ЧСК собрала огромный документальный материал, полученный из различных ведомств и от отдельных лиц, так или иначе причастных к выработке и осуществлению государственного курса в период Монархии. Керенский, во время своего инспекционного посещения Царского Села, потребовал от Николая II, «во имя установления правды», допустить к личным бумагам и корреспонденции. Царь безропотно согласился, провел в свой кабинет, отпер все ящики письменного стола, показывал, где что лежит, давал необходимые пояснения. Несколько дней представители новой власти рылись в столах и шкафах Александровского дворца и увезли в Петроград множество бумаг.
Эта поездка оказалось очень познавательной для грозной «Немезиды Революции». После возвращения в Петроград Керенский заметил в кругу чиновников Министерства юстиции, что он очень удивлен тем, что «Николай II далеко не глуп, вопреки тому, что мы о Нем думали». Потом о том неожиданном для себя открытии Министр юстиции, а затем и Министр-председатель правительства в своих речах и многочисленных книгах ни разу не упомянул. Сакраментальный пассаж сохранили для потомства пораженные слушатели.
Внутри Чрезвычайной комиссии с самого начала шла борьба двух направлений. Первое представляли те, кто стоял на правовой точке зрения: скрупулезно собрать и всесторонне изучить факты и документы, а лишь затем делать выводы. Представители второго «революционного» течения придерживались иного подхода. Они были уверены, что «преступные деяния свергнутого режима» в главном и так известны, и нужно лишь «подобрать» материалы, раскрывающие такие деяния.
Подобной же разоблачительной позиции твердо придерживался глава Комиссии Н.К. Муравьев и его покровитель А.Ф. Керенский.
Столкновения между правоведами и обличителями начались буквально с первых дней. Когда военный следователь полковник С.А. Коренев, после подробного ознакомления с делом бывшего военного Министра генерала М.А. Беляева, доложил Комиссии, что «ничего сугубо преступного найти не смог» и предложил его освободить из-под ареста, то разгорелась целая буря. «Как освободить? — взорвался бывший адвокат Н.К. Муравьев. — Да Вы хотите на нас навлечь негодование народа. Да если бы Беляевы даже и совсем были бы невиновны, то теперь нужны жертвы для удовлетворения справедливого негодования общества против прошлого. А за бывшим военным Министром все-таки имеется большой грех — его угодливость перед власть предержащими. За это одно его надо сгноить в тюрьме».
Ясно, что при такой «правовой философии» о справедливом разбирательстве, казалось, не могло быть и речи. Однако в работе Комиссии участвовали многие юристы с многолетним стажем, имевшие четкие представления о профессиональной этике. Они не могли и не желали выполнять политический заказ.
Особенно ярко это проявилось в вопросе о признании «виновности» Царя. Правоведы твердо стояли на позиции закона, согласно которому Монарх не мог ни в какой форме не только привлекаться к суду, но против него вообще не могло выдвигаться обвинений. Антрепренеры же расследования, понимая, что с точки зрения юридической добиться вердикта невозможно, хотели все-таки уличить Царя в противогосударственной деятельности, вынести морально-исторический приговор. Как вспоминал заместитель председателя Комиссии сенатор С.В. Завадский, «Муравьев считал правдоподобным все глупые сплетни, которые ходили о том, что Царь готов был открыть фронт немцам, а Царица сообщала Вильгельму II о движении русских войск».
Для документирования этих «истин» использовались самые сомнительные приемы. В одной бульварной газете было опубликовано несколько якобы тайных телеграмм, которые отправлялись в Германию через нейтральные страны, и где содержались указания на переправку секретных сведений германскому командованию. Сии послания были подписаны «Алиса» иниу кого не должно было возникнуть сомнений, что эти депеши исходили от Царицы.
Увидав эти «документы», Керенский немедленно потребовал провести «тщательное расследование», а Муравьев просто сиял от радости. Вот они факты! Вот она измена! Несколько дней глава Комиссии только разговоры и вел об этих «неопровержимых уликах». Расследование же окончилось грандиозным конфузом.