Однако в начале сентября 1997 года неустойчивое равновесие в Афганистане оказалось нарушено. Изолированный на севере страны отряд движения Талибан начал наступление с захваченного ранее плацдарма в провинции Кундуз в направлении на Мазари-Шариф. 8 сентября талибы захватили город Ташкурган в провинции Саманган всего в 50 километрах от Мазари-Шарифа. Отрядам движения Талибан с помощью перешедших на их сторону местных пуштунов удалось окружить Мазари-Шариф. При этом немаловажную роль сыграл этнический фактор, приобретший доминирующее значение во внутриафганском противостоянии. Полевые командиры пуштуны в провинциях Саманган, Балх и вокруг Мазари-Шарифа в массовом порядке стали переходить на сторону движения Талибан. Фактор пуштунского национализма получил практическую реализацию в ходе событий на севере.
Руководители антиталибской коалиции создали Совет обороны и активизировали боевые действия с целью освобождения захваченных талибами населенных пунктов на севере страны. С целью оказать поддержку своим союзникам на севере, Ахмад Шах атаковал плацдарм талибов в провинции Кундуз с юга из провинции Тахар. Однако военные возможности Масуда были не безграничны. Он держал фронт против талибов под Кабулом и на востоке страны в провинциях Лагман и Кунар. Соответственно выделить серьезные дополнительные формирования для военных операций на севере Масуд был явно не в состоянии. Ситуация приобрела угрожающий характер для антиталибского альянса. Все успехи Ахмад Шаха и достигнутые летом 1997 года результаты оказались потерянными. В середине сентября талибам удалось захватить Хайратон, вытеснив оттуда части 70-й пехотной дивизии. 12 сентября из Турции вернулся Дустом. Авиация талибов 13–17 сентября перебросила туда около трех тысяч боевиков. В то же время в Кабул из Пакистана прибыли 1100 пакистанских военнослужащих. Формирования ИПА взяли под контроль магистраль Мазари-Шариф – Шибарган.
Лидеры ОНОФА провели ряд совещаний в Пули-Хумри и Кулябе (в том числе с участием президента Республики Таджикистан Имомалли Рахмонова, министра безопасности Хухуроева) по преодолению разногласий и выработке совместной линии на продолжение борьбы. Было принято решение, что пост председателя НИДА останется за Абдул Маликом Пахлаваном, а вернувшийся в Афганистан Абдул Рашид Дустом станет его заместителем.
К концу сентября подразделения ОНОФА овладели частью прибрежной зоны термезской излучины Амударьи, но Хайратон по-прежнему оставался в руках талибов. В Мазари-Шариф поступали значительные партии боеприпасов, материально-технических средств из Ирана, руководство которого официально заявило о поддержке антиталибской коалиции...
В начале октября от талибов полностью была освобождена провинция Балх, взяты в плен около тысячи человек, воевавших на их стороне. Причем боевики - граждане Афганистана расстреливались на месте, а пленные пакистанцы отправлялись в специальные лагеря. Жестокие бои развернулись в районах Кундуза, Хайратона, Ташкургана и на кабульском направлении. Подразделения правительственных войск начали теснить талибов, а ряд пуштунских племен, первоначально поддерживавших их, прекратили участие в боевых действиях. Антиталибские выступления отмечались даже в Кандагаре. В итоге правительственным войскам удалось освободить Кундуз и Хайратон, талибов стали изгонять из северных провинций. Руководство ОНОФА возложило ответственность на генерала Абдул Малика за поражение правительственных сил в сентябре–октябре в районах Мазари-Шарифа и Хайратона. Его обвинили в расколе руководства ОНОФА, предательстве интересов движения. Абдул Малик Пахлаван сначала отошел в Фарьяб, а затем вынужден был покинуть северные провинции Афганистана. Генерал Дустом быстро восстановил свое положение в НИДА, обосновался в Шибаргане, а в Мазари-Шарифе усилились позиции хазарейцев.
