В огне пожара, из-за грабежей и мародерства погибли многие памятники материальной и духовной культуры. Огромный ущерб был нанесен памятникам древней русской архитектуры. Тогда же погибли ценнейшие собрания произведений искусства и литературы, сгорели богатейшие библиотеки Н. М. Карамзина, К. Ф. Калайдовича, А. И. Мусина-Пушкина, В. Л. Пушкина, Демидовых, Д. П. Бутурлина и ряда других. В доме Мусина-Пушкина погиб при пожаре вместе с другими древнерусскими рукописями список «Слова о полку Игореве», который находился в составе древнерусского сборника. Более 40 тыс. томов насчитывала библиотека Бутурлина, родственника по материнской линии Е. Р. Воронцовой-Дашковой — президента Российской академии при Екатерине II. Екатерина Романовна Дашкова много сделала для создания и расширения этой ценнейшей библиотеки. Она постоянно пополнялась и в начале XIX в., особенно книгами по юриспруденции, искусству, истории, литературе, теологии. Почетное место в библиотеке отводилось рукописным собраниям. Множество книг было выброшено из домов, толстыми фолиантами наполеоновские солдаты даже мостили утопавшие в осенней грязи улицы, топили печи. Некоторые из награбленных книг находили потом на покинутых французскими войсками бивуаках, в отбитых русскими военными частями или партизанами неприятельских обозах.
Вскоре после бегства французов из Москвы русская печать сообщила о гибели многих ценнейших произведений искусства. Так, «Сын Отечества», начавший издаваться в Петербурге в октябре 1812 г., уже во втором номере писал: «Здесь получено достоверное известие, что прекрасная библиотека … Бутурлина в Москве сожжена французами … Библиотека сия была украшением Москвы и известна всем любителям словесности … Не один сей памятник просвещения истреблен дерзкою рукою варваров XIX века!»
Наполеон пытался скрыть от своих войск, находившихся в пределах России и вне ее, от Франции, да и от всей Европы в целом трагизм положения французской армии в Москве. Поэтому он с большим бахвальством описывал своим министрам в Париже захват огромных богатств «в городе исключительной красоты», хвастался причиненными ему разрушениями. Он хотел бы, чтобы во Франции поверили в то, что Россия уже побеждена и что она в течение более двух столетий «не оправится от понесенных ею потерь». Однако скрывать действительное состояние армии в Москве Наполеону становилось все труднее. После неудачной миссии Лористона в ставку главнокомандующего русских войск и ряда других попыток начать переговоры о мире в связи со все более возраставшей угрозой оказаться блокированным в разоренной и сгоревшей Москве Наполеон решил уходить из нее, пока не поздно.
Город оказался в полукольце русских регулярных войск и ополчения. Лишь тонкая линия тщательно охраняемых коммуникаций связывала наполеоновскую армию со Смоленском. Решение об оставлении Москвы созрело у Наполеона в начале октября, а 7 (19) октября он начал отступление. Видимо, уже тогда он понимал, что это начало краха его всеевропейского владычества. Позднее на острове Святой Елены, он сказал: «Я должен был бы умереть сразу же после вступления в Москву».[124] Перед уходом из Москвы Наполеон замыслил уничтожение Кремлевского архитектурного ансамбля, многих церквей и общественных зданий Москвы. Так уже 26 сентября маршал Бертье получил от Наполеона приказ о подготовке к уничтожению Московского кремля.[125] Под его стены и башни была заложена взрывчатка. Но из-за сырой погоды, торопливости французов, а также в результате противодействия русских патриотов произошло только несколько взрывов, в результате которых пострадали частично стены, две башни Кремля, арсенал и Грановитая палата.