Затем Иосиф переходит к изложению обязанностей царей, князей и судей земских, которым святые апостолы и преподобные отцы повелели карать злодеев. Те, которые учили не щадить еретиков, говорили против вмешательства духовных лиц в гражданский суд. Иосиф ополчается против такого мнения и примерами св. мужей доказывает, что духовным лицам следует осуждать еретиков и по осуждении отдавать их на казнь гражданской власти. И если духовные не должны убивать еретиков руками, то вместо того могут убивать их одним словом своим, подобно тому, как апостол Петр словом поразил Ананию, как Лев епископ Катанский сказал слово — и сгорел огнем Лиодор.
Это последнее положение Иосифа вызвало насмешку Вассиана в полемическом Послании к Иосифу: «а ты бы архимандрита Кассьяна своею мантиею связал и держал бы его в пламени, а мы бы тебя приняли вышедшего из пламени, как одного из трех отроков». Но доводы Иосифа и приведенные им примеры благочестивых царей греческих подействовали на того, кто по матери был прямой потомок последних царей Византии — Василий Иванович понял Иосифа и вместе с тем и те царские обязанности, о которых ему писал Иосиф. Последний же знал, какую силу имел великий князь Василий у отца, уже ослабевшего телом и духом.
Состоялся наконец Собор, созванный в Москве в декабре 1504 года. На соборе присутствовали Симон митрополит и епископы под председательством самого Василия Ивановича.
Но на Соборе не было того, кто первый открыл ересь и по чьему настоятельному требованию был созван первый собор на еретиков при митрополите Зосиме, в 1490 году. Геннадий в то время был лишен своего престола и как бы в заключении пребывал в Чудове, где был когда-то архимандритом. В Петрово говенье в июле того же самого года Геннадий был во второй раз вызван в Москву и там лишен архиепископства за то, что будто бы нарушил постановление прошлогоднего собора (где, однако, он сам был деятельным лицом), будто бы взял мзду, по совету любимца своего дьяка Гостенкова. По крайней мере, летописец так объясняет причину сведения Геннадия. (Архиепископ Филарет видит в этом обвинении дело врагов Геннадия.)
Обыскали еретиков, осудили знатных и москвичей, и новгородцев, переселившихся в Москву еще во время митрополита Геронтия. Но какую же было изобрести казнь на хулителей имени Божьего? Надо было изобрести примерную и ужасную кару. В памяти многих была казнь Матиаса ляха, толмача латинского и князя Лукомского, сожженных в 1493 году на Москве-реке, в клетке, за посягательство на жизнь самодержца. Свершить такую же казнь с врагами Божьими казалось всего приличнее. Дьяка Волка Курицына, Ивана Максимова и какого-то Митю Пустоселова сожгли в клетках. Некраса Рукавова, по отрезании языка, отослали в Новгород и там сожгли вместе с архимандритом Касьяном, братом Касьяна Ивашкою Самочерным, и многими другими.
Остальных еретиков, по всей вероятности таких, которых нельзя было обвинить в иконоборстве и хулении святыни, разослали по монастырям. В числе последних был и еретик Семен Кленов, которого вместе с его еретическими книгами послали в монастырь Иосифа.
Это последнее распоряжение исходило от воли великого князя-отца. И вот ему-то, Ивану Васильевичу, написал Иосиф, лишь только привезли к нему Кленова, Послание.
Послание это написано просто и невитиевато. Оно не растянуто и не снабжено примерами из истории церкви и текстами из святых отцов. Иосиф упрекает великого князя за то, что он прислал в монастырь к нему «еретика Семена Кленова и его речи еретические написаны, что он мудрствовал» — говорит, что и вообще не должно еретиков рассылать по обителям и тем делать пользу мирянам и гибель инокам. На всех соборах еретиков по проклятии ссылали в заточение. Кто же из них хочет принести покаяние, тот может это сделать и в темнице. В конце Иосиф прибавляет, что нельзя верить покаянию нынешних еретиков, которые не приносили его до тех пор, пока их не устрашили казни.
Вскоре появилось новое Послание от заволжских старцев, в котором доказывалось, что не следует разыскивать и истязать еретиков в том случае, если они держат ересь в тайне, не распространяя и не обнаруживая ее ничем. В этом же Послании доказывалось и то, что еретика и отступника, если таковой принесет покаяние, следует впускать в церковь и даже допускать к причащению Божественных тайн. Тут же опровергалось мнение Иосифа о беспощадной строгости к еретикам. Это «любопрепирательное послание», как его называет Иосиф, не дошло до нас. Свидетельства о его содержании имеем в ответном Послании к старцам, которое носит название — Послания к старцам о повиновении соборному определению.