Примирительный образ действий великого князя имел влияние на то, что ни один из иерархов не подавал голоса против еретиков. Не могло быть неизвестным, что Курицын еретик, когда еще в 1490 году Геннадий заявил о нем, что он первый печальник и заступник еретикам. Геннадий держал себя осторожно и, наказав еретиков новгородских, усердно занимался своей паствой, делами псковскими, переводом Библии и прочими делами, ознаменовавшими жизнь этого замечательного человека.
Как же смотрел на ересь и как держал себя в отношении к еретикам Симон, митрополит?
Вероятно, так же как Геннадий. Не без ведома митрополита еретик Зосима приобщался на орлеце в монастыре Сергия преподобного.
В конце 1497 года открылся заговор против Димитрия-внука, и великий князь положил гнев на супругу и сына и опалу на их приверженцев, и вслед за тем посадил на великое княжение внука.
У нас нет никаких современных свидетельств о том, что враги ереси, в то время как разыгрывалась на Москве драма соперничества двух политических партий, примыкали к Софии и Василию.
Из позднейших событий и свидетельств мы знаем, что те, которые боролись с ересью, сильно сочувствовали Василию и его партии и в свою очередь пользовались расположением этого великого князя и его друзей. Расположение к Василию во время борьбы партий видно из следующего свидетельства летописца современника: «По диавольскому навожению и лихих людей совету, всполеся князь великы Иван Васильевичь на сына своего князя Василиа да и на жену свою на великую княгиню Софью» и т. д. Но не расположение к одной партии не есть еще вмешательство в дела партий. И если митрополит не преследовал ереси, то тем более нельзя было от него и всего освященного собора ожидать вмешательства в дела великого князя. На венчании внука, на этом нововведенном обряде, который совершал митрополит с приличными торжеству речами, мы видим собор архиереев и в числе их Нифонта, епископа Суздальского, которого за пять лет до того вызывал Иосиф Волоцкий на подвиг исповеднический. Но нет в числе их ни Прохора Сарского, ни Иоасафа Ростовского, к которым в первые годы борьбы с ересью обращался с Посланиями Геннадий. Прохор оставил свой епископский стол еще в 1493 году, а Иоасаф ранее.
Ровно через год по венчании внука опала постигла князя Ряполовского и родственников великого князя Патрикеевых. Наместник московский, князь Иван Юрьевич Патрикеев, и сын его Василий Косой, враги Софии и Василия, едва избежали смертной казни — участи Ряполовскаго. По ходатайству митрополита, отец пострижен был у Троицы, сын отослан в Кириллов-Белозерский монастырь, где принял имя Вассиана и там сделался учеником монаха Нила Майкова, впоследствии основателя пустыни на Соре реке. С опалою, постигшею Патрикеевых (в феврале), совпадает пожалованье Василия Ивановича в великие князья Новгорода и Пскова (марта 21).
С возвышением Василия Ивановича начинается эпоха соборов о церковном устроении, на которых деятелем был и Иосиф Волоцкий.
Среди самих православных во второй половине XV столетия возникли разномнения. Краткий обзор их здесь объяснит несколько вопросов, разъединявших умы в то время. Некоторые из таких вопросов были возбуждены и решены так или иначе на соборах, созванных в первые годы XVII века.
В 1479 году возник спор о хождении вокруг церкви, о котором мы говорили выше. Вслед за тем занял умы вопрос о том, нужно ли двоить или троить аллилуйю? Геннадий спрашивал письменно об аллилуйи Димитрия старого (толмача). Толкуя в своем ответе архиепископу (1486) самое слово «аллилуйа», толмач допускает и двоение и троение этого молитвенного возгласа. Но мне ее помнит, говорит он тут же, что и у нас о том спор бывал между великих людей.
Рядом с этими разномнениями существовал разлад еще более сильный в местных религиозных верованиях. Еще в 1471 году митрополит Филипп подозревал новогородцев в намерении отпасть от правой веры.
Новогородцы, как известно, хотели иметь свою независимую от Московской митрополии иерархию.
Несомненно, что местночтимые в Новгороде святые, до присоединения Новгорода, не чтились в Москве, а московских чудотворцев не признавали в Новгороде. Когда Геннадий уже в сане архиепископа приехал в Новгород, ему нужно было вводить в Новгороде чествование московских святых. Всенародно во время крестного хода Геннадий воспел каноны московским чудотворцам Петру, Алексию и вновь прославленному Ионе. Первый Новгородский архиепископ — москвич, избранный и поставленный на Москве, по известию Новгородской летописи, не с должным благоговением отнесся к почитаемому новгородцами за Святого святителю Моисею и в свою очередь за то пострадал: ему стали являться древние новгородские святители и вслед за тем «прииде на него изумление», говорит новгородский летописец: «овогда видяху его в Евфимиевской паперти в одной ряске сидяща, овогда же видяху его в полдни у святой Софии седяща водной ряске и без манатии, и свезоша его болна к Троицы в Сергиев монастырь». Московская летопись, приводя известие об удалении того же архиепископа, говорит, что новгородцы отняли у него ум волшебством, причем связывает это волшебство с св. Иоанном Новгородским, о котором отзывается без уважения, говоря, что он на бесе ездил.