Из заключительных слов Послания Геронтиева к Геннадию мы видели, что этому последнему было приказано разыскивать ересь вместе с наместниками великого князя двумя братьями Яковом и Юрием Захарьевичами Кошкиными.
О ревности Геннадия в преследовании еретиков свидетельствует тот же Иосиф, говоря, что Геннадий из чащи божественных писаний устремился как лев, чтобы ногтями растерзать внутренности скверных еретиков, напившихся жидовского яда. Дело о первых еретиках окончилось зимою 1488 года. Год этот был несчастлив для Новгорода и Москвы. В Новгороде наместник Яков Захарьевич Кошкин совершал лютые казни (сек и вешал новгородцев) «понеже хотели убити наместника», и в эту же зиму более 7000 новгородцев были уведены из Новгорода в Москву. В Москве, под самый светлый праздник, прошел слух о предстоящем пожаре: в сенях великокняжеского дворца чернец из Галича прокричал ужасное пророчество. Страх распространился по городу, и купцы уже выносили товар из лавок. Но лето подходило к концу, пророчество все еще не сбывалось, как вдруг 13 августа загорелась деревянная церковь Благовещения на болоте и пламя истребило все богатые домы, двор и городовую стену, и мосты, и множество зданий городских, и до 30 церквей. Сгорел и дом митрополита Геронтия и только что отстроенный дворец великого князя. Слабый духом Геронтий не вынес потрясения: к следующей весне 1489 года его не стало.
В это время главные еретики находились в Москве. Еще за девять лет до этого поп Алексей и поп Денис привезены были самим великим князем из Новгорода в Москву и определены им в протопопы, первый к Благовещенью, второй — к Архангелу. Тогда Геннадий был в Москве. Он, как видно, в продолжении пяти лет, до самого отъезда в Новгород, ничего не знал о существовании ереси.
Алексей и Денис не принадлежали к тому разряду грубых еретиков, о которых было говорено выше. Они оба были первыми учениками жида Схарии (по свидетельству Иосифа Волоцкого) и прельстили великого князя умом своим и книжным образованием. Они поняли, как им должно вести себя в Москве и вели себя осторожно «таились, как змеи в скважине», по выражению Иосифа; но в то же время тайно распространяли еретическое учение. Наконец им удалось образовать кружок из грамотных людей, разделивших их мнения. Из лиц этого кружка известен более других Федор Курицын, дьяк великого князя, бывший не раз в Литве, посылавшийся послом в Волошскую землю, по поводу брака великого князя Ивана младого, Ивановича, с Еленою, дочерью воеводы Стефана. Курицын, также как и протопоп Алексей, «прилежал», по словам Иосифа, «звездозаконию и многим баснотворениям, чародейству и чернокнижию». Кроме этого современного свидетельства о многосторонней учености Курицына, мы имеем догадку о том, что он привез из Венгрии известную повесть о Дракуле. Имеем также Лаодикийское послание, переписанное им в ту пору, когда он был уже осужден за ересь.
В этом кружке находился какой-то Мартынка, которого Курицын вывез из Угорской земли. Из москвичей в него попали крестовые дьяки великого князя, Истома да Сверчок и купец Семен Кленов. Последние трое, по свидетельству Иосифа, многих научили жидовству. О Семене Кленове сохранилось сведение, что он письменно излагал свои религиозные убеждения. Между еретиками находился еще какой-то Иван Черный, которого современник отличил в своем рассказе тем, что он книги пишет. Зять протопопа Алексея, новгородский еретик Иван Максимов был тут же среди московских еретиков и ему-то и довелось склонить к ереси вдову Елену Стефановну, невестку великого князя. Кружок собирался ни у кого другого, как у Курицына. Еретики толковали между собой о вере и по выражению современника поучались на православных.
Влиятельный Курицын, а с ним и другие достигли того, что преемником Геронтия был избран человек из их среды.
В сентябре 1490-го (когда настал 6999 год) поставлен был на митрополию архимандрит Симоновский Зосима. Он, как еретик, не мог, само собою разумеется, не питать вражды к Геннадию. И вот послал он в первый же месяц по своем поставлении к архиепископу Новгородскому с требованием от него исповедания, какое обыкновенно давали архиереи при своем поставлении. В ответ на такое требование Геннадий написал митрополиту Послание. Из него видим, что Геннадий оскорбился требованием исповедания, которое он, при своем поставлении, положил «пред митрополита Геронтия». Узнаем также, что как митрополит, так и сам великий князь не желали видеть Геннадия в Москве.