По мере усиления власти инквизиции росло число беглецов-маррано, а также число обнаруженных и привлеченных к суду иудаистов. В инквизиционном трибунале в Толедо за период с 1575 по 1610 гг. было вынесено 175 приговоров иудаистам. Позднее, с 1648 по 1794 год, их число возросло до 659. Хотя иудаизм был не единственным преступлением, рассматриваемым инквизиционными судами, но, безусловно, самым популярным. Также наказывались тайные мавры (или мориски), виновные в богохульстве, колдовстве, ереси, подстрекательстве к исповеди, а также «те, кто не считает блуд греховным». Интересно отметить, что в то время как число осужденных иудаистов резко возросло, количество лиц, обвиненных в потворстве блуду, сократилось — с 264 в 1575–1610 гг. до всего лишь пяти в 1648–1794 гг.
Тюрьмы Испании заполнялись до отказа, пока не осталось достаточно заключенных для проведения auto-da-fé — буквально «акта веры», — и эти «ауто» быстро стали чрезвычайно популярной формой общественного развлечения. Сегодня это словосочетание вызывает в памяти сцены привязанных к стропилам человеческих жертв, которых сбрасывали на пылающие костры под одобрительные крики кровожадного населения. На самом же деле ауто-да-фе были достаточно спокойными мероприятиями, проводившимися как публичное выражение религиозности и благочестивой справедливости. Фидель Фита, испанец XV века, описывает церемонию, состоявшуюся в воскресенье 12 февраля 1486 г., и мы видим, что это было сдержанное событие:
Все примиренные шли процессией в количестве 750 человек, включая мужчин и женщин… от церкви святого Петра Мученика… Мужчины были все вместе, босые и без обуви, и поскольку было очень холодно, им было велено надеть подошвы на ноги, которые в остальном были голыми; в руках у них были незажженные свечи. Женщины стояли группой, с непокрытыми головами и голыми лицами, без обуви, как и мужчины, и со свечами. Среди них было много видных мужчин, занимающих высокие посты. От лютого холода, от бесчестия и позора, который они терпели от большого количества зрителей (ведь посмотреть на них пришло много людей из других мест), они шли, громко воя, плача и раздирая на себе волосы, несомненно, больше от бесчестия, чем от какого-либо проступка, совершенного ими против Бога. Так шли они в скорби по улицам, по которым проходит процессия Corpus Christi, пока не пришли к собору. У дверей церкви стояли два капеллана, которые совершали крестное знамение на лбу каждого со словами: «Прими крестное знамение, которое ты отринул и потерял, будучи обманут». Затем они пошли в церковь, пока не дошли до эшафота, воздвигнутого у новых ворот, на котором сидели отцы-инквизиторы. Рядом находился еще один эшафот, на котором стоял алтарь, у которого они совершали мессу и читали проповедь. После этого встал нотариус и стал называть каждого по имени, говоря: «Здесь ли?». Кающийся поднял свечу и сказал: «Да». Там прилюдно читали все, в чем он иудействовал. То же самое делалось и с женщинами. После этого им публично назначалось покаяние и предписывалось в течение шести пятниц ходить в процессиях, подвергая свое тело бичеванию пеньковым шнуром, босые, безногие и с головою, и в течение этих шести пятниц они должны были поститься. Было также предписано, чтобы во все дни своей жизни они не занимали никаких государственных должностей, таких как алькальде, альгуасиль, регидор или хурадо, не были государственными подьячими или посыльными, а те, кто занимал эти должности, должны были их лишиться. Также они не должны были становиться менялами, лавочниками, бакалейщиками или занимать какие-либо официальные должности. Они не должны были носить ни шелка, ни багряницы, ни цветных одежд, ни золота, ни серебра, ни жемчуга, ни кораллов, ни каких-либо драгоценностей. Они также не могли выступать в качестве свидетелей. И им было приказано, что если они оступятся, то есть снова впадут в то же самое заблуждение и прибегнут к чему-либо из вышеупомянутых вещей, то будут осуждены на костер. И когда все это закончилось, они ушли в два часа дня.
Генри Камен, один из лучших историков инквизиции, отмечает, что два часа дня — это традиционный испанский час обеда, и «примирение» 750 нарушителей, вернувшихся на путь праведности, несомненно, было хорошей утренней работой. По мере развития инквизиции и увеличения числа кающихся ауто-да-фе становились все более продолжительными, часто затягиваясь до ночи, а иногда и до нескольких дней. Однако сожжения редко проводились публично в центрах городов, их совершали на окраинах, вдали от глаз болезненных и любопытных. Кроме того, поскольку многие узники умирали в заключении, не дождавшись приговора, значительная часть жертв сжигалась только в виде чучела.