Эта победа положила конец войне. Спартанцы запросили мира, и Антипатр избавил их от унижения увидеть свой город занятым македонскими войсками; 50 заложников должны были служить порукою за мирное поведение Спарты. В общем же решение участи побежденных было предоставлено Эллинскому союзному собранию, которое постановило передать все дело на усмотрение Александра. Царь явил милосердие; все были прощены, только элейцы и ахейцы должны были уплатить Мегалополю 120 талантов за военные издержки. Греция была теперь вполне покорена, и до смерти Александра более никто не решился там поднять знамя мятежа против македонского владычества.
Между тем Александр безостановочно шел вперед. Ему предстояло теперь завоевать ядро монархии — область Перейду. Путь туда вел через страну диких уксиев, которые среди своих гор никогда не признавали персидского верховенства и привыкли взимать с царя дань, когда он проезжал из Сузы в Персеполь. Александр в быстрой атаке разбил их и принудил к покорности и уплате дани. Проходы, ведущие через горную цепь в Перейду, были преграждены окопами и заняты сильным персидским войском; но Александру удалось по непроходимым горным тропинкам зайти в тыл врагу и таким образом открыть себе путь к столице Персеполю, которая и была взята без дальнейшего сопротивления. Несметные сокровища, накопленные здесь в течение веков, — по преданию, 120 ООО талантов — сделались добычей победителя.
До сих пор Александр проходил по Азии, как по дружественной стране. Население почти всюду приветствовало его как своего освободителя от невыносимого рабства, и лишь в очень редких случаях оказывало ему сопротивление. Вследствие этого македонское войско соблюдало полную дисциплину и щадило жизнь и собственность туземцев. Но Персида была неприятельской страной, и надо было дать почувствовать ей всю серьезность настоящей войны. Поэтому Александр отдал богатый Персеполь на разграбление своему войску и велел сжечь дворец Ахеменидов, чтобы наглядно показать всем, что владычество персов кончилось. Пусть это был варварский поступок, каким называли его уже современники, — но Александр и воевал с варварами, и должен был говорить с ними на понятном для них языке.
Между тем наступила поздняя осень. Войско, которому после страшных трудностей похода необходимо нужен был отдых, осталось на зиму в Персиде, что было крайне важно и с военной точки зрения — в видах полного умиротворения страны. Спустя четыре месяца, с наступлением весны, армия двинулась далее, в Мидию. Там Дарий силился между тем организовать новое войско, но успел собрать лишь 3000 всадников и 6000 пехотинцев, включая и тех 1500 наемников, которые последовали за ним после битвы при Арбеле. Располагая такими незначительными силами, он, разумеется, не мог думать о войне против Александра; поэтому при приближении врага он удалился на восток, чтобы искать последнего убежища в далекой Бактрии, на самой отдаленной границе своего государства. Александр без боя занял Экбатану.
Таким образом и последний из главных городов Азии перешел в руки победителя. Война была окончена, Персии как державы более не существовало. Оставалось еще только овладеть бежавшим царем и принудить восточные сатрапии к признанию нового порядка. Ввиду огромного протяжения этих стран и воинственности их населения это предприятие должно было отнять много времени, но в военном отношении оно не представляло серьезных трудностей. Поэтому Александр отослал теперь фессалийцев и остальных греческих союзников на родину, исключая тех, кто добровольно пожелал продолжать службу под его знаменами; при этом он раздал 2000 талантов храбрецам, которые так много содействовали победе при Иссе и Арбеле. В Экбатане остался Парменион с частью войска, тогда как сам Александр во главе своих лучших полков двинулся в погоню за персидским царем.