Примерно в это же время, в конце XVI века, в Верхотурье прибывает иеромонах Иона, который решил рядом с отрогом основать мужскую обитель, выбрав место на берегу речек Калачик и Свияга. Он обратился к воеводе с просьбой бесплатно выделить лес, но получил категорический отказ. Обиженный Иона составил челобитную царю Борису Годунову, и монарх распорядился выдать необходимые строительные материалы. Руководство острогом выполнило волю царя, но весьма своеобразно: лес для постройки монастырского храма и келий они поставили Ионе в долг, и через некоторое время начали требовать его погашения. В 1602–1603 годах монах построил церковь святого Николая Чудотворца и кельи. В 1604 году Иона отправляется в Москву просить о постоянном жалованьи себе (6 рублей в год) и дьяку (3 рубля в год), которое в итоге получает. Так что строительство Верхотуринского Николаевского мужского монастыря идёт при активном участии правительства.
В этом нет ничего удивительного, так как Москва целенаправленно вела в Сибири работу по распространению православия. Даже иереев и монахов сюда направили по царскому указу вместе с первым архиепископом Киприаном. Большую часть белых и чёрных священников набрали в Москве, но не слишком удачно – многие убежали обратно в Россию, а оставшиеся отказывались служить в тяжёлых условиях. Беглецов задерживали и возвращали в Тобольск. И это при том, что священникам-переселенцам полагалось высокое жалованье – 23 рубля в год. Более того, со временем, кроме жалованья, стали выплачиваться и деньги на обустройство (подъёмные), которые достигали 60 рублей на семью. По тем временам это были большие средства. Для сравнения, дьяк в монастыре получал 3 рубля годового жалованья.
Город Верхотурье рос очень быстро. К 1624 году здесь проживало более 110 семей, общая численность членов которых достигала 200 человек. Монастырей рядом с городом к этому времени было уже два. В 1621 году сибирский архиепископ Киприан основал Покровскую женскую обитель.
Отстраивался и мужской монастырь. В 1624 году, кроме храма, на монастырской территории стояли четыре кельи: игумена, иеромонаха, старца и строителя. Рабочие жили тут же на собственном подворье. Кроме этого, монастырю принадлежали две деревни и земля рядом с самой обителью. Она и выступала основным источником натуральных доходов, главным из которых был, конечно, хлеб.
Площади монастырских земель с годами увеличивались, хотя число обитателей монастыря росло не так быстро: в 1621 году здесь проживало 8 монахов, а к 1672 году их стало 19 человек.
Особых событий в Верхотуринском монастыре не происходило. В начале XVIII века здесь возвели новый деревянный храм Покрова Пресвятой Богородицы. В 1704 году в нём установили раку с мощами Симеона Верхотурского. Спустя некоторое время московские архитекторы И.Б. Сорока и Н.Я. Грамотин построили рядом с ним большой каменный Никольский собор, в который в 1738 году перенесли останки Святого Симеона.
Верхотурский монастырь. 1890-е гг.
Расцвет паломничества в Верхотурье пришелся на вторую половину XIX столетия. С этим периодом связан и расцвет монастыря, его становление как важного духовного центра православия в Сибири. В обители возводятся новые здания, ремонтируются храмы. Так, деревянная гостиница для паломников появляется здесь в 1865 году, с увеличением числа верующих в 1892–1894 годах возводится новая двухэтажная каменная гостиница, а в 1910–1914 годах строится ещё и деревянный барак на 500 человек.
Во время, когда Григорий Распутин впервые посетил Верхотуринский монастырь, настоятелем в нём служил иеромонах Иов (Иван Брюхов), присланный с Валаама вместе с Арефом (Афанасий Тихонович Катаргин), известным впоследствии как преподобный Ареф Верхотуринский. Он, кстати, стал настоятелем обители в 1903 году, после Иова.
Но особо подружился Распутин с архимандритом Ксенофонтом (Медведевым), возглавившим монастырь в 1905 году. Познакомились они ещё при первом посещении, и в дальнейшем встречались не раз. По свидетельству Матрёны Распутиной, её отца приняли в обитель послушником. Условия жизни в монастыре комфортными назвать трудно: сырая келья с малюсеньким окошечком, узкая деревянная кровать без матраса, холодный каменный пол, старый грубо сколоченный стул, такой же стол.
Архимандрит Ксенофонт (слева)
Во второе или третье паломничество в Верхотуринский монастырь Распутин поселился не в самой обители, а у старца Макария (Михаила Васильевича Поликарпова), живущего в ближайшем к монастырю лесу отшельником. Григорий решил укрепить веру под началом знаменитого сибирского монаха, да и в самом монастыре ему настоятельно советовали отправиться в лес «за умом».