Помпей, получив некоторую передышку в связи с возвращением Цезаря в Рим, а затем его кампанией в Испании, стал собирать новую армию и решил во чтобы то ни стало не допустить переправы Цезаря через Адриатическое море. С этой целью он сосредоточил свой флот вдоль западного побережья Балканского полуострова. Одной из эскадр, состоявшей из сирийских кораблей, командовал Кассий, уже довольно хорошо знакомый с сирийцами. Все же помешать переправе сначала авангарда цезаревской армии во главе с самим Цезарем, а затем и значительных подкреплений этот флот все же не сумел. А скоро умер Бибул, и флот лишился общего командования, так что отдельные командиры, и в их числе Кассий, стали действовать по собственному усмотрению. Тем временем армии Помпея и Цезаря удалились от побережья и ушли в глубь полуострова, где и разыгралась битва при Фарсале. Еще до этого Кассий, подчинив себе также киликийские и финикийские корабли (а они, пожалуй, были лучшими в помпеянском флоте, ибо финикийцы и киликийцы обладали древнейшей морской традицией), видя полную бесполезность дальнейших действий на Адриатике, совершил рейд на Сицилию. Воспользовавшись разделением цезаревского флота на две отдельные эскадры, он неожиданно напал на ту, которой командовал Публий Помпоний, и полностью ее уничтожил. Это вызвало панику в цезаревском лагере, и только полученное известие о победе Цезаря при Фарсале удержало его воинов и сторонников от капитуляции. Вслед за тем Кассий обрушился на эскадру Публия Сульпиция и тоже начал сжигать вражеские суда. Однако в дело вмешались находившиеся поблизости ветераны, которые по собственному почину взошли на корабли и обрушились на флот Кассия. Исход этого морского сражения по существу был ничейным, и каждая сторона, как это обычно водится в таких случаях, считала себя победительницей. Но в это время уже сам Кассий получил совершенно достоверное известие о поражении Помпея. Он решил, что в таком положении дальше сражаться бессмысленно. На какое-то время он со своими кораблями пытался удержать Геллеспонт, но вскоре без всякого сопротивления сдал свои суда и отправился на остров Родос, где по традиции находили убежище римские изгнанники. Его родственник Брут ходатайствовал за него перед Цезарем. И сам Кассий порой порывался уехать с Родоса в Александрию, где тогда находился Цезарь, но все же не решился. Только после того, как Цезарь разбил сына Митридата Фарнака, пытавшегося вернуть себе отцовское Понтийское царство, и находился в Малой Азии, Кассий двинулся навстречу ему, и они встретились в Киликии. По просьбе Брута Цезарь простил Кассия и даже дал ему ранг своего легата, но в армию на всякий случай не принял и оставил его в провинции Азии, которая занимала западную часть Малоазийского полуострова.
В Азии Кассий находился не меньше полутора лет. Было ли это выполнением поручения Цезаря или более, или менее почетной ссылкой, но Кассий своим пребыванием там и своим бездействием тяготился. Правда, несколько неожиданно выпавший досуг он использовал для изучения философии. Наиболее близким ему оказалось эпикурейство, и он стал серьезно его изучать, даже критикуя за искажение учения Эпикура некоторых его римских последователей. И все же в январе 45 г. до н. э. Кассий с удовольствием покинул Азию и возвратился в Италию. Правда, ему пришлось на некоторое время задержаться в Брундизии. Цезарь в это время находился в Испании, где вел свою последнюю войну с помпеянцами. Может быть, оставшиеся вместо него в Риме его сторонники все же побаивались пребывания в городе Кассия. Сам Кассий в это время еще не помышлял о выступлении против Цезаря. Сравнивая его с Гнеем, старшим сыном Помпея, стоявшим в то время во главе помпеянских сил, он отдавал предпочтение Цезарю. На какое-то время Кассий, похоже, снова покинул Италию и побывал в Афинах, где стал свидетелем убийства Марка Клавдия Марцелла, друга Катона и противника Цезаря, но помилованного последним и готовившегося вернуться в Рим, однако убитого до того, как предпринял эту поездку.