Пока Гильдебранд хлопотал в Германии, в Риме произошли новые события: Стефан IX, не отличавшийся крепостью здоровья, скончался и перед смертью заклинал, во избежание беспорядков, подождать с избранием нового папы до прибытия Гильдебранда, которому безусловно доверял. Но враги реформ, римские бароны, сочли, что настал их час. Разграбив сокровищницу св. Петра, они раздавали на всех углах и перекрестках деньги для привлечения продажных римлян на свою сторону. “Золотые увещания” оказались очень действенными и, невзирая на проклятия кардинала Дамиани, бароны избрали епископа Веллетрийского в папы под именем Бенедикта X (1058 – 1059). Их противники вынуждены были покинуть вечный город и старались привлечь на свою сторону Гильдебранда, только что возвратившегося из Германии. Но Гильдебранда незачем было и упрашивать: он ни в коем случае не мог признать Бенедикта, будучи связан клятвой, данной Генриху III. Кроме того, признание Бенедикта было равносильно торжеству прежнего порядка, столь ненавистного сторонникам преобразований. Не желая губить свое дело, Гильдебранд решительно выступил против дворянского папы, разослал во все стороны письма, просил в них не признавать Бенедикта, собрал павших духом кардиналов и всех недовольных римскими событиями, в том числе брата покойного Стефана, герцога Готфрида. Образовалась мало-помалу грозная сила. Гильдебранд решил избрать своего папу, и выбор его пал на епископа флорентийского Гебгарда. Опять в Германию отправилось посольство за согласием. Конечно, произвол римлян оскорбил императорское правительство, и оно одобрило выбор Гильдебранда. Тогда и кардиналы, и бежавшая часть римского духовенства торжественно признали Гебгарда наместником апостолов, дав ему имя Николая II (1059 – 1061). Следовало ожидать теперь кровавого столкновения между партиями, так как бароны неспособны были уступить без борьбы. Гильдебранд и тут принял меры: прежде всего он обратился к духовному оружию и предал Бенедикта и его сторонников анафеме. Затем, зная отлично слабость римлян к золоту, отправил в Рим значительное количество денег и этим возбудил там междоусобие; довольно долго кровь лилась рекою и горели дома, пока наконец не стала одолевать сторона Гильдебранда. Тогда и он вместе со своим избранником подступил к Риму, мечом и золотом сломил сопротивление и завладел городом. Бенедикт заперся в крепком замке, откуда Гильдебранд не мог его выбить за недостатком войск. Необходимо было для окончательной победы добыть войска, и вот Гильдебранд отправляется в южную Италию, к норманнам, вместе с Николаем снимает тяготевшее над ними отлучение, дает инвеституру норманнским князьям: Ричарду – на княжество Капуанское, а Роберту Коварному – на герцогство Апулию, Калабрию и Сицилию, “земли св. Петра”. Как бы в уплату за это оба князя дали клятву в верности римской церкви, обязались платить ей ежегодную подать и немедленно оказали помощь в борьбе против приверженцев Бенедикта. Окруженный со всех сторон, Бенедикт принужден был сдаться. Немедленно Гильдебранд созвал в Риме собор, чтобы покончить с расколом и решить много других важных проблем. Во время заседания этого собора ставленника дворян, по приказанию Гильдебранда, ввели в храм Спасителя, где толпилось множество прибывших на собор духовных лиц и мирян; с него сняли священническое облачение, поставили его пред алтарем и вложили в руку длинный список всевозможных преступлений, будто бы совершенных им. Бенедикт долго отказывался читать это ужасное самообвинение, но под воздействием угроз вынужден был, заливаясь горькими слезами, принести покаяние в несодеянных грехах. Возле стояла его мать с распущенными волосами, в разорванной одежде, рыдала, жаловалась на вопиющую несправедливость, ударяла себя в грудь, царапала лицо. То же делали и родственники; всему Риму было известно, что несчастный Бенедикт вел примерную жизнь и был одним из лучших пастырей своего времени.
Когда Бенедикт кончил печальное чтение, Гильдебранд прервал молчание словами: “Таковы деяния папы, избранного вами, римляне!” Затем несчастного облачили в папские ризы и совершили обряд низложения. Осужденный был лишен даже сана священника и еще несколько лет влачил жалкое существование, питаясь подаянием добрых людей... Впоследствии Гильдебранд горько каялся в поступке с Бенедиктом, сознаваясь, что последний пал искупительной жертвой в борьбе за отстранение дворянства от назначения пап, и похоронил его с почестями, подобающими истинному первосвященнику.
