После длительных переговоров великие державы все же разрешили Греции оставить за собой все оккупированные острова за исключением Имброса, Самофракии, Тасоса, которые она должна была возвратить Турции. Вместе с тем, на Грецию возлагались определенные обязательства: великим державам и Турции она должна была дать удовлетворительные гарантии того, что острова не будут ни укреплены, ни использованы для какой-либо военной цели; греческое правительство обязывалось «принять меры для предотвращения контрабанды между островами и оттоманским материком» и ограждения на них прав мусульманского меньшинства. В ответной ноте державам Антанты от 21 февраля 1914 г. греческое правительство дало все требуемые гарантии. Такое половинчатое решение вопроса об Эгейских островах способствовало лишь ухудшению греко-турецких отношений. Помимо неразрешенного эгейского вопроса предпосылки для нового вооруженного столкновения между Грецией и Турцией создавал вопрос об эммиграционном движении в Македонии и Фракии (стороны обвиняли друг друга в насильственном выселении их единоверцев), а также более мелкие вопросы.
После Бухарестского мира 215 тыс. греков по-прежнему оставались на территории других Балканских государств, греческое население Турции, по разным данным, составляло от 1,3 млн до 2 млн человек. Младотурецкое правительство Турции, возмущенное передачей большинства островов Греции, усилило процесс «османизации» греков, проживавших в Малой Азии и Восточной Фракии, начатый еще осенью 1913 г. Посетивший в феврале 1914 г. русского генерального консула в Измире А. Д. Калмыкова эфесский митрополит Иоаким сообщал о трудностях, которые приходится переживать его пастве в связи с бойкотом и преследованиями, организованными младотурками. Мусульманам, говорил он, запрещено работать на виноградниках и табачных плантациях греков. Начатая ими работа уничтожается бойкотаджами (агитаторами бойкота). Митрополит выразил убеждение, что бойкот представляет собой «искусственное движение, созданное властями на основании инструкций комитета «Единение и прогресс», так как само мусульманское население индифферентно к нему и бойкотаджи применяют насилие против самих мусульман, чтобы помешать им работать и покупать товары у греков». По словам Иоакима, официальные власти или закрывают глаза на происходящее, или убеждают, что бойкот «является результатом патриотического воодушевления мусульман, вызванного захватом островов греками». В действительности организаторы бойкота действовали по указанию из Стамбула и с молчаливого одобрения местных властей. Они сами не скрывали того, что их цель — подорвать экономическое благосостояние греков, которые своими пожертвованиями поддерживают вооружение Греции против Турции. Бойкотаджи требовали, чтобы греки или перешли в мусульманскую веру, или выселились. Американский посол в Турции Г. Моргентау впоследствии объяснял такую политику Оттоманской порты желанием самым простым способом снизить процент греческого населения в Турции.
В апреле 1914 г. началось массовое бегство греков из Турции, которое ярко описал в своем донесении российский консул в Эдирне (Адрианополе) Якимов: «Испуганное насилиями комитаджиев и мухаджиров греко-православное население Кирк-Килиссе, Визы и Муратли массами направляется в Родосто для погрузки на пароходы. Путь на Константинополь закрыт. Ограбленные, голодные изгоняемые изолируются властями Родосто, не позволяющими сношений с общиной даже для помощи больным». По мнению Якимова, «усилившаяся со дня на день эмиграция грозила поголовным изгнанием из вилайета христиан». До начала первой мировой войны около 130 тыс. беженцев уже переселилось в греческую Македонию (более 70 тыс. проживало на островах, а 30 тыс. — в Старой Греции). В то же время наблюдался большой прилив в Малую Азию переселенцев-турок из Македонии, где греческое правительство притесняло их. С ноября 1912 по март 1914 г. только через Салоникский порт выехало 244 тыс. переселенцев-турок.
К концу весны 1914 г. греко-турецкие отношения еще более обострились. Греция и Турция активно готовились к войне. В конце мая в Пирей прибыло 6 миноносцев, строившихся английской фирмой «Вулкан». Были куплены два американских броненосца «Айдахо» и «Миссисипи» и крейсер, построенный в Англии для Китая. Кроме того, греческое правительство заказало крейсер в Англии, эскадренный миноносец во Франции и линкор в США. На греческих судоверфях был отменен обеденный перерыв с 12 до 15 часов. С помощью западных держав, как доносил российский военно-морской агент в Греции А. А. Макалинский, были пополнены запасы топлива, военного снаряжения и провианта на греческом флоте, который в середине июля 1914 г. был приведен в боевую готовность.