Так или иначе, государь Иван Васильевич активно занялся устройством опричнины.
Для постройки Опричного дворца (или, иначе, Опричного двора) — главной политической резиденции государева "удела" — было снесено множество зданий на Неглинной, напротив Кремля. Московский Опричный дворец располагался в том месте, где соединяются улицы Воздвиженка и Моховая; точно определил его положение дореволюционный историк И. Е. Забелин. Все пространство, отданное под постройку, было окружено высокой стеной с тремя воротами. На сажень она состояла из тесаного камня, и еще на две сажени — из кирпича. Рядом с дворцом располагались, по всей видимости, казармы опричной стражи ("особый лагерь", по Шлихтингу, изложенному в не очень точном переводе). Видимо, общая численность московского опричного отряда, охранявшего царя, составляла 500 человек. Северные ворота играли роль парадных. По свидетельству Генриха Штадена, они были окованы железными полосами и покрыты оловом. Сторожил их засов, закрепленный на двух мощных бревнах, глубоко врытых в землю. Украшением ворот служили два "резных разрисованных льва" (вместо глаз у них были вставлены зеркала), а также черный деревянный двуглавый орел с распростертыми крыльями, обращенный "в сторону земщины". На шпилях трех главных палат также красовались орлы, повернутые к земщине. Опричный дворец был надолго обеспечен всем необходимым; значительную часть его территории занимали хозяйственные постройки: поварни, погреба, хлебни и мыльни; "над погребами были сверху надстроены большие сараи с каменными подпорами из досок, прозрачно прорезанных в виде листвы…" Поскольку строительство производилось на сыром месте, двор пришлось засыпать песком "на локоть в вышину". Даже церковь поставили на сваях. Главная палата размещалась напротив восточных ворот, в нее можно было войти по двум лестницам (крылечкам). Перед лестницами высился помост, "…подобный четырехугольному столу; на него всходил великий князь, чтобы сесть на коня или слезть с него. Эти лестницы поддерживались двумя столбами, на которых покоилась крыша и стропила. Столбы и свод украшены были резьбой под листву. Переход шел кругом всех покоев и до стен. Этим переходом великий князь мог пройти сверху от покоев по стенам в церковь, которая стояла на восток перед двором, вне ограды…"
Московский Опричный дворец погиб в огне в 1571 году, когда крымский хан Девлет-Гирей спалил Москву. Но помимо этой царской резиденции в разное время строились и иные: в Старице, Вологде, Новгороде. На территории Александровской слободы Опричный дворец стали возводить, по всей видимости, одновременно с московским или вскоре после него. Иван Васильевич переехал туда из Москвы не ранее второй половины 1568 года и не позднее марта 1569 года. В московском дворце Иван IV провел относительно немного времени. Зато Александровская слобода, а позднее Старица на долгие годы становились настоящими "дублерами" русской столицы. Часть сооружений опричной поры сохранилась там до наших дней.
К несколько более позднему времени относятся известия о странном мистическом ордене, основанном царем из опричной "гвардии". Немцы-опричники Таубе и Крузе, впоследствии ставшие изменниками, сообщают: "Опричники (или избранные) должны во время езды иметь известное и заметное отличие, именно следующее: собачьи головы на шее у лошади и метлу на кнутовище. Это обозначает, что они сперва кусают, как собаки, а затем выметают все лишнее из страны". Сведения полностью подтверждаются русскими источниками; до наших дней дошло даже изображение конного опричника с метлой и собачьей головой. Кроме того, опричники должны были носить грубые и бедные верхние одежды из овчины наподобие монашеских, зато под ними скрывалось одеяние из шитого золотом сукна на собольем или куньем меху.
Иван IV образовал из опричного ополчения нечто вроде религиозного братства. В него вошло около 500 человек, по словам тех же Таубе и Крузе, "…молодых людей, большей частью очень низкого происхождения, смелых, дерзких, бесчестных и бездушных парней". Опричное братство оценивали очень по-разному. Основным источником информации о его истории является послание Таубе и Крузе польскому гетману Яну Ходкевичу, памятник противоречивый и далеко не столь достоверный, как, например, записки английских послов Ченслора и Дженкинсона. Однако ничего лучшего в распоряжении историка нет: "Этот орден предназначался для совершения особенных злодеяний. Из последующего видно, каковы были причины и основание этого братства. Прежде всего монастырь или место, где это братство было основано, был ни в каком ином месте, как в Александровской слободе, где большая часть опричников, за исключением тех, которые были посланцами или несли судейскую службу в Москве, имели свое местопребывание. Сам он был игуменом, князь Афанасий Вяземский — келарем, Малюта Скуратов — пономарем; и они вместе с другими распределяли службы монастырской жизни. В колокола звонил он сам вместе со своими сыновьями и пономарем. Рано утром… должны были все братья быть в церкви; все не явившиеся, за исключением тех, кто не явился вследствие телесной слабости, не щадятся, все равно, высокого ли они или низкого состояния, и приговариваются к 8 дням епитимьи. В этом собрании поет он сам со своими братьями и подчиненными попами с четырех до семи. Когда пробивает восемь часов, идет он снова в церковь, и каждый должен тотчас появиться. Там он снова занимается пением, пока не пробьет десять. К этому времени уже бывает готова трапеза, и все братья садятся за стол. Он же, как игумен, сам остается стоять, пока те едят. Каждый брат должен приносить кружки, сосуды и блюда к столу, и каждому подается еда и питье, очень дорогое и состоящее из вина и меда, и что не может съесть и выпить, он должен унести в сосудах и блюдах и раздать нищим, и, как большей частью случалось, это приносилось домой. Когда трапеза закончена, идет сам игумен ко столу. После того, как он кончает еду, редко пропускает он день, чтобы не пойти в застенок, в котором постоянно находятся много сот людей; их заставляет он в своем присутствии пытать или даже мучить до смерти безо всякой причины, вид чего вызывает в нем, согласно его природе, особенную радость и веселость. И есть свидетельство, что никогда не выглядит он более веселым и не беседует более весело, чем тогда, когда он присутствует при мучениях и пытках до восьми часов. И после этого каждый из братьев должен явиться в столовую, или трапезную, как они называют, на вечернюю молитву… После этого идет он ко сну в спальню, где находятся три приставленных к нему слепых старика; как только он ложится в постель, они начинают рассказывать ему старинные истории, сказки и фантазии, одну за другой. Такие речи, согласно его природе или постоянному упражнению, вызывают его ко сну, длящемуся не позже чем до 12 часов ночи. Затем появляется он тотчас же в колокольне и в церкви со всеми своими братьями, где остается до трех часов, и так поступает он ежедневно по будням и праздникам. Что касается до светских дел, смертоубийств и прочих тиранств и вообще всего его управления, то отдает он приказания в церкви. Для совершения всех этих злодейств он не пользуется ни палачами, ни их слугами, а только святыми братьями. Все, что приходило ему в голову, одного убить, другого сжечь, приказывает он в церкви; и те, кого он приказывает казнить, должны прибыть как можно скорее, и он дает письменное приказание, в котором указывается, каким образом они должны быть растерзаны и казнены; этому приказанию никто не противится, но все, наоборот, считают за счастье милость, святое и благое дело выполнить его… Все братья и он прежде всего должны носить длинные черные монашеские посохи с острыми наконечниками… а также длинные ножи под верхней одеждой, длиною в один локоть…" Некоторые из фактов, упомянутых Таубе и Крузе, подтверждаются иными источниками, например обширным известием об опричных годах в Пискаревском летописце.