Первое сведение о ереси дошло до архиепископа почти случайно: четверо еретиков, в нетрезвом виде поссорившись, упрекнули друг друга в нечестивых делах и тем обнаружили ересь. Геннадий прежде встретился с иконоборством и бесчинством грубых последователей Схарии, попов Алексея и Дениса, и в продолжение некоторого времени не знал ничего о еретиках-проповедниках и их учении. Уличив еретиков, Геннадий послал их в Москву и требовал, чтобы их предали городской казни. До нас не дошли Послания Геннадия к великому князю и митрополиту, равно как не дошло и розыскное или следственное дело о еретиках. Дело это называется в летописи: «подлинники архиепископа Геннадия», или «подлинные» его «списки». Вместе с подлинниками Геннадий препроводил к митрополиту тетрадь, почему они (еретики) молились по-жидовски и где псалмы были превращены на их обычаи. После того Геннадий обратился с Посланием к Прохору, епископу Сарскому, жившему в Москве, на Крутицах, причем объяснял ему отчасти самую ересь и изобличал притворство еретиков. В Москве не горячо взялись за дело о еретиках, тянули его и Геннадию не слали ответа. Сам митрополит повел себя двусмысленно в этом деле. Таков был характер Геронтия: мстительный, придирчивый, скорее упрямый, чем самостоятельный. Прежде он отказывался от митрополии, когда в нем была надобность; теперь, когда великий князь Иван Васильевич, воспользовавшись отъездом митрополита на Симоново, советовался со старцем Паисием о замещении Геронтия другим лицом, митрополит не хотел расстаться со своим престолом и, по выражению современника, боялся державного. Он утратил уже прежний авторитет в то время, как получены были в Москве Геннадиевы грамоты о еретиках, почему и не стал крепко за дело, к которому великий князь относился мягко, оказывая покровительство некоторым из еретиков. Недовольный замедлением и проволочкою дела, Геннадий вновь обратился с Посланием, и на этот раз к Нифонту, епископу Суздальскому, прося его печаловаться перед великим князем и митрополитом, чтобы «потщалися тому делу исправление учинити, занеже ныне, как продлилось то дело, обыск ему не крепок чинитца». В этом же Послании Геннадий описывает ужасный для слуха верующих поступок двух еретиков, из которых один оказался племянником еретика Гриди Клоча, внесенного Геннадием в подлинники. Вскоре (через месяц) после этого Послания к Нифонту, противень с которого был отправлен к другому епископу, Филофею Пермскому, Геннадий получил от великого князя и митрополита ответ о еретиках.
В нем Геронтий говорит о получении грамот Геннадия к нему и великому князю и отдельно упоминает о списках: «Да и списки еси на тех ересников прислал к нам, почему еси обыскивал, как они хулили Сына Божия и пречистую его Матерь». Геронтий объявляет, что великий князь с ним и со всем православным собором рассудили дело о еретиках, признав виновными в ереси троих: попа Григория, попа Ересима и попа Григорьева сына, Самсона диакона. Этих троих предали в Москве градской казни. Известие об ней, занесенное в летопись, свидетельствует, что и сам летописец в то время имел еще смутное понятие о новой ереси. Обвинив троих, Московский собор не подверг отлучению от церкви, проклятию и казни Гридю Клоча — диака. «Не дошел еще по правилом градские казни, потому что на него один свидетель, поп Наум», — пишет Геннадию Геронтий.
Послание свое митрополит заключает такими словами: «А князь великий приказал с тобою того дела обыскивати наместником Якову да Юрыо Захариичем. И ты бы с ними того дела обыскивал вместе и которые дойдут по правилом твоей святительств духовные казни и ты их духовне казни, а которые дойдут градские казни, ино тех наместники великого князя казнят градскою казнью. Да обыскивал бы еси, сыну, то дело прилежно, чтобы христианство в взмущеньи не было, а церковь бы Божия безмятежна была».
Из этого не видно, чтобы Геронтий стоял за ересь. Но его, строгого ревнителя буквы закона, никто и не обвиняет в сочувствии к ереси, а только в слабости. Ему следовало с большей горячностью ополчиться на ересь и не снимать опалы с еретика Гриди Клоча. По крайней мере, так думал современник его Иосиф: «И сам (Геронтий) убо христианская мудроствуя, о прочих же ни мало попечеся, погибающим, о увы мне, христовем овцам еретическим учением, или грубостию с держимь, или нерадяше о сих, или бояшеся державнаго». Последняя причина, что Геронтий боялся державного всего возможнее. Еретиков обратно послали к Геннадию в Новгород.