Торквемада постановил, что те, кто упорно отказывается отречься от иудаизма и принять Церковь, должны умереть на костре. Лишь кающиеся получали меньшие наказания. Результатом этого стали необычные случаи мученичества. Одним из самых выдающихся был случай с доном Лопе де Верой, который, похоже, совсем обезумел от своего рвения быть евреем, хотя в нем не было ни капли еврейской крови. Он изучал иврит и стал фанатиком-евреем. Обвиненный и переданный инквизиции собственным братом, дон Лопе неоднократно заявлял инквизиторам, что хочет стать евреем. В тюремной камере он сделал себе обрезание и заявил, что переименовал себя в Иуду Верующего. Когда его вели к костру, он распевал молитвы на иврите. Его сожгли заживо.
Преемником Торквемады на посту Великого инквизитора стал Диего Деза. До вступления в должность он был известен как тихий и ученый человек, друг и покровитель Колумба. Как и Торквемада, он был еврейского происхождения. В жестокости он значительно превзошел своего предшественника, и под его руководством инквизиция стала еще более жестокой и свирепой, чем когда-либо прежде. В 1500 г. в Эррере была арестована женщина-маррано «высокого ранга», считавшая себя пророчицей. Это сразу же послужило поводом для проведения грандиозного «авто-да-фе». После нескольких месяцев подготовки оно было проведено в Толедо, а сама женщина и тридцать восемь ее последователей — все они были женщинами — были сожжены. На следующий день та же участь постигла еще шестьдесят семь человек, опять же женщин. При Диего Деза достаточно было даже следа еврейской крови, чтобы быть казненным. Архидиакон де Кастро, мать которого происходила из древнего старохристианского рода, был осужден, приговорен к публичному покаянию и лишен значительного состояния только за то, что его отец был конверсо. В свое время были заживо сожжены 107 человек, находившихся в церкви во время проповеди, содержавшей проеврейские настроения.
Бесчинства инквизиции достигли таких масштабов, что капитан Кордовы жаловался, что инквизиторы «смогли опорочить все королевство, уничтожить без Бога и справедливости большую его часть, убивая, грабя и насилуя служанок и жен, к большому позору христианской религии».
Жалобы на зверства стали доходить до королевских ушей, и в 1505 г. Филипп и Хуана — дочь Изабеллы — приказали прекратить деятельность инквизиции до их возвращения из Фландрии. Затем Филипп внезапно умер, оставив дела в несколько неустойчивых руках Хуаны. Известная как Хуана ла Лока, или Жанна Безумная, она, немая и необщительная, оставалась рядом с гробом своего покойного мужа во время долгого мрачного путешествия через всю Европу в Мадрид. Периодически Хуана приказывала открыть гроб и обнимала разлагающийся труп. Пока шли споры о престолонаследии, возобновилась инквизиция, которая продолжала свой пагубный путь.
Поскольку «примирившимся» еретикам, по их уверениям, даровали вечную жизнь, часто утверждалось, что самое доброе, что можно сделать для новообращенного христианина, — это как можно быстрее и без лишних хлопот отправить его из этого мира в другой, пока он еще не успел передумать. Из уст инквизитора, который был свидетелем авто-да-фе в Логроньо в 1719 г., мы узнаем о том, как обвиняемый иудаист «с совершенным спокойствием» сказал:
«Я обращу себя в веру Иисуса Христа», — слова, которые до этого момента ему не доводилось произносить. Это обрадовало всех верующих, которые с нежностью стали обнимать его и бесконечно благодарить Бога… Один ученый религиозный деятель из ордена францисканцев спросил его: «По какому закону ты умираешь?». Он повернулся, посмотрел ему в глаза и сказал: «Отец, я уже сказал вам, что умираю в вере Иисуса Христа». Это вызвало всеобщее удовольствие и радость, и францисканец, стоявший на коленях, встал и обнял преступника. Все остальные сделали то же самое с большим удовлетворением, воздавая благодарность за бесконечную благость Божию… Преступник увидел палача, который высунул голову из-за кола, и спросил его: «Почему ты раньше называл меня собакой?». Палач ответил: «Потому что ты отрекся от веры Иисуса Христа, но теперь ты исповедался, мы братья, и если я обидел тебя своими словами, то на коленях прошу у тебя прощения». Преступник с радостью простил его, и они обнялись.