Антибольшевистский кокандский режим, тем временем, был эффективно разогнан красногвардейцами в феврале 1918 года, но после этого сопротивление в Ферганской долине пережило ренессанс под руководством лидера повстанцев Играш-бея, чьи силы выросли с примерно 4 000 в 1918 году до 20 000 (или, по некоторым оценкам, 30 000) к лету 1919 года, в то время как просоветские силы Молодой бухарской партии были изгнаны ханом из Бухары, а их соратники-младохивинцы были лишены контроля над собственной столицей из-за поддержки, оказанной хивинскому хану (Саиду Абдулле) могущественным мусульманским военачальником Джунаид-ханом.
* * *
Однако, помимо фронта против оренбургских казаков (вышеупомянутый Актюбинский фронт, который был активен главным образом в 1919 году), Ташкент столкнулся с наиболее серьезным и активным противодействием гражданской войны со стороны Ашхабада (Ахгабата), расположенного на западе, где проходил второй главный путь из региона - железнодорожная линия на Красноводск, на восточном берегу Каспийского моря, и против которого ташкентские большевики направили свой Закаспийский фронт.
После успешного антибольшевистского Ашхабадского восстания 11-12 июля 1918 года в Ашхабаде было создано меньшевистско-советское Закаспийское временное правительство (под руководством эсеровского железнодорожника А.Ф. Фунтикова), которое к концу того же месяца распространило свою власть на всю территорию бывшей Закаспийской области. Режим пользовался моральной, финансовой и (ограниченной) военной поддержкой и руководством со стороны британской военной миссии (Норперфорс) под командованием генерала Уилфреда Маллесона в Мешхеде, через границу в Северной Персии.
Закаспийское правительство регулярно (и предсказуемо) очернялось в последующих советских историях, поскольку считалось соучастником, под руководством Великобритании, печально известного расстрела 20 сентября 1918 года между станциями Перевал и Ахча-Куйма (на Закаспийской железной дороге) "двадцати шести комиссаров". Это была группа большевиков, дашнаков и левых эсеров, бывших руководителей Бакинской коммуны, которые после краха этого режима 26 июля 1918 года были заключены в тюрьму 14 августа 1918 года сменившей его Среднекаспийской диктатурой, в которой доминировали эсеры, меньшевики и дашнаки. 14 сентября 1918 года, когда Османская армия ислама штурмовала Баку, красногвардейцы под командованием Анастаса Микояна ворвались в Баиловскую тюрьму и освободили их. Комиссары бежали морем на пароходе "Туркмен", надеясь добраться до Астрахани, удерживаемой большевиками, но по неясным причинам капитан парохода вместо этого направился в Красноводск, расположенный на восточном берегу Каспийского моря. Там они были задержаны войсками, верными ашхабадскому правительству. Когда о присутствии комиссаров в Красноводске стало известно генералу Маллесону, он попросил офицера британской разведки в Ашхабаде, капитана Реджинальда Тиг-Джонса, предложить местным властям доставить пленников в Индию в качестве заложников, в надежде договориться об обмене на британских граждан, удерживаемых в России (в частности, членов британской военной миссии, недавно захваченных во Владикавказе). Тиг-Джонс присутствовал на заседании правительства Закаспийской области, на котором должна была решаться судьба комиссаров, но, по-видимому, не сообщил о предложении Маллесона и впоследствии настаивал на том, что покинул заседание до принятия решения. На следующий день (по его показаниям) он узнал, что правительство Закаспийской области распорядилось казнить этих людей.
Приговор был приведен в исполнение около 6.00 утра 20 сентября 1918 года - хотя, по неясным причинам, из тридцати пяти человек, находившихся в плену, были казнены только двадцать шесть. После гражданской войны советское правительство возложило вину за казнь двадцати шести комиссаров на англичан, утверждая даже, что именно британские агенты, находившиеся на борту "Туркмена", направили его в Красноводск. В этом им помогли показания Ф.А. Фунтикова, вышеупомянутого лидера ашхабадского режима, который (перед тем как его судили и расстреляли в Баку в 1926 году) утверждал, что Тиг-Джонс лично отдал приказ о казни. На всю оставшуюся историю СССР, где были воздвигнуты бесчисленные памятники двадцати шести комиссарам, этот вопрос будет омрачать англо-советские отношения. Она также наложила отпечаток на жизнь Тиг-Джонса, который впоследствии большую часть оставшегося двадцатого века жил под вымышленным именем ("Рональд Синклер"), опасаясь преследований со стороны ЧК или ее преемников, хотя до конца своей карьеры оставался офицером британской разведки. Только после смерти "Рональда Синклера" в возрасте 100 лет в доме престарелых в Плимуте, Англия, в ноябре 1988 года была раскрыта его подлинная личность.