Важное значение в деле борьбы с противником в тылу придавалось организации повсеместной противодесантной обороны. Она предусматривала проведение штабами частей войск НКВД совместно с руководителями сельских и районных советов разведки подведомственных территорий для выявления мест вероятной высадки или выброски десантов и диверсионных групп противника, определения кратчайших маршрутов выдвижения к ним, приведение их в негодность на случай посадки самолетов. С этой целью здесь забивались заостренные колья, отрывались канавы и ямы, разбрасывались стволы деревьев, крупные камни. Все это тщательно маскировалось.
Не оставалось в стороне от проводимых мероприятий местное население. С помощью добровольных помощников штабами частей НКВД была повсеместно создана сеть круглосуточных постов для наблюдения за вероятными местами десантирования. На случай появления десанта или диверсионной группы во всех частях НКВД создавался резерв в составе усиленной роты.
Усложнилась служебно-боевая деятельность войск НКВД по охране железнодорожных сооружений и особо важных предприятий промышленности. Директивой НКВД СССР командирам частей предписывалось принимать под охрану важные объекты на освобожденной от противника территории без особых на то указаний, обеспечивать безопасность граждан, ведущих там восстановительные работы.
Перед войсками НКВД по охране железнодорожных сооружений ставилась задача организовать охрану стальных магистралей в тылу фронтов, сопровождать вагоны с особо ценными материальными средствами, контролировать порядок передвижения граждан по железным дорогам.
К началу 1942 года стали отчетливо проявляться организационные недостатки в службе по охране крупных железнодорожных объектов. Здесь задачи выполняли гарнизоны, которые состояли из целых подразделений, что приводило в одних случаях к недостатку, в других к избытку личного состава. Во главе гарнизонов в большинстве случаев стояли младшие командиры срочной службы. Гарнизоны размещались за пределами объектов, личный состав передвигался открыто к месту несения службы и в обратном направлении.
Резкое обострение оперативной обстановки в тылу фронтов выявило также ряд существенных недостатков в организации охраны особо важных объектов. Здесь, как и до начала войны, задачи выполнялись караулами. Наряды сменялись ежедневно в одно и то же время, причем личный состав чаще всего дислоцировался на значительном расстоянии от места несения службы. При этом за каждым подразделением закреплялось лишь определенное количество постов на охраняемом объекте, что приводило к обезличке, снижению ответственности должностных лиц за его безопасность, обороноспособность, нерациональному использованию личного состава. Установленная ритмичность передвижения смен, выставления часовых была известна всему работающему на предприятии персоналу.
Такая практика в условиях расширения и активизации деятельности агентуры и диверсионных групп противника, увеличения количества преступного элемента как за пределами охраняемого объекта, так и внутри периметра, явно не соответствовала обстановке. В этой связи перед войсками НКВД по охране железнодорожных сооружений и особо важных предприятий промышленности была поставлена задача перестроить службу применительно к пограничным методам.
Суть перестройки сводилась к тому, чтобы охрана объектов осуществлялась гарнизонами, расположенными непосредственно на объекте или вблизи от него. При этом постоянное место выставления часовых сохраняется лишь на тех постах, которые связаны с проверкой документов у жизненно важных центров внутри объекта. Все остальные направления и участки охраняются подвижными нарядами вокруг объекта и внутри периметра, на подступах к объекту возводятся контрольно-следовая полоса, различные инженерные сооружения оборонного значения.
Соответствующим образом в войсках была пересмотрена организационная структура частей и подразделений. Они теперь составлялись из различных типов гарнизонов. В самих гарнизонах количество личного состава колебалось от шести-двенадцати до ста тридцати человек. В войсках НКВД по охране железнодорожных сооружений имелось восемь типов гарнизонов, в войсках по охране особо важных предприятий промышленности их насчитывалось шесть. Все гарнизоны стали возглавляться средним командным составом и политработниками.