Избрание Антония трибуном было для Цезаря чрезвычайно важным. Это сразу же почувствовали и его противники. Накануне вступления новых трибунов в должность, когда они еще ничего не сделали, Цицерон уже со страхом пишет об их влиянии на городскую чернь и должников всякого рода, которые объединились вокруг избранных трибунов. Большинство сената было против Цезаря, а избранные на этот год консулы Гай Клавдий Марцелл и Люций Корнелий Лентул Крус откровенно враждебны. И их открыто поддерживал всем своим авторитетом Помпей. В этих условиях найти хоть какой-то противовес в лице народных трибунов было просто необходимо. Кроме Антония сторонником Цезаря был и его коллега Квинт Кассий Лонгин, а скрытым цезарианцем был трибун 50 г. до н. э. и бывший друг юности Антония Курион. Курион, как и его отец, был сначала ярым врагом Цезаря, но Цезарь откупил его долги и Курион превратился в его сторонника. С помощью и Куриона, и новых трибунов Цезарь, с одной стороны, развернул мощную пропагандистскую кампанию, а с другой — пытался парализовать враждебные действия сената и консулов. Еще в конце 50 г. он через Куриона направил в сенат письмо, в котором соглашался распустить все свои войска, если так же поступит Помпей, а в противном случае угрожал войной. Курион передал письмо избранным наследующий год консулам, но те отказались огласить его в сенате. Поэтому в январе 49 г. до н. э. первым делом Антония и Кассия стало заставить консулов это письмо прочитать. Бурное обсуждение письма закончилось, однако, не в пользу Цезаря; было даже принято постановление, чтобы Цезарь под угрозой обвинения его в государственном перевороте к марту этого года распустил свою армию. Антоний и Кассий тотчас заявили протест на это решение. В ответ многие сенаторы выступили с оскорблениями трибунов. Обстановка резко накалилась. Антоний и его коллега все решительнее выступали против консулов и сенатского большинства, а их противники даже угрожали им, несмотря на старинное правило неприкосновенности личности трибуна.
9 января было принято решение о фактическом объявлении чрезвычайного положения. Вслед за этим власти принимают ряд мер по организации отпора возможному выступлению Цезаря. Антоний пытался наложить вето на решения сената, но в условиях чрезвычайного положения это право народного трибуна не действовало. Пронесся слух, что Помпей со своими воинами уже окружает сенат, чтобы физически устранить неуступчивых трибунов. И тогда ночью, переодевшись рабами, Антоний, Кассий и Курион бежали из Рима к Цезарю, который был уже наготове. Вполне возможно, что Цезарь заранее запланировал подобный исход и яростные выступления Антония и Кассия, и их бегство вместе с Курионом в совершенно неподобающем виде были лишь частями заранее составленного сценария. Во всяком случае, бегство трибунов и их прибытие в лагерь Цезаря стали для последнего великолепным предлогом перейти Рубикон и начать новую гражданскую войну.
Антоний принял в этой войне самое активное участие. После бурных политических схваток он снова оказался в своей привычной роли — военного командира. Первым городом, захваченным Цезарем, был Аримин, расположенный близ Рубикона. Там Цезарь на некоторое время остановился, чтобы организовать набор войск, а Антония с пятью когортами послал в город Арреций, откуда шла прямая дорога на Рим, но на Рим он не пошел, ожидая приказа командующего. И такой приказ скоро поступил: Антоний должен был отправиться со своими когортами в город Сульмон, где находился помпеянский гарнизон численностью в семь когорт. Но жители города сами открыли ворота воинам Антония, командовавшие местным гарнизоном помпеянские командиры сдались, а их когорты перешли на сторону Цезаря. И уже с отрядом из двенадцати когорт Антоний вернулся в лагерь Цезаря. Взятие Сульмона имело большое значение, ибо оно обеспечивало и захват близлежащего Корфиния, единственного города, оказавшего войскам Цезаря серьезное сопротивление. Вскоре после этого войска Помпея были полностью вытеснены из Италии, и Цезарь победителем вошел в Рим. Среди тех, кто его сопровождал, был и Антоний.
Уладив наскоро дела в Риме, Цезарь направился в Испанию против стоявших там значительных сил Помпея. Правителем Италии, кроме самого Рима, где власть осуществлял Лепид, и командиром оставленных там своих войск он назначил Антония, которому предоставил ранг пропретора (вдобавок к должности народного трибуна), хотя Антоний не занимал даже должности эдила и высшей его должностью был пост квестора, самый низкий в римской должностной иерархии. В задачу Антония входили наведение порядка в Италии, защита ее от возможного вторжения противника, а также недопущение отъезда различных влиятельных лиц. По этому поводу долгую переписку с ним имел Цицерон, который хотел покинуть Италию, чтобы не принимать участия в гражданской войне. И Антонию пришлось писать ему письмо с выражением самых дружеских чувств, лишь бы отговорить его от отъезда. Это письмо, разумеется, не означало изменения отношения Антония к знаменитому оратору, но он был вынужден по прямому приказу Цезаря переломить себя. Однако его дипломатия так и не имела успеха, ибо Цицерон все равно уехал, презрев прямое запрещение Цезаря и уговоры Антония, но не на остров Мелиту, как он заявлял, а на Балканский полуостров в лагерь Помпея.