Истоки среднеазиатского восстания 1916 года можно проследить в российском колониальном проникновении в регион в конце XIX века. Империя начала продвигаться в Туркестанский край с тех пор, как Петр I направил войска в Хиву в 1717 году, но полностью интегрировать его в царскую империю удалось только после серии аннексий с середины 1860-х до середины 1880-х годов, в результате которых были присоединены земли к югу от Ферганы, а в 1873 году был установлен протекторат над все еще номинально независимыми (но территориально урезанными) Бухарским и Хивинским ханствами. Тем временем Кокандское ханство было распущено в результате антироссийского восстания в 1875 году. К этим землям добавилась Закаспийская область, завоеванная генералами М.Д. Скобелевым и М.Н. Анненковым в 1881-1885 годах.
Первым двигателем этой экспансии было закрепление за Россией богатых хлопком долин орошаемых районов Южного Туркестана, чтобы обеспечить процветающую текстильную промышленность (поскольку поставки из Соединенных Штатов стали ненадежными во время и после Гражданской войны в Америке). Во-вторых, Санкт-Петербург играл в "Большую игру", поскольку его военное и экономическое присутствие в этих регионах оказывало давление на британские владения и протектораты в Индии, Персии и Афганистане, тем самым расшатывая позиции державы, все еще вызывающей всеобщее осуждение за унижение России в Крыму в 1850-х годах и на Берлинском конгрессе 1878 года (когда Александр II был вынужден отказаться от многих наград, завоеванных огромной ценой в русско-турецкой войне 1877-78 годов). Однако по мере того, как русские переселенцы следовали за императорским флагом в Туркестан, особенно в ходе переселенческих кампаний, организованных Сергеем Витте в 1890-х годах и премьер-министром Петром Столыпиным после 1906 года, и облегченных завершением строительства железной дороги Оренбург-Ташкент в 1906 году, возникали различные сложные экономические и политические проблемы: например, столкновения из-за прав на землю и воду между коренными жителями и прибывающими поселенцами, и особенно конфликты между кочевниками и русскими фермерами, а также недовольство полувоенным, колониальным управлением, навязанным региону Санкт-Петербургом. Ни один другой регион Российской империи в течение столь длительного периода времени не терпел такого дискриминационного правления, как Туркестанское генерал-губернаторство, и, по мнению историка Дэниела Броуэра, восстание 1916 года было не чем иным, как "приговором империи за полвека колониального правления" в Центральной Азии. Развитие крупной хлопковой промышленности в орошаемых южных долинах региона принесло определенные выгоды местному населению, но это было хрупкое дело, подверженное огромным колебаниям мировых цен на хлопок (в основном фиксированных в США), которые часто приводили к экономическим кризисам в Центральной Азии: небывалый урожай в Луизиане мог обернуться катастрофой для Ферганы. Экономические проблемы усугубила Первая мировая война: цены на хлопок упали, а цены на потребительские товары росли по спирали, в то время как принудительная мобилизация лошадей военными властями также вызывала сильное недовольство.
Однако толчком к восстанию послужило решение Ставки, санкционированное Николаем II 25 июня 1916 года, о том, что в связи с нехваткой рабочей силы в промышленности и военном хозяйстве Европейской России 390 000 мужчин в возрасте от девятнадцати до сорока трех лет должны быть мобилизованы на военные работы из до сих пор освобожденных инородцев (туземцев, буквально "иностранцев") Центральной Азии. Формально они должны были входить в состав вооруженных сил, но им поручались работы по "строительству оборонительных укреплений и военных коммуникаций в прифронтовых районах, а также все другие работы, необходимые для обороны страны". Когда 30 июня - 8 июля 1918 года по прихоти царских администраторов, без должной подготовки и объяснений (и в разгар очень трудоемкого сбора хлопка) приказ был обнародован в Средней Азии, возникли неразбериха и паника: в частности, распространились слухи, что мужчин отправят воевать на фронт (некоторые из них - против мусульманской Турции). В течение нескольких дней большая часть региона, от Уральска на западе до Ферганы на востоке, подняла протест и восстание, особенно крупная демонстрация прошла в Ташкенте 11 июля, в то время как железнодорожные пути и телеграфные линии были широко саботированы по всему региону, а правительственные учреждения подверглись налетам, чтобы предотвратить принудительное перемещение тех, кого планировалось мобилизовать. Беспорядки и насилие были настолько масштабными, что 17 июля 1916 года весь Туркестанский край был объявлен на военном положении, а для командования Туркестанским военным округом с германского фронта был направлен генерал А.Н. Куропаткин, бывший военный министр империи (1898-1904), известный в русской армии как главный специалист по азиатским делам.