Бабёфа обвинили в служебном подлоге. 4 февраля Бабёфа отстранили от должности и дело его передали прокурору в Мондидье.
Между тем, Бабёф отправился в Париж, чтобы протестовать против действий департаментской администрации. Узнав о передаче дела прокурору, он решил остаться в столице. Здесь у Бабёфа нашлись друзья: Сильвен Марешаль — известный журналист, неутомимый проповедник безбожия и будущий участник «заговора равных» — устроил его на службу сначала в продовольственную администрацию при Парижской коммуне, потом в Комиссию продовольствия при Комитете общественного спасения.
Жил Бабёф в Париже открыто, нигде не скрывался, принимал у себя жену и детей. Лучшим его оправданием могло послужить то, что и сам Бабёф и семья его по-прежнему не вылезали из самой жестокой нужды. «Несчастные, — писал он в это время жене, — они обвиняют меня в том, что я изменил своим обязанностям ради денег. Пусть придут они посмотреть на дело своих рук! На моих детей, которые плачут, потому что у них нет хлеба!»
Та новая служба, на которую устроили Бабёфа его друзья, требовала добросовестности, рвения и наличия революционного чутья. Никогда еще за время революции продовольственный вопрос не стоял так грозно, как в эти зимние месяцы 1793/94 года. Когда рука реакционной шайки из Мондидье дотянулась до Парижа и Бабёф был арестован (14 ноября 1793 года), администраторы Парижского полицейского департамента Меннессье и Данже сочли своим долгом адресовать прокурору округа Мондидье письмо, в котором между прочим писали: «Гражданин Бабёф и до своего поступления на службу и во все время службы не дал никакого повода, по крайней мере насколько нам это известно, сомневаться ни в его гражданских чувствах, ни в его честности».
Максимилиан Робеспьер
Один из этих администраторов Меннессье стал впоследствии деятельным участником «заговора равных».
Благодаря вмешательству друзей Бабёф 7 декабря был вновь выпущен на свободу. За него поручились Сильвен Марешаль, член Конвента Тибодо и некий профессор Добе. Однако вернуться на службу ему не удалось. Комиссия продовольствия запросила на его счет министра юстиции и получила отрицательный ответ. 30 января 1794 года Бабёф по собственной инициативе вернулся в тюрьму.
Буржуазные политики Мондидье обратили против Бабёфа испытанное орудие клеветы — прием, который буржуазия не устанет и впредь применять против вождей и борцов пролетариата. Бабёфу оставалось теперь добиваться реабилитации. В тюрьме он написал обращение к комитетам Национального конвента и к министру юстиции Гойе, в котором добивался вторичного рассмотрения своего дела в любом суде за пределами департамента Соммы, лучше всего в революционном трибунале.
По докладу Мерлена из Дуе Конвент 13 мая передал дело в кассационный трибунал. Здесь решение амьенского трибунала сначала кассировали, а потом все дело передали в трибунал департамента Эны. Самого Бабёфа перевели в тюрьму в Лаон. Энский трибунал 18 июля 1794 года нашел возможным освободить Бабёфа, не решаясь, впрочем, вынести какое-либо окончательное решение.
После почти полугодового заключения Бабёф получил возможность вновь увидеться со своими. Его сын Эмиль, названный так в честь одного из героев Жан-Жака Руссо, опасно заболел и болезнь его удержала Бабёфа в Лаоне. Но пока для Бабёфа в Лаоне тянулись долгие дни у постели больного сына, в Париже Французская революция переживала свой самый решительный, самый трагический кризис.
Велико было историческое значение революционной диктатуры мелкой буржуазии. Велика была историческая роль «Конвента, как диктатуры общественных низов пролетариата и мелкой буржуазии» (Ленин, Соч., т. IX, стр. 372).
Именно господство «низов», «плебейства» XVIII века, как выражался Ленин обеспечило Французской революции тот ее размах, в силу которого она до наших дней остается классическим образцом буржуазно-демократической революции. Именно этим объясняется то, что «господство террора во Франции могло послужить лишь тому, чтобы ударами своего страшного молота стереть сразу, как по волшебству, все феодальные руины с лица Франции» (К. Маркс и Ф. Энгельс, Соч. т. V, стр. 206).
Однако, по указанию Маркса, «в эпоху революции и не принадлежавшие к буржуазии слои городского населения либо не имели еще никаких отдельных от буржуазии интересов, либо еще не составляли самостоятельно развитого класса или части класса. Поэтому там, где они выступали против буржуазии, например в 1793 и 1794 годах, во Франции они боролись только за осуществление интересов буржуазии, хотя и не на буржуазный манер. Весь французский терроризм представлял не что иное, как плебейскую манеру расправы с врагами буржуазии…» (К. Маркс и Ф. Энгельс, Соч., т. VII, стр. 54).