В 54 г. до н. э. Брут женился на Клавдии, дочери Аппия Клавдия Пульхра. Род Клавдиев был одним из самых знатных в Риме и играл в его жизни огромную роль, начиная с самых ранних периодов истории республики. Тесть Брута был в свое время претором, пропретором Сардинии, а в год брака своей дочери консулом. Другая его дочь в том же году была выдана замуж за Помпея, старшего сына Гнея. Сам Клавдий был другом Цицерона, а в свое время очень близок к Лукуллу. Эта семья как бы связывала различные группировки римской аристократии, в политическом плане, как правило, принадлежавшие к оптиматам. Когда в следующем году Клавдий стал проконсулом Киликии и предложил Бруту вместе с ним отправиться в эту провинцию в качестве его квестора, то на этот раз он согласился.
Сколько времени Брут находился в Киликии, точно не известно. Когда весной 51 г. до н. э. Цицерон приехал в Киликию сменить Клавдия в качестве наместника этой провинции, тот вопреки обычаю не встретил своего преемника вблизи границы и не сдал ему тотчас дела, а в ее восточной части еще продолжал свою деятельность. Но Брута в это время в Киликии уже не было; он, вероятно, уже находился в Риме. Но и сравнительно недолгое пребывание в Малой Азии Брут использовал с большой пользой для себя. Он обладал довольно большим состоянием и часть его пустил в рост, давая большие деньги в долг как зависимым царям Галатии и Каппадокии, так и провинциалам, причем последним он ссужал деньги вопреки закону. Правда, Брут действовал через посредников — своих друзей Марка Скапция, Публия Матиния, Люция Главцию. Он добился (может быть, с помощью дяди), что сенат специальным решением разрешил эту финансовую операцию. Используя свое служебное положение, он с конным отрядом окружил здание городского совета кипрского города Саламина, так что пять членов совета даже умерли от голода, и заставил признать долг с процентами, в четыре раза превышающими законные. Сменивший Клавдия Цицерон пытался урегулировать спор между друзьями Брута (за которыми стоял он сам) и жителями Саламина, но в конце концов пошел, видимо, на уступки Бруту. Брут использовал близкое знакомство с Цицероном, чтобы и в его проконсульство добиваться своих целей в Азии и «проталкивать» друзей нате или иные выгодные и нужные должности. Позже Брута не раз обвиняли и в корыстолюбии, и в жестокости при «выколачивании» долгов, и в протекционизме, чем он решительно отличался от дяди.
После возвращения из Киликии Аппий Клавдий был обвинен в «вымогательстве», т. е. в произволе по отношению к провинциалам. Хотя Цицерон был обижен на него, он сразу же встал на его защиту. Правда, непосредственно защитить Клавдия он не мог, ибо находился не в Риме, а в Киликии, но его письма в защиту своего предшественника повлияли на ход дела, причем Цицерон не скрывал, что делал это лишь ради Брута. Клавдия поддержало и государство, т. е. сенат, который увидел в этом обвинении попытку дискредитировать одного из самых видных нобилей. Характерно, что Брут, хотя и являлся ближайшим помощником Клавдия, к суду привлечен не был. Похоже, он даже не выступал в качестве свидетеля.
Брут в это время был заметной фигурой в римской жизни. Он уже довольно давно, хотя, когда точно не известно, получил почетный титул princeps iuventutis — первого среди молодежи. Это означало, что когда цензоры составляли список всаднической молодежи, то первым в этом списке стояло имя Брута. Много позже, уже при империи, princeps iuventutis станет титулом сына императора как главы всаднического сословия. В эпоху же республики этот титул не давал никаких особых преимуществ, но был очень почетным и являлся знаком общественного признания.
В 49 г. до н. э. Брут снова находился в Киликии в качестве легата ее нового наместника Публия Сестия, верного друга Цицерона. Там его и застало начало новой гражданской войны. Сестий, естественно, примкнул к Помпею. То же самое вопреки всеобщему ожиданию, поскольку все знали о его ненависти к Помпею, сделал и Брут. В этом явно сказалось влияние Катона и даже, по-видимому, его прямой приказ. Как и его дядя, Брут считал Помпея в этот момент меньшим злом для республики, чем Цезаря. Встав на сторону Помпея, Брут уже не хотел отсиживаться в далекой провинции, где по существу ничего не происходило, и решил уехать непосредственно к Помпею, который в это время находился в Македонии. Впрочем, и Сестий вскоре тоже решил присоединиться к армии Помпея, так что возможно, что они покинули провинцию вместе. Присоединение к нему Брута стало приятной неожиданностью даже для самого Помпея. Неизвестно, участвовал ли Брут в битве при Диррахии в январе 48 г. до н. э., но в июне этого года он еще находился в лагере около этого города. Через месяц он уже был в главной армии Помпея.