Но как некогда в Сицилии, так и теперь в решительную минуту у Алкивиада не хватило духа выйти из границ законности и, очертя голову, идти напролом. Он упустил благоприятный случай, — на свое несчастье и на гибель Афин. Прожив без дела в Афинах целое лето, он, наконец, осенью вышел в море для покорения Ионии во главе ста триер, тысячи пятисот гоплитов и ста пятидесяти всадников, провожаемый нетерпеливыми ожиданиями своих сограждан. Более ему уже не суждено было увидеть родину.
Между тем на театре военных действий дела приняли очень неблагоприятный оборот для Афин. Со дня сражения при Кизике пелопоннесцы неутомимо работали над созданием нового флота; и хотя отозвание сицилийских контингентов очень затруднило эти старания, однако в конце концов цель была достигнута. Летом 407 г. у Эфеса стоял флот в 90 кораблей, который, хотя ни по численности, ни по достоинствам не мог сравниться с афинским, но все же был достаточен для того, чтобы тревожить последний и до известной степени тормозить его действия.
А главное, спартанцы наконец нашли подходящего человека для командования флотом. Новый наварх Лисандр, сын Аристокрита, принявший начальство летом этого года, происходил из небогатого дома, который, впрочем, подобно царям, вел свое происхождение от Геракла. Храбрый солдат и один из лучших полководцев того времени, он, однако, своими успехами был обязан главным образом своим дипломатическим способностям и умению .подчинять людей своим целям. В продолжение всей своей жизни он не имел других честолюбивых желаний, кроме желания быть полезным своему отечеству. Он стоял неизмеримо выше всяких низменных страстей; через его руки прошли миллионы, и он не присвоил себе из них ни одной драхмы. Человек, повелевавший почти с неограниченными полномочиями над половиной Эллады, умер в бедности.
В то же время отношения к Персии приняли более дружественный характер, чем когда-либо. Весною 407 г. в управлении Малой Азией произошла важная перемена; Тиссаферн был отрешен от должности сардского сатрапа и власть его ограничена Карией к югу от Меандра, а сатрапом Сард назначен был Кир, второй сын царя Дария, только что вышедший из отроческого возраста юноша с возвышенными стремлениями, мечтою которого было носить со временем корону Ахеменидов вместо своего старшего брата Артаксеркса. Отец поручил ему оказывать пелопоннесцам деятельную поддержку, и он скоро понял, что и ради собственных целей ему чрезвычайно важно приобрести надежный оплот в лице Спарты. Дипломатическая уступчивость Лисандра в значительной степени облегчила это сближение; и вот посыпались персидские субсидии для пелопоннесского флота в таком изобилии, как никогда раньше.
При таких обстоятельствах надежды, которые связывались в Афинах с отплытием многочисленного флота под командою Алкивиада, остались неосуществленными. Для крупных экспедиций зима вообще была неблагоприятной порой; скоро Алкивиаду пришлось бороться с финансовыми затруднениями, причем не обошлось без тяжелого притеснения союзников. Наконец, однажды, когда Алкивиад отправился в какую-то экспедицию, Лисандру удалось нанести поражение афинскому флоту, стоявшему у Нотия для охранения Эфеса, причем в его руки попало 15 триер; это была первая неудача на море, которую Афины потерпели за последние пять лет (весною 406 г.).
Это было сравнительно ничтожное поражение, нисколько не изменившее положения военных дел; но в Афинах оно произвело тем более сильное впечатление, что там с уверенностью ждали великих побед под предводительством Алкивиада. Этим настроением не замедлили воспользоваться многочисленные враги последнего; и они действительно достигли того, что на происшедших непосредственно после поражения выборах стратегов Алкивиад не был вновь избран. Гордость не позволяла ему вернуться в Афины, а так как и во флоте его влияние было поколеблено, то он тотчас сложил с себя начальство; он слишком высоко поднялся, чтобы подобно обыкновенному полководцу явиться для представления отчета в правильности своих действий. Поэтому он отправился в добровольное изгнание в свои укрепленные замки на Геллеспонте, которые он приобрел в период своего могущества как убежище на случай крайней нужды. Начальство над флотом принял Конон из Анафлиста, один из товарищей Алкивиада по стратегии, утвержденный в должности при выборах на следующий год.
В пелопоннесском флоте также произошла смена военачальников; место Лисандра в начале нового служебного года занял Калликратид (середина лета 406 г.). В то же время флот был увеличен до ста сорока триер, и явилась наконец возможность перейти к энергичному наступлению. Пелопоннесцы взяли приступом афинскую крепость близ Дельфиния на Хиосе, затем овладели Метимной на Лесбосе. Конон был слишком слаб, чтобы воспрепятствовать этим успехам, потому что его моряки, которым он, вследствие нужды в деньгах, платил жалованье неаккуратно, дезертировали массами, и его флот уменьшился благодаря этому до семидесяти триер. Наконец Калликратид принудил его к сражению перед Митиленской гаванью; 30 аттических триер было взято, остальные заперты в Митилене. Большого флота, который так долго господствовал на Эгейском море, более не существовало; с минуты на минуту можно было ожидать падения осажденного города, а от этого, по-видимому, зависел исход войны.