Цезарь вернулся из Испании в 60 г. до н. э. Там он столь успешно воевал с лузитанами, что те уже больше никогда не поднимали оружия против Рима. За свои победы он был вполне достоин триумфа, но хотел стать не только триумфатором, но и консулом. Однако триумфатор не мог появляться в городе до триумфального шествия, а кандидат в консулы должен был лично представляться народу. Правда, последнее правило не раз нарушалось, когда сенат разрешал баллотироваться заочно. С такой просьбой обратился к сенату и Цезарь. Когда в сенат поступила эта просьба, первым против нее выступил Катон. Его речь, произнесенная в последний день перед началом предвыборной кампании и продолжавшаяся до самого закрытия сенатского заседания, сыграла свою роль: у сената просто не осталось времени для принятия решения. Тогда Цезарь отказался от триумфа и, лично прибыв в город, выставил свою кандидатуру. Чтобы реально добиться победы, Цезарь примирил Помпея и Красса, составив так называемый первый триумвират. И когда сведения о создании такого союза просочились, на него опять же обрушился Катон, заявляя, что это шаг к гибели республики. При помощи Помпея и Красса Цезарь был избран консулом на 59 г. до н. э., но его коллегой стал Марк Кальпурний Бибул, зять Катона, женатый на его дочери от первого брака Порции. Катон и Бибул стали противодействовать всем мероприятиям Цезаря.
Первое столкновение с Цезарем произошло из-за предложенного им аграрного закона, предусматривавшего раздел земель и вывод колоний. Сенат во многом по инициативе Катона выступил против него, и тогда Цезарь созвал народное собрание. Катон и Бибул и на собрании решительно выступили против законопроекта. Вооруженные сторонники триумвиров угрожали смертью консулу, и друзья с трудом увели его. А Катон решительно бросился в середину толпы и попытался держать речь, как бы желая повторить свой успех трехлетней давности. Но время решительно изменилось. Сторонники Цезаря просто подняли Катона на руки и вынесли с форума. Катон вернулся и, так как его никто не слушал, начал кричать на Цезаря, и тогда его снова на руках вынесли и выбросили. Закон был принят, и Цезарь добился добавления к нему особого постановления, согласно которому все сенаторы должны под угрозой смертной казни поклясться в его действенности и в защите от любого посягательства. Катон долго отказывался принести эту клятву, пока Цицерон не убедил его не подвергать напрасно себя наказанию, ибо, прибавил он, если Катон не нуждается в Риме, то Рим нуждается в Катоне. Катон и его друг Марк Фавоний были последними сенаторами, которые принесли требуемую клятву.
Новое столкновение произошло при обсуждении второго аграрного закона Цезаря: о разделении Кампании между бедняками. Катон снова решительно выступил против этого законопроекта. Он вновь прибег к обструкции: попросив в заседании сената слова, он говорил до самого вечера, когда заседание уже должно было закрыться. Взбешенный Цезарь приказал арестовать Катона, и тогда весь сенат, к которому присоединилась и часть народа, последовал за Катоном. Цезарь был вынужден его освободить, но после этого Катон вообще отказался присутствовать на сенатских заседаниях.
Вновь в сенате Катон появился только уже в новом году, когда Цезарь уехал в свои провинции, где он начал войну с галлами. Но теперь против Катона выступил Клодий, бывший в этом году народным трибуном. Для того чтобы хоть на какое-то время удалить Катона из Рима, он придумал обходной маневр. Еще в конце 59 г. до н. э. Клодий обвинил кипрского царя Птолемея в пособничестве пиратам, поскольку тот восемь лет назад не собрал выкуп для освобождения его, Клодия, захваченного пиратами. Народ поддержал Клодия, и был принят закон о лишении Птолемея трона и превращении Кипра в провинцию римского народа. Катон выступил против этого закона, считая его совершенно несправедливым, но опять потерпел неудачу. Более того, ссылаясь на огромные богатства кипрского царя, которые должны теперь перейти в римскую казну, и заявляя, что такое важное дело можно доверить лишь человеку безупречной честности, Клодий предложил направить с этой миссией на Кипр именно Катона. Катон прекрасно понимал замысел Клодия, но предложение трибуна было принято народным собранием и неповиновение ему было бы еще большим беззаконием и грозило суровым наказанием. И Катон был вынужден повиноваться. Более того, поручение ему было еще расширено: он должен был организовать возвращение изгнанников в город Византий. А для выполнения обоих поручений Катону не было предоставлено ни государственного корабля, ни воинов, а в помощники ему были даны только два писца, из которых один был клиентом самого Клодия. Таким образом, Катон надолго удалялся из Рима.