На международной арене позиции талибов все время ухудшались. В связи с отказом талибов признать «линию Дюранда» в качестве официальной границы между Афганистаном и Пакистаном пакистанские власти испытывали разочарование. Началось отчуждение между Кабулом и Исламабадом. Соединенные Штаты тоже стали отказываться от поддержки ИДТ, что ими было продемонстрировано нанесением в августе 1998 года ракетных ударов по базам вооруженных формирований талибов с целью разгрома баз и лагерей подготовки террористов Усамы бен Ладена. В этом плане у России и Соединенных Штатов наметились общие интересы.
В течение 1999–2000 годов существенных изменений в расстановке сил внутри Афганистана не произошло. Талибы и формирования ОНОФА удерживали контролируемые зоны, хотя ситуация внутри антиталибского альянса характеризовалась рецидивами взаимного недоверия между лидерами основных военно-политических группировок вплоть до открытых вооруженных столкновений местных полевых командиров. Главной фигурой, которая цементировала этот союз, был Ахмад Шах Масуд. Отошел от активной борьбы с талибами и вновь эмигрировал в Турцию Абдул Рашид Дустом, а Абдул Малик — в Иран. После занятия талибами в сентябре 1998 года Бамиана эмигрировал в Иран один из лидеров ПИЕА Абдул Карим Халили 48 , другой — Мухаммад Акбари — перешел на сторону талибов. От хазарейцев союзниками Масуда тогда выступали только вооруженные отряды Хаджи Мухаммада Мохаккика.
Обстановка в Афганистане по-прежнему характеризовалась продолжающимся вооруженным противостоянием между Объединенным Национально-освободительным фронтом Афганистана и Исламским движением Талибан. Несмотря на проведение обеими сторонами ряда переговоров и консультаций по вопросу мирного урегулирования ситуации в стране, руководство ИДТ проводило активные мероприятия по созданию условий для решения внутриафганской проблемы вооруженным путем. Ахмад Шах проявлял в этих условиях выдающиеся качества дипломата и стратега, умело сохраняя и распределяя свои силы для решающего удара.
Вместе с тем все более очевидным становилось, что американцы разочаровались в талибах, так как они показали, что слабо поддаются контролю, а их действия получили негативную оценку в мире со стороны многих государств и международных организаций. На наш взгляд, американцы, затевая этот проект, допустили явный просчет, недооценив свободолюбие пуштунов, хотя мотивация их поддержки талибов была понятна: таджик Бурхануддин Раббани за годы правления не смог консолидировать населяющие Афганистан национальности, в первую очередь пуштунов, и остановить хаос, препятствующий распространению американского влияния на регион и осуществлению экономических проектов по переброске туркменского газа в порты Пакистана в обход России; талибы менее опасны, чем иранские фундаменталисты, «экспортирующие» ислам; талибы обещали организовать борьбу с наркотиками и терроризмом; они гарантировали американцам возможность занять доминирующие позиции в Центральной Азии; с победой талибов США могли бы разыграть исламскую карту в Китае; поддерживаемый Пакистаном режим талибов более предпочтителен, чем союз Ирана, Индии и среднеазиатских государств, отягощенный все усиливающимся влиянием Тегерана на администрацию Раббани.
Талибы, по сути дела, поставили США в весьма щекотливое положение, а первоначально выбранный американцами путь обратился для региона во всеобъемлющее зло. Мало того, что талибы стали культивировать терроризм как основное средство достижения своих целей, они еще и поощряли производство наркотиков. При них поизводство опиума, облагаемое талибами официальным десятипроцентным налогом, оказалось рекордным в мире, экстремистские методы борьбы за чистоту ислама отбросили принципы прав человека, а их правительство отказывались признать даже ближайшие союзники Вашингтона. Свою варварскую сущность талибы продемонстрировали всему миру, приступив к разрушению на территории Афганистана всех доисламских исторических памятников, имеющих мировое значение, например, статуй Будды в Бамиане. В этих условиях трудно стало применять даже двойные стандарты.
Военные успехи вскружили голову лидерам ИДТ, решившим, что пришла пора во что бы то ни стало не только «дожать» «Северный альянс», но и активно распространять свои идеи в центрально-азиатских государствах. В новые независимые государства Азии под видом бизнесменов, беженцев, туристов, проповедников устремился поток идеологических диверсантов. И хотя в принципиальном плане непосредственной угрозы национальной безопасности России и ее союзников (массового перехода их границ) талибы не представляли, косвенно в перспективе они могли довольно существенно повлиять на дестабилизацию обстановки путем подрывных действий, а также оказания помощи и поддержки исламским экстремистам и террористам в Узбекистане, Таджикистане, Туркменистане, Киргизии.
Присутствие в рядах талибов большого количество арабов-ваххабитов способствовало усилению крайне радикальных взглядов в руководстве движения. Талибский режим превратился в базу, пособника и укрывателя международных террористов, способствовал их деятельности в других странах.
Гражданская война тогда вышла на новый виток и приобрела затяжной характер. В последующем ситуация могла развиваться по различным сценариям: переговоры между лидерами ОНОФА и ИДТ по вопросам раздела зон влияния и создания коалиционного правительства; эскалация вооруженного конфликта, в ходе которого противоборствующие стороны, поддерживаемые различными политическими силами и иностранными государствами, попытаются разгромить противостоящие друг другу вооруженные группировки и захватить власть в стране вооруженным путем. Ко второму варианту склонялись лидеры талибов. Они намеревались развернуть широкомасштабные боевые действия с целью окончательного разгрома антиталибской коалиции. В этом случае продолжительность гражданской войны определялась характером иностранной военной и политической поддержки.
В мае–июне 2000 года в ИГА возобновились крупномасштабные боевые действия. Весь июнь и первую половину июля в стране шли тяжелые бои (в основном в районе перевала Саланг и авиабазы «Баграм»). Талибы нанесли массированный удар с применением авиации и бронетехники по силам антиталибской коалиции, но Масуд выстоял и нанес талибам серьезный ущерб. Однако в вооруженных формированиях «Северного альянса» стала ощущаться хроническая нехватка вооружения, боеприпасов, продовольствия и другого снаряжения. Помощь, поступавшая из Узбекистана и Таджикистана, была явно несопоставима с тем, что получали талибы от своих покровителей из Пакистана, Саудовской Аравии и США.
26 октября 2000 года в Душанбе состоялась встреча Ахмад Шаха Масуда с министром обороны России маршалом И.Д.Сергеевым, на которой обсуждались ситуация на севере Афганистана и пути противодействия угрозе, исходящей от движения Талибан. И хотя мероприятие носило неофициальный характер, этой встрече придавалось большое значение. В ходе беседы обсуждались конкретные пути противодействия угрозе, исходящей от исламских радикалов, а также речь шла о военной поддержке вооруженных отрядов Ахмад Шаха Масуда, представляющих собой единственно действенную оппозиционную группировку в стране. По итогам встречи Россия приняла решение об увеличении поставок вооружения и боеприпасов для формирований Масуда. На следующий день руководство движения Талибан выступило с угрозами в адрес России. По словам высокопоставленного представителя талибов Абдула Мутмаена: «России следует прекратить “вмешательство во внутренние дела Афганистана”, иначе для нее это может создать много опасных проблем и тяжелых последствий».
По предложению США и России в декабре 2000 года Совет Безопасности ООН ввел дополнительные санкции против Исламского движения Талибан: запрет на поставки вооружения и химических веществ, используемых для производства героина. В ответ на это 20 декабря 2000 года талибы закрыли в Афганистане специальное представительство ООН, а также заявили о бойкоте американских товаров.