Но князь великий помирился с митрополитом, ездил к нему на Симонове, упрашивал возвратиться на престол, обещал слушаться его и не противоречить ему «в хождении, яко же велит, как было в старину». Митрополит же, возвратившись в Москву, нашел случай отомстить Геннадию. Геннадий разрешил в сочельник Крещенский в своем монастыре пить и есть до Богоявленской воды, по той причине, что день этот пришелся в воскресенье. Сам летописец говорит, что Геннадий не поступил против устава, так как в уставе указано есть в таком случае по ломтю хлеба и пить по чаше вина, но не сказано когда: перед вечернею или после Богоявленской воды. Митрополит послал взять Геннадия под стражу, но тот убежал к сильному стороннику своему великому князю. Митрополит сам пошел к великому князю и много говорил на Геннадия. Он обвинял его, во-первых, за то, что Геннадий поступил самовластно — разрешил на пищу, не спросясь у митрополита; во-вторых, за то, что он обесчестил святую воду, которая дается оглашенным вместо причастия, а верным только в день Богоявления натощак, прежде антидора. Против таких доводов нечего было сказать, и великий князь выдал Геннадия митрополиту. Геронтий велел его сковать и посадить в ледник. Но недолго томился Геннадий. Великий князь и бояре его (в числе их и Кутузовы — Борис Васильевич и Юрий Шестак, тогда приближенные к великому князю) убедили бывшим у многих на памяти примером митрополита Ионы, уже чудотворца, простить Геннадия: Иона простил, «мало потязав» Феодосия архиепископа Ростовского, разрешившего в таком же случае накануне Богоявления есть мясо (ПСРЛ, т. УП, с. 234). Через два года после этого события, а именно в январе 1485 года, Геннадий поставлен был архиепископом Великого Новгорода и Пскова.
В летописях нет никаких известий о том, как принялся он за свою новую паству, которая не хотела покориться его предшественнику, первому назначенному Москвою архиепископу, и отзывалась о нем невыгодно, что видно из слов новогородского летописца о Сергии.
Но Геннадия ничем нельзя было испугать. Он был крепок разумом и силой и деятельно принялся за паству.
В Новгороде в то время господствовал ужас. Большие бояре были выведены оттуда. Наряду с только что придавленными, еще не затихнувшими страстями господствовало раздражение против Московской митрополии за пленение архиепископа Феофила. В духовенстве новгородском издавна коренилась нелюбовь к московской духовной власти.
Теперь это чувство усилилось — после отнятия половины сел и деревень от монастырей и церквей новгородских на великого князя Московского. Некоторые невежественные попы, дьяконы и клирики отличались, кроме того, безбоязненною дерзостью; долгое время не сдерживаемые рукой архипастыря, они отвыкли и от внешней благопристойности в соблюдении церковных обрядов. Легко было возмутить таких людей и без того раздраженных покорением и разграблением Новгорода и отнятием церковных имуществ.
За 15 лет до приезда Геннадия, когда новгородцы в последний раз призвали к себе князя, прибыл с Михаилом Олельковичем в Новгород жид Схария. Есть несомненные свидетельства, что он был очень ученый человек, по крайней мере, таким казался он русским его современникам.
Со Схарием прибыли и другие евреи, занесшие в Новгород новое учение. Некоторые из духовных лиц поддались новому учению и, в свою очередь, втайне увлекали других. Таков был наш ересиарх протопоп Алексей, наружным благочестием которого пленился великий князь Иван Васильевич в бытность свою в Новгороде и взял его с собою в Москву.
Та же непросвещенная часть духовенства, о которой мы говорили прежде, легко поддалась смущению. Ересь вызвала накипевшую издавна ненависть к поборам местных архиерейских десятинников, а затем к Москве и к насилиям. Ненависть эта слилась в одно с ненавистью к самой религии, на которую еретики наталкивали попов, диаконов и клириков. В числе семнадцати первых по времени еретиков, которых имена дошли до нас, было тринадцать духовных: шесть попов, два поповских сына, один дьякон, два дьяка и двое крилошан.
Ненависть еретиков к церкви выразилась грубым образом. О их нечестивых делах свидетельствуют Иосиф и Геннадий. Еретики новогородские не только истребляли кресты и иконы, но и выдумывали различные способы оскорбления этих священных предметов: кусали их, бросали в скверные места; спали на иконах и мылись на них, обливали их нечистотами; изображали срамные вещи на крестах и навязывали их воронам на хвост. Вдобавок оскорбляли иконы словами и дразнили лики святых непристойными движениями.