Борьбой окруженных советских воинов руководил штаб обороны, во главе которого встали коммунисты — полковник П. М. Ягунов, комиссар И. П. Парахин, полковник Ф. А. Верушкин, подполковник Г. М. Бурмин. Был образован полк обороны Аджимушкая с четырьмя батальонами и специальными командами разведчиков, радистов, истребителей танков, интендантской частью, госпиталем, группой по добыче воды и группой «слухачей», наблюдавших за взрывными работами на поверхности. Вся жизнь подземного гарнизона велась строго по уставу РККА, и это значительно повысило его обороноспособность.
В первых ожесточенных схватках с гитлеровцами смертью храбрых пали командир 1-го батальона старший лейтенант Н. Н. Белов, капитан В. М. Левицкий, лейтенант Новиков, младший лейтенант Павел Салтыков и десятки других героев.
Над каменоломнями день и ночь гремели выстрелы, разрывы гранат и мин, затем заухали мощные разрывы авиабомб, которыми гитлеровцы хотели вскрыть центральные подземные траншеи. К 20 мая 1942 года в Керчь из Берлина прибыли самолеты, которые доставили секретное оружие для борьбы с непокорными советскими людьми. Этим оружием оказался новый газ, изобретенный фашистскими учеными. Газ находился в больших баллонах и гранатах особой конструкции.
Засыпав камнями и землей от взрывов все выходы из каменоломен, гитлеровцы подвели к щелям трубы от баллонов со сжатым газом. Через пробуренные отверстия вниз бросали гранаты. А тех, кто пытался выбраться наверх, разили из пулеметов и автоматов.
Первая газовая атака была проведена в ночь на 25 мая. За ней последовали другие — в течение нескольких дней с интервалами 3–5 часов. Эту трагедию описал в своем дневнике младший лейтенант Александр Иванович Трофименко — один из героев Аджимушкая.
От газов и обвалов погибло не менее 10 тысяч человек. Часть людей в бессознательном состоянии попала в руки гитлеровцев.
Но и эти варварские атаки не сломили волю оставшихся в живых защитников Аджимушкая. Конец мая и июнь они не давали покоя карателям. Однако силы их с каждым днем таяли. Люди гибли от голода и жажды, от газовых атак, гибли во время вылазок из каменоломен.
В начале июля трагически погиб Павел Максимович Ягунов. Выходец из крестьянской семьи села Чебаргино, Осташевского района, Мордовской АССР, он прошел трудный жизненный путь. Ему рано пришлось уйти из дому на заработки. Гражданская война застала 18-летнего рабочего в Средней Азии, где он вступил добровольцем в 1-й Отдельный Туркестанский коммунистический батальон и участвовал в боях с белоказаками под Актюбинском. Затем в рядах 5-го Туркестанского стрелкового полка сражался на юге Советской республики против белогвардейцев Деникина.
Кончилась гражданская война, и он снова в Средней Азии. Во главе красноармейского отряда преследует басмаческие банды, ликвидирует гнезда контрреволюции. К этому времени выбор был сделан: Павел Максимович стал кадровым военным. В 1937 году он командир полка на юге страны. Коммунист, грамотный, вдумчивый и решительный командир, отзывчивый товарищ, хороший семьянин и отец.
Перед войной он служил в Бакинском военном пехотном училище. Затем — фронт, Крым, Аджимушкай…
Под стать Ягунову был его помощник — кадровый военный Федор Алексеевич Верушкин. Война застала его с семьей в Симферополе. Коммунист, волевой командир, он пользовался авторитетом в гарнизоне и округе.
С первых дней войны Федор Алексеевич занимался формированием новых частей Красной Армии. Затем — участие в обороне Крыма, тяжелое ранение, госпиталь в Аджимушкае и снова бои…
Комиссар гарнизона Иван Павлович Парахин был потомственным шахтером. В 1921 году вступил в партию, затем учился, был на партийной работе. С 1935 года в армии. Это мужественный, твердого характера человек, умевший раскрыть человеческую душу и помочь добрым советом.
