Таким образом, этап «стихийного федерализма» закрепил идеологию иждивенческого подхода к получению финансовой помощи из федерального бюджета и сопровождался обострением вертикальной и горизонтальной несбалансированности бюджетной системы. Однако этот этап имел важное значение для развития теории, методологии и практики межбюджетных отношений в Российской Федерации, поскольку, во-первых, достаточно ясно стала проявляться проблема отсутствия единых правил и нормативной базы для формирования региональных бюджетов. Во-вторых, этот опыт дал основу для разработки методологии распределения и расчетов финансовой помощи.
Принятие в конце 1993 г. новой Конституции России и упрочение позиций федерального центра привели к упорядочению межбюджетных отношений и началу нового, второго этапа их развития. Этот этап начался в 1994 г. и продлился до 1998 г.
Главным достижением этого этапа явилось создание в 1994 г. Фонда финансовой поддержки регионов (ФФПР), средства которого впервые стали распределяться на основе использования специальной формулы. При этом были расширены налоговые полномочия региональных и местных органов власти и одновременно начался процесс легализации (в форме договоров и соглашений) ранее неформальных двухсторонних договоренностей между федеральным центром и наиболее влиятельными субъектами Федерации.
До 1996 г. источником ФФПР являлся налог на добавленную стоимость (НДС) по товарам отечественного производства. В 1994 г. в федеральный бюджет шло 22 % поступлений этого налога, а в 1995 г. – 27 %. Затем фонд формировался за счет 15 % общего объема налоговых поступлений в федеральный бюджет (за исключением подоходного налога и ввозных таможенных пошлин).
Существовали и особые правила расходования средств ФФПР. Определение исходной базы для расчета трансфертов производилась по формуле, в которую были заложены два основных параметра: среднедушевой бюджетный доход и среднедушевой бюджетный расход экономического района. За базу прогнозируемых доходов бралась ожидаемая оценка поступления налогов и других бюджетных доходов за предшествующий год. Прогнозируемые расходы бюджетов определялись исходя из общей суммы расходов по отчету за 1991 г. с учетом уточнений с последующей индексацией расходов, а также включением новых видов расходов, появившихся позднее.
До 1997 г. ФФПР состоял из двух частей, предназначенных для финансирования двух типов регионов – «нуждающихся в поддержке» и «особо нуждающихся в поддержке». «Нуждающимся в поддержке» назывался регион, для которого норма средней бюджетной обеспеченности на одного жителя была ниже средней по стране. «Особо нуждающимся» являлся такой регион, для которого собственные доходы не обеспечивали финансирования текущих затрат. С 1997 г. такое разделение уже не предусматривалось. В 1997 г. была введена новая группировка регионов: полностью расположенные в районах Крайнего Севера, частично относящиеся к районам Крайнего Севера и приравненные к ним местности; все остальные.
В этот период стало ясно, что методика расчета доходов субъекта исходя лишь из среднедушевого бюджетного дохода нацеливает субъектов Федерации на сохранение иждивенческого подхода к получению трансфертов. Согласно логике этого механизма, чем меньше бюджетные доходы того или иного региона, тем больше у него шансов получения трансферта, и, следовательно, практически исчезают стимулы по увеличению доходной части региональных бюджетов. Более того, при действовавшей системе трансфертов в ряде случаев получалось, что среднедушевой доход населения в регионах, получающих трансферты, оказывался выше не только среднедушевого бюджетного дохода по России в целом, но и по тем регионам, которые не получают трансферты.
Незавершенность реформы межбюджетных отношений привела в 1996–1998 гг. к новому витку системного кризиса. На фоне расширения индивидуальных двухсторонних договоренностей между федеральным центром и регионами усилилась централизация бюджетной системы. Был восстановлен «закрытый» перечень региональных и местных налогов. Соблюдение единых нормативов распределения поступлений федеральных налогов между федеральными и региональными бюджетами на практике не выполнялось. Были ограничены также права регионов по эмиссии ценных бумаг, резко возрос объем «нефинансируемых федеральных мандатов».