Не все соборяне были согласны с Волоцким. Князь-инок Вассиан Косой от лица старцев Кирилло-Белозерского монастыря обратился к нему с Посланием, в котором упрекал Иосифа в том, что он руководствуется примерами Ветхого Завета, забыв о христианском милосердии. Фактически Вассиан обвинил самого Иосифа в «жидовствовании»: «Господь не велел осуждать брату брата, а одному Богу надлежит судить человеческие согрешения. Господь сказал: не судите и не судимы будете, и когда к нему привели жену, виновную в прелюбодеянии, тогда премилостивый судья сказал: кто не имеет греха, пусть первым бросит в нее камень. Если ты, Иосиф, повелеваешь брату убивать согрешившего брата, то, значит, ты держишься субботства и Ветхого Завета. Ты говоришь: апостол Петр Симона-волхва поразил молитвой, сотвори же сам, господин Иосиф, молитву, чтобы земля пожрала недостойных еретиков или грешников!» «Ты говоришь, что катанский епископ Лев связал епитрахилью Лиодора и сжег при греческом царе, — язвительно продолжал Вассиан. — . Зачем же, господин Иосиф, не испытаешь своей святости? Свяжи архимандрита Кассиана своею мантией, чтобы он сгорел, а мы тебя извлечем из пламени, как единого из трех отроков!»
Нил Сорский на Соборе отсутствовал, но его позиция известна. Осуждая еретиков и предавая их проклятию, старец Нил был противником их казни. На Соборе звучали и другие голоса, предлагавшие заточить еретиков в монастыри, не предавая их смерти. Но непреклонный Иосиф отвечал, что это будет благом для мирян и погибелью для тех монастырей, которые примут еретиков.
В итоге большинство Собора поддержало Волоцкого. Только что принявшие самоочистительные меры по борьбе с внутрицерковными злоупотреблениями, соборяне считали себя вправе не щадить тех, кого они считали врагами церкви. Сказалось и влияние «западного примера» — инквизиционные костры в это время горели по всей Европе. Только испанская инквизиция отправила на костер около 30 тысяч человек.
Еще в тринадцатом веке знаменитый богослов Фома Аквинский дал теоретическое обоснование казни еретиков: «Извращать религию, от которой зависит жизнь вечная, гораздо более тяжкое преступление, чем подделывать монету, которая служит для удовлетворения потребностей временной жизни. Следовательно, если фальшивомонетчиков, как и других злодеев, светские государи справедливо наказывают смертью, еще справедливее казнить еретиков… Ибо, как говорит св. Иероним, гниющие члены должны быть отсечены, а паршивая овца удалена из стада, чтобы весь дом, все тело и все стадо не подвергались заразе, порче, загниванию и гибели. Арий был в Александрии лишь искрой, однако, не потушенная сразу, эта искра подожгла весь мир (Арий — основатель арианской ереси, отрицающей божественность Христа. — В.С.)»
Окончательный приговор Собора был страшен. Еретиков предали анафеме и приговорили публичному сожжению. Исполнение приговора возлагалось на светскую власть. Для большего эффекта решили устроить настоящее аутодафе по испанскому образцу сразу в двух городах, наиболее подверженных ереси — в Москве и Великом Новгороде.
27 декабря 1504 года, на третий день Рождества, при огромном скоплении народа на льду Москвы-реки состоялась казнь. В деревянном срубе, обложенном хворостом, ждали своей участи посольский дьяк Иван Волк Курицын, боярский сын Дмитрий Коноплев и бывший духовник государевой снохи Иван Максимов. Сначала объявили их вины, потом палач зажег хворост. Сруб окутался дымом и пламенем. Издавая звериные вопли, живыми факелами заметались казнимые, запахло горелым человеческим мясом. Когда все стихло, палач урезал язык Некрасу Рукавову. Его, захлебывающегося собственной кровью, увезли в Новгород. Купца Семена Кленова в железах отправили в Волоколамский монастырь.
Несколько дней спустя запылали костры на Духовском поле в Новгороде. Здесь сожгли юрьевского архимандрита Кассиана, его брата Ивана Самочерного, Гридю Квашню, Дмитрия Пустоселова, Некраса Рукавова и еще нескольких еретиков, чьи имена остались неизвестными. Всего в Москве и Новгороде, по приблизительным подсчетам, сожгли 27 человек. Это была первая в русской истории казнь еретиков, совершенная по приговору Собора Русской православной церкви. И хотя по сравнению с многотысячными казнями еретиков в странах Европы число казненных было сравнительно невелико, но страшный прецедент был создан. По выражению философа Соловьева, «наша инквизиция отличалась от испанско-католической лишь дровами: если в католических странах людей сжигали на березовых дровах, то у нас — на осиновых».