Всю надежду на спасение Русской земли от ереси Иосиф возлагает на Нифонта. «И ныне, господине, о том стати на крепко некому, опроче тебя, государя нашего» — и несколько далее: «Глава бо еси всем и на тебе вси зрим; и тобою очистит Господь свою церковь и все православное христанство от жидовские и пагубныя и скверныя ереси», Иосиф сулит епископу в царстве небесном награду, равную награде св. исповедников, и в след за тем напоминает ему о хорошем времени благоденствия и мира.
Вероятно, тут он имел в виду те года второй половины XV века, когда выступил он сам и другие современные ему монахи на путь подвига и благочестия. Это время появления подвижников было вместе с тем и временем распространения благочестия и грамотности между боярами и служилыми людьми. Там и сям, в непроходимой глуши и в городах возникал монастырь за монастырем. В Москве возвысились чудные храмы и мощи святителей ее возблагоухали святостью.
Если в смутное время мы порадовались со Христом — продолжает Иосиф — и были его любимцами, то не будем ему врагами в ратное время. Иисус распят был за нас безгрешный; неужели и мы за распятого нас ради не постраждем? Затем Иосиф просит епископа вспомнить святых исповедников, до крови о благочестии пострадавших и указывает на их славу и благолепие, «гроби их фимиамом мирисают и мощи их цветут яко благоуханный цвет». Потом говорит, что в нынешние последние времена «лютейшия паче всех времен» пришло то отступление, о котором предрек апостол Павел. Отступление это Иосиф видит в том, что ересь распространяется: многие держат ее в тайне; везде — в домах, и по дорогам, и на торжищах иноки и миряне, и все сомневаются и пытают о вере. Под влиянием еретиков — сыновей и зятя ересиарха протопопа, учатся жидовству, у них и у самого «сатанина сосуда» митрополита, к которому ходят и даже спят у него.
Расположив епископа к подвигу вообще, Иосиф, в частности, указывает на то, что именно надо делать Нифонту: он просит его научить всех православных христиан не ходить к Зосиме, не брать у него благословения, не есть и не пить с ним, угрожая в противном случае осуждением и вечным огнем. Иосиф боится, чтобы Нифонт не усомнился в истине взводимых им на Зосиму скверных дел, потому что находятся люди, которые уверяют, что ничего бесчинного за митрополитом нет. Иосиф уверяет, что есть достоверные свидетели на митрополита и их свидетельства слышал и сам он, Нифонт. Это последнее находится в прямой связи со словами Иосифа (тотчас по объяснении скверных дел Зосимы): «Сказывал ти, государю моему, брат мой Вассиан». Брат Иосифа был в то время в Москве, и Иосиф действовал чрез него.
Опровергнув отзывы, оправдывающие Зосиму, Иосиф переходит к новому опровержению. Он восстает против еще «иных», которые проповедовали терпимость: «А иные, господине, говорят, что грех еретика осуждати».
Речь об этом кончается прославлением Святой Троицы и словом «аминь». И тут только, в виде приписки, следует разобранный нами выше ответ Иосифа Нифонту о еретическом проклятии. Тон всего письма почтителен: везде Иосиф, обращаясь к Нифонту называет его: господине и государь, богоутвержденный, богопочтенный владыко. Советуя Нифонту действовать против Зосимы, Иосиф извиняется пред ним: «Ныне же, богоутвержденный Владыко, о сих тебе пишу, не яко уча и наказуя твое остроумие и богоданную премудрость: ни бо лепо есть забыта своее меры и таковая дерзати, но яко ученик учителю, яко раб государю воспоминаю тебе и молю» и т. д.
К Посланию Иосифа к Нифонту прибавлена еще приписка как в рукописях, так и в печатном издании.
Рассматривая ее как часть Послания к Нифонту, ученые наши (Шевырев, профессор казанский, а за ними и священник Булгаков) пришли к заключению, что Нифонт провел первые годы своей юности в Боровском Пафнутьевом монастыре, вместе с Иосифом, что дружеский союз Иосифа с Нифонтом был так крепок, что первый спустя много времени с сильной скорбию вспоминает разлуку с последним. Но приписка эта не относится к Нифонту, а написана Иосифом как отдельное письмо к своему брату Вассиану, о котором он упоминает в Послании к Нифонту, как о посреднике между ним и Нифонтом, и через которого было переслано Послание к последнему. Иосиф мог на одной и той же тетради написать и Нифонту, и брату. Приписка эта могла войти в сборники нераздельно с Посланием к Нифонту. Первый, близкий к делу переписчик мог случайно не означить, что эта приписка относится к Вассиану. Другие позднейшие переписчики не хорошо вникли в содержание и также не означили, что приписка относится к брату Иосифа, Вассиану. Тон приписки резко отличается от тона разобранного нами Послания. В приписке Иосиф называет того, к кому пишет, братом: «о любимый и сладчайший ми брате» и это братское, скорее учительское, чем ученическое, отношение выдержано от начала до конца; тогда как в Послании к Нифонту везде соблюдена почтительная форма выражения, свойственная игумену, поставленному в необходимость давать советы епископу, Иосиф в самом начале приписки грустит о том, что разлучился с братом и что они более не живут вместе, как жили когда-то. Известно, что Вассиан, брат Иосифа, долго жил при последнем в Боровском монастыре и был в иосифовом монастыре в первые годы его основания. Кроме того, из Послания к Нифонту видно, что Вассиан как раз в то время был в Москве.