Несмотря на неудачу в достижении главной стратегической цели, поход на скифов имел далеко идущие последствия. Дело в том, что на первоначальной стадии похода персы завоевали фракийские земли и теперь у Дария был отличный плацдарм для наступления в Европе. Царь захотел его расширить и укрепить, поэтому в районе Геллеспонта были оставлены войска под командованием Мегабиза. Персидский полководец развернул мощное наступление в северном регионе Эгейского моря.
Первой жертвой персов стал основанный выходцами с Самоса город Перинф, расположенный на северном берегу Пропонтиды[32]. Жители оказали ожесточенное сопротивление захватчикам, однако подробностей обороны Геродот не сообщает. После падения Перинфа Мегабиз начал планомерное завоевание Фракии. Персы подчинили все побережье Пропонтиды и по личному распоряжению царя начали войну против племени пеонов, проживающих по соседству с фракийцами. Пеоны нисколько не испугались, собрали большое войско и выступили навстречу врагу. В пути две армии разминулись, и персы вторглись в Пеонию, оказавшуюся без защиты. Когда весть об этом дошла до пеонов, поджидавших врагов совсем в другом месте, то они просто разбежалось по домам. После этого все города Пеонии сдались на милость победителя. Мегабиз с пеонами не церемонился и стал массово переселять их в Азию, сгоняя с исконных земель.
Наступила очередь Македонии. Рассказ Геродота о том, что македонцы убили персидских послов, потребовавших покорности от царя Аминты, скорее всего, является позднейшей красивой легендой. Страна была не в том положении, чтобы ее правители могли позволить себе такие вольности. И Аминта и его сын Александр должны были знать, что последует за убийством послов. Другое дело, что они могли подкупить персидских уполномоченных. «Отец истории» пишет, что Аминта не только дал персам денег, но и выдал свою дочь за знатного перса Бубара, возглавлявшего посольство. Но тем не менее македонцы подчинились Дарию. Поход Мегабиза завершился полным успехом и несколько подсластил горечь поражения от скифов.
Возвращаясь в Малую Азию, Мегабиз обратил внимание на то, как использует царский подарок Гистией. Тиран Милета развернул на пожалованных землях грандиозные работы по возведению нового города и начал разработку серебряных рудников. Мегабиз, опытный воин, грамотно оценил складывающуюся ситуацию. Прибыв в Сарды, военачальник при личной встрече объяснил Дарию все последствия деятельности Гистиея: «Что ты сделал, царь? Ты предоставил эллину, человеку ловкому и хитрому, построить во Фракии город, там, где имеются в изобилии корабельный лес, дерево для весел и серебряные рудники; кругом живет множество эллинов и варваров, которые, признав его главенство над собой, будут делать все, что бы он ни приказал им, днем ли или ночью. Поэтому во избежание домашней войны останови его работы благовидным вызовом его к себе; когда ты будешь иметь его в своих руках, сделай так, чтобы он не мог уже перейти к эллинам» (Herod. V, 23).
Отличительной чертой Дария как правителя было то, что он умел прислушиваться к разумным советам приближенных. Его сын Ксеркс вел себя иначе, и такая самоуверенность не довела его до добра. Дарий срочно вызвал Гистиея в Сарды. Там он в очередной раз похвалил тирана Милета за спасение на Истре, объявил эллина верным другом, а затем предложил отправиться вместе в Сузы, чтобы обсудить грядущие великие свершения. Представил дело так, что отныне Гистией у него первый советник. Но чтобы окончательно усыпить бдительность хитрого тирана, сделал его своим сотрапезником, что считалось среди персов величайшей честью. Поставив сатрапом в Сардах своего брата Артафрена и назначив перса Отана преемником Мегабиза на посту командующего, Дарий в компании Гистиея отправился в Сузы.
Отан продолжил боевые действия в районе Пропонтиды. Были захвачены находившиеся на противоположных берегах Боспора Византий и Халкедон, затем персидский полководец мобилизовал флот эллинов с Лесбоса и с его помощью завоевал острова Лемнос и Имброс. После чего боевые действия в регионе на время прекратились.
Ситуация сложилась парадоксальная. Поход против скифов был провален, но во Фракии и на берегах Пропонтиды персы достигли колоссальных успехов. Это рикошетом ударило по полисам Балканской Греции, поскольку оказалась нарушена их связь с колониями в Северном Причерноморье. Возникли перебои с поставками зерна, а торговлю в регионе стали прибирать к рукам финикийские купцы. Афины, Коринф, Мегары, Милет и ряд других городов стали нести колоссальные убытки.