28 мая 1489 года скончался митрополит Геронтий. Почти через полтора только года был подыскан и поставлен ему преемник. Такую загадочную проволочку можно объяснить засильем при дворе великого князя еретической интриги. И это оправдывается появлением на митрополичьем троне личности, угодной еретикам. То был архимандрит Симонова монастыря Зосима, бывший чиновник великокняжеской канцелярии из фамилии Бородатых. Иосиф Волоколамский приписывает совращение в жидовство Зосимы протопопу Алексию, якобы Алексий «своим волхвованием подойде Державнаго, да поставит на престоле святительском скверного сосуда сатанина, его же он напои яда жидовского». По иронии судьбы именно Зосима, тотчас же по вступлении на кафедру, вынужден был соборно осудить еретиков. Активная работа Геннадия Новгородского неотложно вынуждала к этому. Геннадий воспользовался своим правом не давать разрешения на избрание нового епископа на освободившуюся коломенскую кафедру из опасения, что в данных условиях может быть по ошибке избран и тайный еретик. Это было в Послании Геннадия собору довольно прозрачным намеком на то, что на митрополичьей кафедре уже случилось такое несчастье. Таким образом, Геннадий до известной степени терроризовал и митрополита Зосиму, и великого князя. Последний распорядился, чтобы Собор 1490 года провел дело осуждения еретиков. И Собор действительно безотлагательно состоялся, всего 21 день спустя после поставления митрополита Зосимы — 17 октября 1490 года. Еретики все-таки достигли того, что соборное осуждение не было радикальным. Геннадий требовал розыска и осуждения решительно всех еретиков. А великий князь приказал окончить дело только о тех новгородских еретиках, которые фигурировали в розыске Геннадия. К ним присоединили еще двух лиц, которых очевидно уже никак нельзя было укрыть. Протопоп Алексей только что умер. Теперь изобличен был его двойник, протопоп Денис и чернец Захар, которого Геннадий изобличил как стригольника. Летопись сообщает нам, что еще до подписи соборного приговора прибывшие в Москву епископы не пожелали сослужить в Архангельском соборе вместе с Денисом и с позором изгнали его из алтаря: «Изыде, человече, из святого алтаря, не достоин еси соборне служити со святыми епископами. Пришли на вас речи неподобные еще при Геронтии, митрополите всее Руси, и не на одного убо тебя, да и списки ваших дел и грамоты Геннадия, архиепископа новгородского на вас пришли». По розыску Геннадия, игумен Немчинова монастыря Холмского округа Псковской области Захар три года не причащался и запрещал причащаться и своим монахам: «А у кого-де и ся причащати? Попы-де и по мзде ставлены… коли-де и в Царьград ходил есть митрополит ставитися, и он-де и патриарху деньги давал, а ныне-де и он боярам посулу дает тайно; ино-де и у кого причащатися?» Из этого именно Геннадий и «познал, что стригольник». Очевидно, и Геннадию было привычно думать, что стригольники все еще водятся в Новгородской земле. Так смыкаются хронологически две ереси, да и по существу образуют единый фронт против церкви. Захар, легко наказанный Геннадием просто ссылкой в другой монастырь, бежал в Москву, ставшую покровительницей вольнодумства, и оттуда рассылал агитационные письма по разным местам, браня в них самого Геннадия еретиком.