Эта неудача Либона не смутила помпеянских флотоводцев, и те еще более внимательно стали следить за войсками Антония и Калена, чтобы не допустить их переправы. И все же к концу зимы Антоний вышел из Брундизия. Он рассчитывал на особо благоприятный юго-западный ветер, но все время дул южный. Однако Антоний все-таки снялся с якоря. Ветер переменился именно на юго-западный, которого Антоний так долго и напрасно ждал, но за это время флот Антония миновал лагерь Цезаря и пристал к берегу много севернее, да притом еще и понес по пути некоторые потери. Но все же главное было достигнуто: армия Антония, состоявшая из трех легионов ветеранов, одного легиона новобранцев и 800 всадников, оказалась на балканском берегу Адриатического моря и двинулась на соединение с войском Цезаря. Помпей попытался помешать их соединению, но неудачно. Армии соединились, и это изменило соотношение сил. И хотя перевес все еще был на стороне Помпея (особенно на море), он уже не был столь внушительным. Антоний принимал активное участие и в боях, продолжавшихся в районе Диррахия, и в походе в глубь материка, который Цезарь предпринял, чтобы не дать Помпею эффективно использовать свой флот.
В решающем сражении при Фарсале 9 августа 48 г. до н. э. Антоний командовал левым крылом армии Цезаря. Битва закончилась полной победой Цезаря и бегством Помпея. Отправляясь преследовать бегущего Помпея, Цезарь послал Антония в Рим. После битвы при Фарсале Цезарь снова стал диктатором, и по его приказу консул этого года Публий Сервилии Ватия Исаврик назначил начальником конницы при Цезаре Антония. Некоторые коллеги Антония по авгурату пытались этому воспрепятствовать, ссылаясь на старинное установление, по которому начальник конницы назначался только на шесть месяцев, но консул сумел сломить это сопротивление, ссылаясь на то, что если диктатор назначен на более длительный срок, то и его начальник конницы тоже должен исполнять свои обязанности столько же времени. Таким образом, Антоний стал вторым человеком в государстве, а во время отсутствия Цезаря фактически первым. А Цезарь действительно завяз в восточных делах и долго не мог вернуться в Рим.
Став фактическим наместником Цезаря в Риме и Италии, Антоний был вынужден вплотную заняться некоторыми весьма сложными делами. Цезарь начал свою политическую карьеру как популяр и скоро стал неоспоримым лидером этой «партии». Как говорилось выше, популяры стремились достичь своих целей, опираясь на народные массы и в значительной степени противопоставляя себя сенату, а поэтому проводили или стремились провести те или иные мероприятия в пользу как крестьянства, так и, пожалуй, даже в большей степени, городского плебса. Для широких слоев рядового римского населения победа Цезаря означала появление надежды на удовлетворение своих заветных стремлений. А самым серьезным был в это время долговой вопрос. В 48 г. до н. э. претор Марк Целий Руф выступил с предложением отмены долговых процентов, а затем, встретив сопротивление консула Сервилия Ватин и других властей, взял его обратно, но зато предложил вообще отменить все долговые обязательства и на год отложить квартирную плату. В ответ сенат, по докладу консула, снял Целия с должности и даже вывел из своего состава, а второй претор Гай Требоний с оружием в руках прогнал его с судейского места. Целий направился в Южную Италию, куда на помощь себе призвал Тита Анния Милона, в свое время приговоренного за убийство Клодия к изгнанию, и они оба возглавили народные волнения, причем Милон действовал от имени Помпея. Видимо, население Италии в это время было настроено в большой степени процезаревски и поэтому особенно активной поддержки повстанцам не оказало. Милон и Целий были убиты, и спокойствие в Италии было восстановлено. Все эти дела закончились, по-видимому, еще до возвращения Антония в Рим. Но в следующем году начались новые волнения, с которыми уже пришлось иметь дело Антонию.
В 47 г. до н. э. с программой отмены долгов выступил народный трибун Публий Корнелий Долабелла. Он был еще довольно молодым, но чрезвычайно честолюбивым человеком. Приблизительно три года назад он женился на дочери Цицерона и был тогда противником Цезаря, но, подобно Куриону, из-за нужды в деньгах стал цезарианцем. Он был на 13 лет моложе Антония, но входил в число его друзей. Пользуясь этой дружбой, Долабелла пытался провести свое предложение с помощью всемогущего начальника конницы. Против Долабеллы решительно выступили другой трибун Люций Требеллий, а также близкий друг Цезаря Гай Азиний Поллион. И Антоний встал на их сторону. На это его толкнули и соображения личного порядка. Антоний заподозрил свою жену в измене именно в Долабеллой и с позором выгнал ее из дома. Теперь уже не только о дружбе между Антонием и Долабеллой не могло быть и речи, но и о простом нейтралитете. Антоний решительно выступил против предложения трибуна. В ответ Долабелла со своими сторонниками занял форум. Сенат официально поручил Антонию и восьми народным трибунам, т. е. всем, кроме Долабеллы и ради видимости объективности Требеллия, навести в городе порядок. Антоний только этого и ждал. Опираясь и на свои полномочия, и на постановление сената, он ввел на форум войска и силой подавил движение. Правда, волнения в городе еще продолжались, но до открытого сражения противостояние уже не доходило. Другим делом, с которым пришлось столкнуться Антонию, были волнения среди цезаревских ветеранов в Кампании. Антоний был вынужден сам отправиться в Кампанию и успокоить ветеранов.