сделался ярым противником монастырского землевладения.
В-четвертых, следовало обезглавить оппозицию. Митрополита Симона Чижа можно было в расчет не принимать. Потенциальным лидером мог стать Геннадий Новгородский. В третий раз не пустить на Собор главу крупнейшей епархии было уже нельзя, это могло вызвать ненужный скандал. Оставалась надежда на то, что уже ограбленный Геннадий не будет сопротивляться ограблению других епархий. К тому же многолетнее напряженное противоборство с великим князем, митрополитом и высокопоставленными еретиками не прошли бесследно для новгородского владыки. Геннадий сильно сдал, и теперь наибольшую опасность для «жидовствующих» и их покровителей представлял Иосиф Волоцкий. Образованность, талант полемиста, яростная готовность отстаивать интересы церкви обеспечили ему широкую поддержку не только архиереев, но и рядового духовенства. Иван III понимал, что такого человека лучше иметь в стане союзников, нежели в стане противников. Ради этого великий князь был готов «отложить гнев» на игумена за нападки в свой адрес.
Накануне собора Иван Васильевич пригласил Иосифа Волоцкого во дворец, долго и задушевно беседовал с ним наедине о церковных делах. Разговор сразу зашел о ереси. Иосиф корил государя за то, что тот терпит возле себя «жидовствующих». Великий князь вздыхал и соглашался, винился в том, что дал еретикам «ослабу», а в завершение беседы твердо обещал «послать по всем городам обыскать и искоренить еретиков». Вряд ли он тогда собирался выполнять свое обещание. Пока готовился Собор, еретики еще были нужны государю, но он уже прощупывал почву для возможной сделки. Будучи опытным негоциантом от политики, Иван III хотел понять, какую цену можно будет запросить у церкви за головы «жидовствующих». Правда, у властей не было уверенности в том, что Иосиф Волоцкий поведет себя должным образом, поэтому был придуман запасной вариант его нейтрализации.