Почти одновременно с этим требованием великий князь и митрополит, каждый в свою очередь, прислали Геннадию грамоту о том, чтобы он изъявил согласие на поставление владыки на упразднившийся престол Коломенской епископии, но не сообщили ему имени того, кому надлежало быть епископом. Геннадий не захотел дать такой безымянной отписи: «Аз отписи даю такие законные, как оные братья наши давали», писал он к собору епископов и просил митрополита и великого князя сообщить ему имя будущего Коломенского владыки, а равно и впредь именовать ему тех, кого случится ставить в архиереи.
Около того же времени, преследуя по-прежнему еретиков, Геннадий допрашивал возвратившегося из Москвы Самсонко и на допросе узнал от него подробности о кружке Федора Курицына и обо всех тех лицах, которые бывают у великокняжеского дьяка. Этот Самсонко оказался еретиком, как подтвердило следствие, которое по обыкновению Геннадий производил не один, а со своим боярином, с игуменами, священниками и с двумя боярами великого князя и с его же боярскими детьми, как пишет он сам в своем Послании к собору.
Самсонко передан был Геннадием гражданскому суду. Его пытали. В Москве стали говорить, что Геннадий мучил Самсонко. «Аз ли того Самсонка мучил», — защищается Геннадий в Послании к собору епископов, — «ведь пытал его сын боярской великого князя, а мой только был сторож, чтобы посула никто не взял». После этого в Москве перестали доверять его обыскам.
Между тем в Новгороде появилось вновь иконоборство, и среди многих нечестивых поступков особенно резко выдался поступок, ужаснувший набожную душу Геннадия. Подьячий Алексей Костев, живший на поместье в Новгороде, напился пьян, влез в часовню, «да сняв с лавици икону пречистые на нее скверную воду спускал и иные иконы в верх ногами переворочал». Этот нечестивый поступок дошел впоследствии до сведения Досифа.
Но всего тяжелее для Геннадия была борьба с чернецом Захаром. Около Новгорода, в Немчинове был монастырь, в котором настоятелем был чернец Захар. Пришли раз к Геннадию чернецы этого монастыря и жаловались на Захара, что он уговорил их отойти от своего государя, князя Вельского, у которого они были боярскими детьми, и вот прошло три года, как он не дает им причастия и сам не причащается. Геннадий призвал к себе Захара.
«Зачем ты так чинишь и три года не причащался?» — спросил Захара Геннадий. «Грешен есми», — отвечал Захар. И Геннадий опять спросил его: «Зачем ты перестриг детей боярских, от их государя отвел их и от Бога отлучил — три года не давал им причастия?» Тогда Захар отвечал ему: «А у кого причащаться? Попы по мзде ставлены, митрополит же и владыки тоже по мзде ставлены». «Митрополита ставят не по мзде», — возразил Геннадий, на что Захар ему молвил: «Коли в Царьград ходил митрополит ставитися и он патриарху деньги давал. А ныне он бояром посулы дает тайно, а владыки митрополиту дают деньги — ино у кого причащатися?»
Тогда Геннадий, как сам он выражается, познал, что Захар — стригольник, и вслед за тем сослал его в пустыню, на Горнечно (?).
Через несколько времени получил архиепископ грамоту о чернеце Захарии от самого великого князя.
Грамота повелевала Геннадию наказать духовно Захара и затем отпустить его в свой монастырь, в Немчиново. Архиепископ исполнил повеление, отослал Захара в Немчиново, но с тем вместе взял с него клятвенную запись его руки. Захар обязывался ею — иметь отца духовного и причащаться, ручался также и за чернецов, что они также будут принимать причастие.
Горько было узнать Геннадию, что Захар престулил клятву, в монастырь свой не попал, а отправился в Москву, и там клятвопреступник и еретик нашел себе защиту.
Желая подорвать значение Геннадия, Захар стал рассылать по всем городам грамоты и в них писал, что Геннадий — еретик.
Этот последний поступок Захара задел Геннадия за живое, и он решился действовать как против Захара, так и против еретиков вообще.
На вышеупомянутые требования митрополита Геннадий отвечал Посланием. В нем, между прочим, он говорит митрополиту о еретиках, что некоторые из них, искренно покаявшиеся, подверглись эпитимии, потом же бежали в Москву, где нашли себе опору. Геннадий прямо указывает на Федора Курицына, что он главный заступник еретиков и ходатай за них; жалуется и на чернеца Захара; упрекает великого князя за нежелание призвать его, Геннадия, в Москву. От самого Зосимы Геннадий требует созвания собора на еретиков и смело указывает митрополиту на великие обязанности первосвятителя, и убеждает его быть строгим обличителем ереси жидовствующих.