Просто ли Фердинанд и Изабелла поддались народным настроениям, что было им совсем не свойственно, или же они действительно считали, что в Испании завелись евреи и их необходимо изгнать? То, что антисемитизм стал популярным, не вызывает сомнений. Не исключено также, что, когда придворный врач-еврей не смог спасти жизнь одного из ее сыновей, инфанта дона Хуана, Изабелла могла озлобиться на евреев и вспомнить старые мифы о евреях как отравителях колодцев и детей. А антисемиты из числа конверсо стали рассказывать монархам, что большинство обращений было лишь притворным, и напомнили древнюю кастильскую легенду, сложившуюся во времена Петра I. Петр, мол, носил на поясе пояс, подаренный ему женой, доньей Бланкой, которая хотела изгнать евреев. Его любовница, донья Мария де Падилья, достала этот пояс с помощью старого еврея, имевшего большое влияние при дворе, и тот наложил на него проклятие, так что когда Петр в следующий раз надел его — во время придворной церемонии, когда он был в полном облачении, — пояс вдруг превратился в змею, которая на глазах у перепуганных зрителей обвилась вокруг шеи царя и задушила его.
Предложение об инквизиции было сделано королю и королеве доминиканским приором Святого Павла в Севилье, поддержанным папским нунцием Николао Франко. Король и королева, как говорят, «неохотно» согласились на проведение «инквизиции», или расследования, но передали руководство ею в руки великого кардинала Испании, архиепископа Севильи Педро Гонсалеса де Мендосы, который заверил их величества, что подход к иудаизации конверсо будет евангелическим — через просвещение, аргументы и проповедь, а не через силу. Однако низшее духовенство, мелкие дворяне и общественность быстро устали от мягких методов кардинала и потребовали более жестких мер. Историк Андрес Бернальдес писал о методах кардинала: «На все это было потрачено два года, и все безрезультатно, потому что каждый делал то, что делал раньше, а изменить свои привычки — это гаечный ключ, который хуже смерти». В 1479 г. король и королева, все еще не желая этого, поддались давлению окружающих и учредили инквизицию.
Антисемитизм стал официальным, и правители начали проводить политику систематического изгнания евреев. В 1481 г. евреев было приказано заточить в судейские дома. Затем было принято решение о частичном изгнании всех евреев Андалусии. В 1483 г. было принято решение об изгнании евреев из Севильи и Кордовы, а в 1486 г. — из Сарагосы, Абарана и Теруэля.
2 января 1492 г. Изабелла и Фердинанд прибыли в Гранаду, последнее государство, находившееся под властью мавров, чтобы принять ее окончательную капитуляцию и получить ключи от нее. Над Альгамброй медленно поднималось знамя с крестом и так же медленно опускался полумесяц ислама. Должно быть, это был момент беспрецедентных эмоций и огромного воздействия, когда мавританский король Боабдил Молодой двинулся пешком к конному Фердинанду, чтобы предложить символ капитуляции после более чем семисот лет мавританского владычества. Его голова была высоко и гордо поднята. Христианская Реконкиста была завершена. Средневековая эпоха Испании подошла к концу. Когда крест и королевское знамя поднялись над башней Комареса, рыцари королевского ордена скандировали: «Гранада, Гранада для короля Фердинанда и королевы Изабеллы». Вокруг нее капелла певчих королевы начала петь торжественный благодарственный гимн «Te Deum Laudamus». Падение Гранады, наверное, действительно казалось предначертанным божественной волей. Королева, пораженная, упала на колени и разрыдалась. Ей не было и сорока одного года.