Субъективизм в распределении финансовой помощи регионам вновь стал усиливаться, чему способствовали как политические причины, так и недостатки принятой в 1994 г. методики распределения трансфертов. Ни один из внесенных в этот период Правительством Российской Федерации в Государственную Думу РФ вариантов распределения трансфертов не был принят. Методика распределения трансфертов, по сути, «прикрывала» сохранение прежней практики индивидуальных договоренностей и политического торга.
В итоге, за период с 1993 по 1997 г. резко возросло число дотационных бюджетов. Если в 1993 г. их было 54 (61 % общего числа), в 1995 г. – 78 (88 %), в 1996 г. – 75 (84 %), то в 1997 г. – 81 (91 %). Это являлось лишним доказательством того, что сложившаяся к середине 90-х гг. система межбюджетных отношений лишь частично соответствовала внешним признакам бюджетного федерализма. Ее главными недостатками являлись следующие:
1) расходные полномочия для каждого уровня бюджетной системы были не в полной мере обоснованы и закреплены;
2) отсутствовал комплексный подход к выравниванию социально-экономического развития регионов с учетом целевых федеральных программ;
3) региональные власти не были заинтересованы в увеличении налогового потенциала и росте собственных бюджетных доходов, а помощь, которую регионы требовали от федерального правительства, значительно превосходила его возможности;
4) недостаточная нормативная база для обоснования потребностей в бюджетных расходах.
В 1998 г. Правительством РФ была подготовлена и принята «Концепция реформирования межбюджетных отношений в Российской Федерации в 1999–2001 гг.». Именно эта концепция послужила основой нового, третьего этапа реформирования межбюджетных отношений в России.
Основной целью принятой в 1998 г. «Концепции реформирования межбюджетных отношений в Российской Федерации в 1999–2001 гг.» стал поэтапный переход к принципиально новой методике распределения трансфертов ФФПР, основанной на сопоставлении реальной бюджетной обеспеченности регионов с использованием объективных оценок расходных потребностей и налогового потенциала территорий.
Концепцией устанавливалось, что реформа межбюджетных отношений должна обеспечивать: повышение эффективности использования и управления финансовыми ресурсами бюджетной системы Российской Федерации; выравнивание возможностей реализации на всей территории страны минимального уровня установленных Конституцией РФ и федеральным законодательством социальных гарантий, финансирование которых должно осуществляться из бюджетов всех уровней; создание условий для повышения эффективности социально-экономического развития регионов.
В соответствии с Концепцией реформирование межбюджетных отношений было ориентировано, прежде всего, на разграничение налоговых полномочий федеральных и региональных органов власти, доходных источников бюджетов разных уровней. Были уточнены и упорядочены перечни федеральных региональных и местных налогов, стали отрабатываться механизмы сбора налоговых платежей по месту деятельности предприятий – налогоплательщиков и месту жительства граждан, что в значительной мере способствовало укреплению налогового потенциала.
Существенные изменения претерпели механизмы бюджетного выравнивания и распределения финансовой помощи из федерального бюджета. Была сделана попытка разделения сферы финансовой помощи на текущую и инвестиционную. Средства финансовой поддержки инвестиционной деятельности в регионах были консолидированы в Фонде регионального развития. Стимулирование бюджетных и экономических реформ на региональном уровне осуществлялось через Фонд развития региональных финансов, средства которого распределялись на конкурсной основе.
Выравнивание бюджетной обеспеченности по текущим расходам осуществлялось через ФФПР, а также вновь создаваемый Фонд компенсаций, который был предназначен для полного финансирования так называемых федеральных мандатов – расходных обязательств, возложенных на региональные бюджеты федеральными законами «О государственных пособиях гражданам, имеющим детей», «О ветеранах» и «О социальной защите инвалидов Российской Федерации» и др.
За 1999–2001 гг. был реформирован ФФПР и внедрена принципиально новая, более прозрачная и объективная методика распределения трансфертов, направленная на выравнивание бюджетной обеспеченности регионов при одновременном создании стимулов для проведения на местах рациональной и ответственной бюджетной политики.