Наконец, НКТ-ФАИ насчитывали 2 миллиона членов, но по-прежнему отказывались войти в Народный фронт, хотя и участвовали в правительстве. Между анархистами и коммунистами шла каждодневная идеологическая война, подчас перераставшая в вооруженные столкновения, особенно в Каталонии. ОСПК наращивала свое присутствие на Арагонском фронте, послав туда 15 тысяч членов, составивших наиболее боеспособную дивизию им. Карла Маркса. Но анархистское командование фронта, несмотря на полученное в конце 1936 года оружие (750 пулеметов, 12 орудий, 9 тысяч винтовок и 13 миллионов патронов), отказывалось переходить в наступление и не давало оружия коммунистическим частям.
КПИ пыталась наладить единство действий с НКТ-ФАИ, используя, в частности, огромную популярность Советского Союза среди анархистских масс (один из лидеров НКТ заявил, что, если кто-либо нападет на СССР, он пойдет туда воевать простым красноармейцем). Но, к сожалению, в действительности дело доходило до убийств коммунистов анархистами. 24 декабря 1936 года патрулем НКТ в Мадриде был тяжело ранен член Хунты обороны Мадрида коммунист П. Ягуэ. Суд под давлением анархистов оправдал стрелявших. Все ждали открытого вооруженного столкновения в столице. Но компартия, не желая подрывать единство Народного фронта, не стала мстить. Наоборот, на фоне этого инцидента в Валенсии был подписан первый в истории совместный документ НКТ-КПИ, призывавший членов обеих организаций к сотрудничеству в антифашистской борьбе. Советское полпредство отмечало ошибки коммунистов во взаимодействии с анархистами, например, огульную критику всех анархистских руководителей, которых многие члены компартии считали «пропащими» для дела революции людьми. Москва же, напротив, рекомендовала пропагандировать на страницах коммунистической печати тех анархистских вожаков, которые храбро сражались на фронте (хотя полпредство признавало, что таких было немного).
Между тем, к неудовольствию Кабальеро, руководство ИСРП обратилось 26 декабря 1936 года к КПИ с предложением начать переговоры о единстве действий обеих партий. Компартия согласилась и в январе 1937 года предложила объединиться в одну партию, как это уже произошло в Каталонии. Руководство ИСРП отвергло такой шаг, хотя и согласилось на создание постоянной комиссии обеих партий для подключения к переговорам представителей левого крыла ИСРП, которые раздумывали над предложением коммунистов более двух месяцев. Кабальеро, в частности, возражал против слияния обеих марксистских партий под тем предлогом, что коммунисты стали самой умеренной партией республиканской Испании (и это была сущая правда).
Коммунисты (и в этом их поддерживал Коминтерн) до февраля 1937 года воздерживались от любой критики Кабальеро, наоборот, всячески укрепляя его авторитет (хотя и это не нравилось «испанскому Ленину»: он говорил коммунистам, что те специально строят ему пьедестал, чтобы удобнее затем с него низвергнуть). Но катастрофа под Малагой показала, что дальше медлить с неотложными шагами по укреплению армии нельзя. Между тем Кабальеро, возмущенный массовой демонстрацией в Валенсии, которую он считал делом рук коммунистов (хотя ее организовал его родной ВСТ), перешел к открытым нападкам на КПИ в близких ему органах СМИ. Компартия обвинялась в «прозелитизме», т. е. переманивании членов других партий и, прежде всего, ИСРП. Под давлением коммунистов, соцпартии и большинства анархистов Кабальеро был вынужден отправить в отставку своего заместителя и любимчика генерала Асенсио, но публично заявил, что считает этот шаг ошибкой, на которую его заставили пойти коммунисты.
После победы под Гвадалахарой, которую Кабальеро приписал себе, хотя дело спасли подготовленные резервы («коммунистическая» дивизия Листера и интербригады), решив, что натиск мятежников ослаб, премьер попытался ограничить влияние КПИ. На флоте было арестовано несколько офицеров-коммунистов. Члены КПИ были изгнаны из Хунты обороны Мадрида, а в конце апреля и сама Хунта обороны столицы была распущена. Возмущение вызвал и приказ Кабальеро о запрещении повышения в званиях выше майора офицеров, вышедших из рядов народной милиции. Многие сочли этот приказ прямо направленным против героя Гвадалахары майора Листера.
Но наиболее сильный удар был нанесен по Главному военному комиссариату (ГВК) под флагом запрета партийной деятельности в армии. Под этим лозунгом был вычищен не только ГВК, но и Генштаб (был уволен начальник разведотдела коммунист Эстрада). Коммунистам стали отказывать в приеме в офицерские школы.
