После смерти И. В. Сталина идеологическое давление на историческую науку несколько ослабло, что естественным образом сказалось на состоянии исследовательской деятельности: сокращалось количество агитационно-пропагандистских работ и, напротив, наблюдался рост числа собственно научно-исследовательских трудов. В поле зрения ученых попадают различные аспекты государственно-церковных отношений: реализация первых декретов советской власти, изъятие церковных ценностей в связи с голодом 1921-1922 гг., партийная политика и деятельность общественных организаций (прежде всего Союза воинствующих безбожников) в области атеистической работы, эволюция ее форм и методов10. Кроме того, впервые появляются исследования, посвященные собственно церковной жизни: в фокусе внимания Н. С. Гордиенко, И. Я. Трифонова, П. К. Курочкина, А. К. Козыревой и др. оказываются Церковный собор 1917-1918 гг., внутрицерковная борьба 1920-х гг. и история обновленческого раскола и др.11
В марийской, мордовской и чувашской историографии тема государственно-церковных отношений как самостоятельная в данный период не выделялась, будучи включенной как составная часть в рассмотрение других вопросов. Так, вопрос отделения Церкви от государства и школы от Церкви анализировался в рамках изучения общего развития образования в регионах12, конфликтная ситуация первых лет нового строя рассматривалась в обзорах, посвященных установлению советской власти на территории национальных уездов13, «контрреволюционная» роль духовенства в период изъятия церковных ценностей нашла отражение в общих обзорах борьбы с голодом 1921-1922 гг.14 Много внимания уделялось анализу атеистической работы, причем как общей ее характеристике15, так и выделению и оценке, например, гендерного аспекта16 или развития антирелигиозных литературных жанров (сатиры и пр.)17. По-прежнему имело место издание юбилейных выпусков, в которых также отводилось существенное место достижениям на «безбожном» фронте18. В 1960-е гг. вопросы государственно-церковных отношений являлись неотъемлемой частью обобщающих работ по истории национальных регионов, а также местных партийных и комсомольских организаций19. Литературу этого периода уже следует с полным на то основанием относить к научно-исследовательской; именно в этот период был заложен тот фундамент, на который в последующие годы опирались новые поколения историков.
С конца 1970-х гг. отечественную историографию характеризуют две тенденции: увеличение числа исследований на региональном материале и отход – при общем сохранении курса – от жестких догматических норм прежних лет. Конечно, элемент изначальной заданности трактовок оставался превалирующим и в новых исследованиях, зато произошло существенное расширение источниковой базы за счет включения в научный оборот крупных комплексов архивных материалов, в т. ч. партийных. Формированию более целостной картины государственно-церковных отношений способствовали и тематические региональные исследования: в 1970-е – начале 1980-х гг. были подготовлены диссертации по истории «религии и атеизма» по материалам Центральной России, Сибири и Забайкалья20.
Региональная историография также характеризуется изменением в лучшую сторону качественной и количественной сторон исследовательских работ. В фокус внимания ученых, помимо продолжающихся от прежних этапов тем (общая история региона с рассмотрением в соответствующих параграфах и вопросов государственной конфессиональной политики21, атеистическое воспитание населения22, история партийных и комсомольских организаций23), попали вопросы становления собственных наций и формирования национальной интеллигенции с экскурсом в оценку места и роли духовного сословия24, изучение некоторых филологических (фольклорных, литературоведческих) вопросов антирелигиозной работы25, отражение антирелигиозной составляющей творчества выдающихся представителей национальной литературы26.
Состоявшаяся в апреле 1988 г. встреча Генерального секретаря ЦК КПСС М. С. Горбачева с Патриархом Пименом может быть названа пограничьем двух крупных этапов в развитии отечественной историографии государственно-церковных отношений. Религия впервые в советский период стала рассматриваться не как враждебный институт, а как некий социокультурный феномен27. Сказалось это и в области научных исследований. Увидевшие свет в конце 1980-х -начале 1990-х гг. работы отличались более уравновешенным, а то и критическим по отношению к государственной линии подходом со стороны историков. В фокусе внимания оказались отдельные методологические аспекты советской церковной политики, в том числе была высказана мысль и об отсутствии у советских и партийных лидеров единой линии в религиозном вопросе28.