Возвращение генерала Дустома и появление узбекских формирований на фронте в очередной раз изменили расстановку сил на севере Афганистана. Талибы не имели возможности оказать широкомасштабную поддержку своей северной группировке. Изолированная на севере группировка талибов и местных пуштунов располагала только одной коммуникационной линией — аэропортом в городе Кундуз. Возможности транспортной авиации талибов все же были весьма ограниченны. Соответственно попытка талибов воспользоваться разногласиями в антиталибской оппозиции между узбеками и шиитами закончилась в целом неудачно. Талибы фактически вернулись на исходные позиции в провинции Кундуз, откуда они в то же время продолжали создавать угрозу с тыла как войскам Ахмад Шаха Масуда под Кабулом, так и Дустому и шиитам-хазарейцам в Мазари-Шарифе. Формирования Ахмад Шаха Масуда сохранили свои позиции к северу от Кабула на расстоянии 20–25 километров от столицы Афганистана и теоретически имели возможность для штурма.
Вместе с тем военно-стратегическое положение талибов, даже несмотря на сохранившуюся угрозу Кабулу со стороны отрядов Ахмад Шаха Масуда, осенью 1997 года все равно было предпочтительнее, чем в мае этого же года. Несмотря на решительное наступление отрядов Ахмад Шаха Масуда в июне-июле 1997 года в направлении на Кабул и огромные потери их лучших боевиков в ходе неудачной акции в Мазари-Шарифе, талибам удалось удержать позиции к северу от афганской столицы. Кроме того, отряды движения Талибан сохранили за собой основные позиции в провинции Бадгис, а также приобрели стратегически важный плацдарм в районе северных провинций Талукан и Кундуз. Правда, у талибов возникли трудности в комплектовании новых отрядов, так как отсутствовали подготовленные в военном отношении людские ресурсы, поэтому формировать новые подразделения они начали из послушников пакистанских медресе, а также из иностранных наемников, в том числе пакистанцев, чеченцев, арабов, уйгуров из КНР и других.
Россия — союзник Масуда
Летом 1998 года талибы вновь активизировались в северных провинциях Афганистана. На этот раз их вооруженные формирования овладели важными административными центрами на севере страны (Мазари-Шариф, Меймене, Шиберган, Ташкурган, Пули-Хумри, Джаузджан, Балх, Бамиан и др.) и вытеснили силы ОНОФА в горные районы. Талибы вышли на границы стран СНГ, в захваченных ими районах стали насаждать жесткий исламский порядок и проводить этнические и религиозные чистки. В Мазари-Шарифе они взорвали могилу шиитского святого Али Мазари. Вооруженные формирования ОНОФА, фактически без боя сдав контролируемую ранее территорию, укрепились в Панджшере, Хазараджате и перешли к излюбленным партизанским методам ведения борьбы.
Талибы захватили родовое гнездо пиров исмаилитов Кайана Имам-Сахиб — административный центр провинции Баглан. Они убили большое количество мирных жителей-исмаилитов, разрушили их селения, культурно-просветительские учреждения и школы. Саид Мансур Нодири (Кайан) и другие руководители исмаилитов эмигрировали из страны.
По сути дела, единственной организованной силой, выступающей против движения Талибан в северном Афганистане, к октябрю 1998 года остались только вооруженные формирования таджиков Ахмад Шаха Масуда. Однако способность его вооруженных отрядов вести активные боевые действия в Афганистане напрямую зависела от возможности получать оружие и боеприпасы. Здесь Россия стала выдвигаться на первый план. Ахмад Шах активизировал контакты с российскими представителями. Он направил в Москву министра иностранных дел ИГА доктора Абдуло Абдуло, который провел там серию переговоров по вопросам военно-технического сотрудничества и оказания Россией военной помощи силам Масуда. С Ахмад Шахом вели перговоры российские представители, в том числе и посланец Президента РФ Б.Н.Ельцина Евгений Севостьянов.
Первое благоприятное впечатление о талибах быстро сменилось у афганского населения глубоким разочарованием. Ус-танавливаемый ими порядок — смесь архаизма с нетерпимостью — был неприемлем для Афганистана. Сквозь показной исламский фундаментализм просматривалось стремление восстановить доминирующее положение пуштунов в стране.