После пленума ЦК КПИ 5–8 марта 1937 года коммунисты подняли брошенную премьером перчатку и тоже стали критиковать Кабальеро, требуя, прежде всего, начать строительство массовой армии. А здесь творились порой анекдотические вещи. Когда была объявлена мобилизация пяти возрастов, буквально вырванная у Кабальеро на заседании правительства, то в первый же день на участки явилось 80 % военнообязанных. Но им сказали, что для их приема нет помещений и распустили по домам. Одновременно Кабальеро почему-то запретил набор добровольцев.
Военная промышленность страны фактически простаивала, а военное министерство в течение недель не могло распределить по фронтам имевшиеся запасы вооружения. Произведенные рабочими Валенсии по собственной инициативе 40 броневиков более полутора месяцев стояли на складе, так как военное министерство не могло решить, какого типа пулемет на них поставить.
Кабальеро через свои газеты перешел к нападкам на СССР, который, мол, ничем не отличается в своей политике от Франции и Великобритании. Возвеличивалась помощь Мексики, хотя при всем уважении к мужеству правительства этой страны, поставки оттуда составляли лишь мизерную часть советских. Постепенно у Ларго Кабальеро сложились и плохие отношения с советским послом Розенбергом. Премьер упрекал своего министра иностранных дел Альвареса дель Вайо (члена ИСРП), что тот не имеет собственной позиции, а говорит словами советского полпреда. Здесь следует сказать, что советское полпредство в своих донесениях в Москву давало объективную картину внутриполитического положения в Испании, отмечая и ошибки коммунистов. Антонов-Овсеенко из Барселоны с симпатией сообщал об изменениях в политике анархистов в сторону мобилизации всех сил для победы и настраивал каталонских коммунистов на прекращение публичной критики анархистов в партийных средствах массовой информации. Советский генконсул в своих депешах в Центр нередко становился на сторону Каталонии в ее спорах с Мадридом, справедливо отмечая стремление Кабальеро свести каталонскую автономию к фикции.
Вопреки встречающимся в некоторых исторических исследованиях утверждениям ни Розенберг, ни Антонов-Овсеенко не участвовали в процессе принятия кадровых решений в испанском руководстве и тем более не навязывали испанцам собственных кандидатур. Когда в марте 1937 года Антонов-Овсеенко вступил в публичную полемику с центральным органом анархистов газетой «Солидаридад Обрера» (что не выходило за рамки принятой во всем мире дипломатической практики), полпред Розенберг просил НКИД дать указание генконсулу в Барселоне прекратить подобные действия, чтобы не задевать самолюбие лидеров НКТ. И все же Розенберг навлек на себя гнев Кабальеро тем, что настаивал на более энергичном ведении войны и более эффективном и рациональном использовании советской военной помощи. Но тогда такую же позицию занимали не только испанские коммунисты, но и большинство социалистов и республиканцев, а также все военное руководство, особенно на фронтах. Когда Кабальеро высказал недовольство Розенбергом, тот был немедленно в феврале 1937 года отправлен на родину (в декабре 1937 года Розенберг был арестован, а в 1938 году казнен; реабилитирован в 1957 году) и новым полпредом стал советник полпредства Леонид Гайкис (1898–1937). Гайкис был одно время секретарем Чичерина, затем работал в Мексике и в системе Профинтерна. Перед направлением в Испанию занимал пост генерального консула СССР в Стамбуле.
Новый полпред по заданию Москвы прямо поставил перед Кабальеро вопрос о необходимости кардинального обновления военного руководства республики за счет выдвижения на руководящие должности молодых, инициативных офицеров. Испанскому премьеру доказывали, что победа под Гвадалахарой могла обернуться катастрофой, если бы мятежники начали скоординированное с итальянцами наступление на Хараме. Ведь у республики не было обученных резервов и итальянцев под Гвадалахарой разгромили войска переброшенные с Харамы. А что было бы, если мятежники сковали их там? Но Кабальеро, со свойственным ему упрямством, стоял на своем: он как военный министр осуществляет руководство войной и это у него получается отлично. В Москве даже подумывали о свертывании военной помощи Испании, так как при таком руководстве армией любые ее объемы были не в состоянии обеспечить победу республики (на Хараме советские танки были просто брошены пехотой на произвол судьбы и понесли огромные потери). Но Гайкис, напротив, рекомендовал усилить содействие (интересно, что даже в секретной переписке с Москвой советский полпред говорил не о советской военной помощи, а о «помощи друзей»), чтобы советские советники и боевая техника своим примером доказывали на поле боя правильность даваемых Советским Союзом рекомендаций. В противном случае, отмечал полпред СССР, поражение Испанской республики наступит стремительно.