Второй этап этой затянувшейся коды к гражданским войнам в Центральной Азии начался в ноябре 1921 года с драматического прибытия в Советский Туркестан бывшего турецкого генерала и военного министра Энвер-паши, который, находясь в бегах от кемалистского режима, ретроспективно обвинявшего его в провоцировании национальной катастрофы путем втягивания Турции в Первую мировую войну на стороне Центральных держав, заключил соглашение с Москвой в 1920 году, но затем восстал против большевиков и присоединился к басмачам в свете предполагаемого партнерства советского правительства (выраженного в Московском и Карсском договорах 1921 года) с Кемалем Ататюрком. Будучи чужаком (и антиклерикальным модернизатором), Энвер вызвал отторжение у многих более религиозных групп басмачей, но, будучи женатым на представительнице семьи османских султанов, он сумел объединить других в более регулярную армию численностью не менее 16 000 человек под своим главным командованием (хотя только 2 000 из этого числа подчинялись ему напрямую). К началу 1922 года Энвер захватил большую часть туманной Бухарской Народной Советской Республики и привлек на свою сторону некоторых разочарованных джадидов, ранее сотрудничавших с советским режимом.
Однако такой широкий политический союз было трудно поддерживать: многие ультраконсервативные басмачи ("фанатики", как называл их Энвер в личной переписке) считали своим главным врагом не большевиков, а джадидов, и между группами разного этнического происхождения (особенно между туркменами и узбеками и киргизами и узбеками) существовала ожесточенная вражда. Более того, Москва ответила новым раундом уступок и более активными усилиями побудить мусульманское население присоединиться к российским красным силам для борьбы с басмачами во имя модернизации и "свержения тирании мулл". Впоследствии, в ряде крупных сражений летом 1922 года, красные войска (под командованием военспецов В.И. Шорина и Н.Е. Какурина) добились заметных успехов в борьбе с Энвером (который был ранен в бою, а затем погиб 4 августа 1922 года под Бальджуаном). В этот момент, хотя некоторые группы держались в отдаленных горных крепостях, собственно басмаческое движение на советской территории, можно сказать, было близко к своему краху. Однако местные советские власти по-прежнему терпели периодические, но очень вредные акты саботажа, засад и убийств, а также разрозненные рейды против военных опорных пунктов по всему региону.
Заключительный этап мусульманского повстанческого движения, да и вообще "российских" гражданских войн, начался в 1923 году, когда лидеры басмачей, ранее бежавшие в Афганистан, начали совершать регулярные рейды через границу на советскую территорию и попытались интернационализировать борьбу, чтобы вовлечь в нее и Афганистан, и Персию. Однако они в основном не имели успеха: отчасти из-за двойственного или даже негативного отношения к ним британских имперских властей в Индии, Персии и Месопотамии (которые, что неудивительно, опасались, что мусульмане в их собственных владениях могут быть привлечены к партизанской модели освобождения от имперского порабощения, которую предлагали басмачи), а отчасти из-за того, что Москва старательно поддерживала лучшие отношения со своими южными соседями на основе договоров с Персией и Афганистаном от февраля 1921 года.