9 августа 48 г. до н. э. около Фарсала произошла решительная битва этой гражданской войны, в которой помпеянцы были наголову разгромлены. Еще до того, как остатки армии Помпея разбежались, Брут покинул лагерь и, спасая свою жизнь, укрылся в каком-то болоте, а затем добрался до близлежащего города Лариссы. Оттуда в полном отчаянии он написал письмо Цезарю, прося, вероятно, прощения за свою позицию в этой войне. Мы не знаем, ответил ли Цезарь ему письменно, но вскоре Брут сам явился в его лагерь и был чрезвычайно благосклонно принят победителем. Цезарь приблизил его к себе и даже стал обсуждать с ним различные вопросы. И во время этих бесед Брут высказал мысль, что бежавший Помпей, вероятнее всего, направился в Египет. Что это было? Холодно рассчитанным предательством своего бывшего командующего и доказательством своей верности новому господину? Или результатом вполне понятной депрессии, в которую впал Брут после страшного поражения? Как бы то ни было, после этого Брут очутился среди ближайших соратников и даже друзей Цезаря. Он был не один такой. Среди других, например, на сторону Цезаря перешел и начальник Брута по Киликии Сестий. К чести Брута, очнувшись от первого шока, вызванного сражением при Фарсале, он использовал свое новое положение при особе Цезаря, чтобы начать защищать других бывших помпеянцев. Так, он сумел добиться оправдания Кассия. Но его горячая речь в защиту галатского царя Дейотара, активно, хотя и вынужденно помогавшего Помпею, оказалась безуспешной, и Цезарь лишил Дейотара трона. Впрочем, надо заметить, что Кассий был родственником Брута — он был женат на его сводной сестре, дочери Сервилии от второго брака с Силаном, а с Дейотаром были связаны еще и его дядя Катон, и отец Катона, да и сам Брут. Защищал ли Брут тех, кто с ним или его семьей связан не был, мы сказать не можем.
После битвы при Фарсале враги Цезаря собрались в Африке. И в конце 47 г. до н. э. Цезарь отправился в африканский поход. Перед этим он принял ряд мер по укреплению своего тыла. Брута, который не был до этого ни претором, ни консулом, он, вопреки закону и обычаю, назначил наместником Цизальпинской Галлии. Эта провинция по существу являлась предпольем Италии и в значительной степени ключом к ней, ибо не была от нее отделена ни морем, ни горами, а, наоборот, соединена с ней прекрасными дорогами. Еще совсем недавно сам Цезарь использовал Цизальпинскую Галлию как плацдарм для начала новой гражданской войны. Так что назначение Брута в эту провинцию было делом весьма ответственным и явным знаком доверия к нему со стороны Цезаря. И Брут полностью оправдал это доверие, проявив себя в провинции как очень неплохой администратор, при этом никак не покушавшийся на власть Цезаря. Правда, узнав о гибели своего дяди, он побудил Цицерона написать сочинение, восхвалявшее Катона, да и сам вскоре тоже написал такое сочинение. Но Цезарь особенного внимания на эту фронду не обратил.
В марте 45 г. до н. э. истекал срок наместничества Брута в Цизальпинской Галлии, и он стал готовиться к передаче дел своему преемнику, а уже в апреле или мае снова появился в Риме. Цезарь высоко оценил деятельность Брута и его верность. Он назначил его, оформив через народное собрание как избрание, городским претором на следующий 44 г. до н. э. Преторов было несколько, они считались равными между собой, но городской претор (praetor urbanus), разбиравший дела между гражданами, занимал все же наиболее почетное положение в этой коллегии. Назначение Брута на этот пост было следующим знаком цезаревского доверия и оценки его деятельности. В Риме даже стали ходить слухи, что Цезарь якобы намеревается сделать Брута наследником своей власти.
Пока же Брут был просто частным человеком. Но он не терял времени даром, продолжая вращаться в кругах римских интеллектуалов, таких как Цицерон и Аттик. В то же время много толков в Риме вызвал развод Брута с Клавдией и его женитьба на своей двоюродной сестре Порции, дочери Катона и вдове Марка Кальпурния Бибула. В свое время Бибул был одним из близких друзей Катона и видным деятелем республиканского лагеря. В 59 г. до н. э. он являлся консулом и неудачливым коллегой Цезаря. Позже именно он предложил (или, может быть, просто «озвучил» решение, принятое Катоном как признанным главой республиканцев) назначить Помпея единоличным консулом, а во время гражданской войны командовал помпеянским флотом в Адриатическом море, но не сумел помешать переправе войск Цезаря на Балканский полуостров, а вскоре после этого события тяжело заболел и, не желая покидать свой пост и не имея возможности в этих условиях лечиться, умер. Брак Брута с Порцией, несомненно, имел политическую подоплеку, что еще больше подогрело толки в римском обществе и вызвало недовольство матери Брута Сервилии, которая, по-видимому, не хотела, чтобы ее сын этой своей выходкой испортил недавно налаженные отношения с диктатором. Что же касается самого Брута, то он в это время всячески подчеркивал свою лояльность Цезарю. Он даже уговаривал Цицерона посвятить Цезарю какое-либо сочинение или составить приветственный адрес по случаю победы Цезаря над остатками помпеянцев при Мунде в Испании. И Цезарь, со своей стороны, не проявлял недовольства Брутом. Само его назначение на ответственный пост городского претора было знаком сохраняющегося благорасположения Цезаря. А интеллигентские выходки, вроде панегирика Катону или женитьбе на Порции, Цезаря не особенно беспокоили. Он сам сочинил памфлет «Антикатон», но этим и ограничился, считая, что пока эти высоколобые пустомели болтают и ничего практического не предпринимают, они ему совершенно не страшны. Однако он ошибался.