Таким образом, Гильдебранд показал всем, что не остановится ни перед чем для защиты апостольского престола от произвола римской знати, ибо это – первая ступень к владычеству папства над миром. Но низложение Бенедикта было одной стороной дела: устранен был ставленник дворянства, оставалось уничтожить саму возможность повторения чего-либо подобного в будущем. И вот тот же собор выработал правила, которыми впредь должно было руководствоваться при избрании пап: за римским клиром и народом оставалось право одобрения; патриций Генрих был лишен права назначения, но лично удержал право согласия. Теперь все зависело от решения коллегии кардиналов, которые и избирали преемника сошедшему со сцены папе. Избрание это могло происходить всюду, где собиралась “лучшая часть” кардиналов. Установлением этих руководящих правил не ограничилась деятельность собора: Гильдебранд видел, что союз со светской властью непрочен и дело преобразования медленно подвигается вперед, поэтому решился испробовать новое средство, указанное кардиналом Гумбертом, и обратился к совести прихожан. Соборным постановлением запрещено было посещать богослужения, совершаемые женатыми священнослужителями и симонистами. За исполнением этого запрещения во всей строгости должны были наблюдать бродячие монахи, не по разуму усердные, способные по одному подозрению возвести самое ужасное обвинение. Своими проповедями они волновали чернь и вооружали ее против духовенства. Волей-неволей для спасения своих жизней многие священнослужители отпустили жен, клялись изгнать симонию. Преобразования пошли несравненно быстрее. С этой поры Гильдебранд твердо уверовал в действенность средства кардинала Гумберта и пользовался своим неограниченным влиянием на папу для расширения его применения. Злые языки сравнивали отношения Николая к Гильдебранду с отношением осла к хозяину, и в этом сравнении заключалась доля правды, так как воля последнего была единственным законом для слабого папы. Немедленно для Гильдебранда был освобожден важный пост архидиакона, причем занимавшее ранее этот пост лицо получило изрядные деньги в уплату за свой вынужденный отказ. Архидиаконство до некоторой степени соответствовало министерству иностранных дел: все внешние дела перешли теперь в руки Гильдебранда, и он направил свои усилия на поднятие могущества пап в Европе, завязал дружественные отношения с французским королем, бургундскими владетелями, английскими епископами, а союзом с норманнами обезопасил южную окраину церковных владений. Оставалось сделать то же с северной; и тут и там папство подало руку нарождающимся силам: чем были норманны на Юге, тем стали патары на Севере.
В Ломбардии издавна епископы и высшие сословия притесняли низшие слои, опираясь на могущество германских императоров, и не хотели признавать над собой властной воли пап. Поэтому Рим нашел себе союзников в менее зажиточной, угнетенной части населения. Благодаря исконной поддержке пап их сторонники получили в Ломбардии действенные, чисто военные полномочия и ревностно старались проводить идеи реформы, убеждая дубьем, мечом, насмешками, грабежом и поджогами. Дикий разгул с самой кончины Виктора II воцарился на равнинах По. Тщетно епископы старались противодействовать злу убеждениями и презрением, дав сторонникам пап кличку “патары”, то есть “оборванцы”. Чернь не смутилась этим и бранное название приняла как почетное имя. Наконец мера терпения переполнилась, архиепископ миланский, избитый патарами, обратился к папе Стефану с просьбой сдержать безграничное усердие ревнителей. В Милан был отправлен легатом Гильдебранд. Торопясь, как известно, в Германию, он пробыл всего лишь несколько дней в столице Ломбардии и за это короткое время еще более укрепил связи патаров с Римом. После отъезда Гильдебранда смуты не улеглись. Знать напрягала все силы для усмирения патарии. Тогда патары обратились в Рим, к своим покровителям, с жалобой. Гильдебранд немедленно отправил в Милан Петра Дамиани, дав ему предписание не только искоренить симонию и брачную жизнь духовенства, но и подчинить Милан духовному главенству Рима. Несмотря на значительные волнения, угрожавшие даже жизни посла, Дамиани нанес смертельный удар независимости миланской митрополии, принудив самого архиепископа и все духовенство дать клятву, что они впредь тщательно будут избегать общения с женатыми священнослужителями и симонистами. Сверх того, архиепископ вместе со своими епископами должен был на римском соборе 1059 года – вопреки правам императорства – принять инвеституру из рук Николая II, чем признавал папу верховным сюзереном всех имперских ленов, принадлежавших ломбардскому духовенству. Уже этим невольным признанием самым существенным образом были задеты интересы молодого Генриха. Но Гильдебранд пошел еще дальше: на том же римском соборе он короновал Николая королевской короной, соединенной с папской тиарой, чем подчеркивал притязание пап быть VI светскими главами мира. Бросая этот вызов императорству, Гильдебранд рассчитывал на его слабость, вызванную малолетством Генриха IV и отсутствием прочного направления в политике его матери и опекунши, и хотел подготовить умы к дальнейшим своим требованиям. Но открытая борьба наступила скорее, чем можно было предполагать: постановления римского собора оскорбили императорство, немецких и ломбардских епископов, римское дворянство, и эти столь различные, даже враждебные порой силы соединились и своим влиянием побудили мать Генриха IV, Агнессу, на собор ответить собором, чтобы объявить все распоряжения папы Николая незаконными, а его самого низложенным и преданным анафеме.