Можно было бы ожидать, что вновь созданное управление немедленно включится в борьбу с многочисленными диверсионными группами и бандитскими формированиями. Однако этого не произошло. В силу сложившихся обстоятельств основным направлением деятельности войск НКВД по охране тыла стало наведение порядка на фронтовых коммуникациях.
В начале войны в прифронтовой полосе не существовало организованного передвижения автотранспортных средств, гужевого транспорта, пеших колонн, беженцев и организованно эвакуированных граждан. Двигаясь одни к фронту, другие в тыл по различным направлениям, зачастую на повышенных скоростях, потоки нередко пересекали маршруты движения друг друга, что непроизвольно или по злому умыслу приводило к образованию многочисленных заторов на дорогах, у переправ, которые стали удобными мишенями для нанесения бомбовых ударов вражеской авиации.
Организацией движения должны были заниматься подразделения, ведавшие дорожно-эксплуатационной и дорожно-комендантской службами. Но с первых же дней войны они оказались не способными справиться с гигантским объемом работы по регулированию движением и проверке документов. Поэтому войска НКВД, выделенные для охраны тыла, руководством фронтов и армейскими штабами направлялись в первую очередь на выполнение задач по наведению порядка на фронтовых дорогах. Так на путях массового передвижения войск и гражданского населения возникла служба войскового заграждения.
Тяжелая обстановка на фронтах, кроме того, вынуждала военные советы использовать войска НКВД для ведения боевых действий. Большинство их частей на Юго-Западном и Южном фронтах не выводилось из боя весь летний и осенний периоды 1941 года.
Таким образом, в начале войны в тылу фронтов не оказалось достаточного количества сил для успешной борьбы с преступниками всех мастей и оттенков, диверсионными группами и бандитскими формированиями. Выполнение этих задач носило бессистемный и случайный характер.
В начале 1942 года оперативная обстановка в тылу фронтов и особенно в прифронтовой полосе резко обострилась. Провал планов Блицкриг» и перспектива затяжной войны вынуждали абвер и военное командование вермахта фашистской Германии искать новые методы ее ведения, в том числе усилением разведывательной и диверсионной деятельности в тылу Красной Армии. С этой целью немцы стали широко использовать своих добровольных помощников из числа предателей Родины, преступников всех мастей и оттенков, оказавшихся на оккупированной территории. Переодетые в красноармейскую форму, они направлялись через линию фронта под личиной «отставших от своих частей» или «выходцев из окружения». Перед такими группами в два-три человека ставились задачи совершать «моральные диверсии» против местного населения путем распространения пораженческих настроений и панических слухов, пропагандировать «гуманность» немецкой армии, провоцировать выступления жителей на захват власти в своих населенных пунктах.
К этому времени четко наметилась тенденция сколачивания из разрозненных групп дезертиров, другого преступного элемента диверсионно-бандитских формирований, которые нередко возглавлялись заброшенными через линию фронта кадровыми офицерами вермахта. В прифронтовой полосе стали появляться также специально подготовленные диверсионные группы для уничтожения важных объектов, совершения террористических актов против руководителей местных органов власти и военного командования.
Уже в марте — апреле было отмечено появление агентуры противника в глубоком тылу страны, в том числе в районе городов Горького, Куйбышева и даже промышленного Урала.
Враждебный и преступный элемент в прифронтовой полосе чувствовал себя достаточно вольготно. Этому способствовал целый ряд обстоятельств. По мере успешного наступления Красной Армии освобождалось большое количество городов и других населенных пунктов, где находилось немало граждан, попавших сюда вследствие быстрого продвижения противника в период летнего и осеннего наступления в 1941 году и осевших здесь на время оккупации. В эти же места устремились лица, которые надеялись побыстрее вернуться в родные края после освобождения от немцев. После того как продвижение фронтов затормозилось, те и другие оказались непрошенными гостями среди местных жителей. На этой почве возникало немало конфликтных ситуаций. Не каждый из «пришельцев» имел необходимые документы, удостоверяющие личность. Проверить и доказать принадлежность гражданина к той или иной фамилии, подтвердить место проживания в населенном пункте, который находился еще на оккупированной территории, не представлялось возможности. Оставалась вера на слово, а это в условиях близости фронта могло иметь тяжкие последствия.