Командование обороной каменоломен после гибели Ягунова принял-Григорий Михайлович Бурмин, кадровый военный, танкист, участник боев на Халхин-Голе. В Крыму во главе танкового полка он прикрывал арьергарды пехотных частей, оборонял до последнего часа завод имени Войкова и уже после блокады Аджимушкая пробился в каменоломни с группой бойцов. После многодневных упорных боев, больших потерь в составе гарнизона Парахин, Верушкин и их товарищи оказались в гестаповской тюрьме Симферополя. Их долго пытали и, ничего не добившись, расстреляли.
Последние разрозненные группы обессиленных защитников Аджимушкая ушли из каменоломен в ноябре 1942 года, когда землю засыпало мокрым снегом.
Среди участников аджимушкайской обороны выделялись А. И. Пирогов, П. Е. Сидоров, Н. С. Данченко, Н. Д. Филиппов, В. М. Левицкий, А. Г. Голядкин, В. А. Соловьев, Н. П. Горошко, В. И. Шукевич, П. И. Скилевой, Г. И. Бармет, Трибулин, В. И. Костенко, Г. К. Деркач, Ф. Ф. Казначеев, Н. А. Ефремов, М. Г. Поважный, А. М. Воронов, А. П. Казмирчук, В. И. Колодин, И. Жунускулов, А. Чукулюк, 3. С. Егорова, медсестры Аня Чурова и Лида Гордеева, пулеметчик Ковалев, красноармеец Г. Я. Хазаров и многие другие храбрые бойцы, имена которых еще не раскрыты.
В ноябре 1943 года части Отдельной Приморской армии форсировали Керченский пролив и одним из первых освободили поселок Аджимушкай. То, что увидели воины в каменоломнях, трудно поддается описанию. Несколько тысяч людей погибли у входов и отдушин, задохнувшись от газов. Они находились в позах, говоривших об ужасных мучениях. Из катакомб было извлечено свыше 3 тысяч трупов. Позднее стали известны имена тех, кто душил советских людей газами. Чудовищное преступление совершила группа гитлеровцев с погонами генералов и офицеров. Среди них:
Генерал Гакциус — командир 46-й немецкой пехотной дивизии, скрывшийся от возмездия.
Капитан войск СС Пауль Книпе.
Командир специальной команды унтер-офицер Бонфик, прибывший из Берлина для осуществления газовых атак.
Командир 88-го саперного батальона капитан Ганс Фрелих (Фрей-лих), 1916 года рождения, в гитлеровской армии с 1937 года, награжден Железным крестом 1 степени и медалями. Отъявленный нацист. В мае 1945 года взят в плен. Сумел скрыть свои преступления и в 1949 году репатриирован на родину в Нюрнберг.
Обер-лейтенант Ганс Нойбауэр — заместитель Фрелиха, 1905 года рождения, из Баварии. В 1946 году был объявлен розыск как военного преступника.
Командир 2-й роты 88-го саперного батальона Фриц Линеберг. Особенно зверствовал в районе Аджимушкайских каменоломен. Имел награды за «геройство» при уничтожении женщин, детей и стариков.
Командир 1-го взвода роты 88-го батальона обер-ефрейтор Берн-гардт Браун, 1921 года рождения. Руководил и осуществлял подрывные работы, в частности по закрытию выходов из каменоломен.
Оберефрейтор Рудольф Гуземан, 1919 года рождения, из Дюссельдорфа, член союза гитлеровской молодежи. За злодеяния над советскими людьми награжден Железным крестом и медалью «За Крым».
Фельдфебель Вильгельм Флеснер, 1915 года рождения. Руководил взрывными работами в Аджимушкае. Награжден двумя Железными крестами, медалью «За Крым».
Ф. Линеберг, Б. Браун, Р. Гуземан, В. Флеснер были осуждены советским судом. Сроки заключения — 25 лет. Но, руководствуясь гуманностью, правительство СССР вскоре репатриировало их на родину для дальнейшего отбывания наказания.