Ещё один случай захвата заложников произошёл 26 мая 1994 года в районе посёлка Кинжал (Ставропольский край), когда четверо вооружённых чеченцев во главе с Магометом Бициевым захватили рейсовый автобус Владикавказ — Ставрополь и взяли в заложники 36 человек: 33 пассажиров автобуса и 3 подростков, взятых по дороге. Среди находившихся в автобусе заложников были школьники, их родители и учителя. Террористы выдвинули свои требования: дозаправленный вертолёт без экипажа, оружие и 10 миллионов долларов. Для освобождения заложников в Минеральные Воды из Москвы вылетела группа «А» во главе с командиром Г. Н. Зайцевым, аналогично к операции подключилось и краснодарское отделение «Альфы». Вечером в Минводы самолётами было доставлено 64 спецназовца, руководство операцией осуществлял командующий внутренними войсками МВД генерал-полковник А. С. Куликов. 27 мая вертолёт поднялся в воздух и взял курс на Ичкерию, за ним последовали шесть вертолётов с 38 бойцами «Альфы», 24 сотрудниками ГУОП МВД и 20 военнослужащими спецназа ВВ на бортах. В результате нехватки горючего оперативниками была совершена вынужденная посадка в районе селения Бачи-Юрт. Бойцы под командованием офицера «Альфы» подполковника А. Е. Старикова начали преследование при воздушной поддержке, обезвредив всех боевиков через час. Один человек скрылся, забрав два автомата и 47400 долларов, но через год был арестован и осуждён.
Теракт в Будёновске: В 1994 году в Моздоке «Альфа» выполняла ряд оперативных задач, среди которых была охрана спецпоезда с находившимся в нём министром обороны Павлом Грачёвым и главой МВД РФ Виктором Ериным. Старшие группы в операции — А. Н. Савельев и Ю. Г. Дёмин. С 1995 по 1996 годы её сотрудники участвовали в боевых действиях в Чеченской Республике Ичкерия (в том числе в Грозном) в качестве мобильных групп антитеррора (ночное усиление). Среди их миссий были охрана Дома правительства и здания УФСБ в чеченской столице; охрана секретаря Совета безопасности РФ О. И. Лобова, находившегося в зоне боевых действий; захват боевиков ЧРИ, сопровождение колонн с ЗАС, боеприпасами и продовольствием. Так, пять оперативников организовали безопасный проход одной военной колонны на протяжении 200 километров через сёла, где могли скрываться члены формирований ЧРИ. Оперативники нередко предугадывали действия чеченских сепаратистов: в одном из отчётов утверждалось, что в случае начала активных боевых действий в Грозном боевики предпримут попытки изоляции важнейших правительственных объектов.
Одним из самых тяжёлых и драматичных событий для «Альфы» стал теракт в Будённовске. 14 июня 1995 года в Будённовск на двух автомобилях «КамАЗ» ворвалась группа чеченских боевиков численностью около 200 человек во главе с Шамилем Басаевым, захватившая городскую больницу с медицинским персоналом и пациентами (всего около 2 тысяч человек). Террористы потребовали от российских властей немедленно прекратить боевые действия в Чечне и начать переговоры с президентом Чеченской Республики Ичкерия Джохаром Дудаевым. Для устрашения Басаев объявил, что казнит пять человек, а затем будет расстреливать по 10 человек каждые полчаса, пока не будут выполнены требования боевиков. Утром 17 июня в исключительно тяжёлых условиях сотрудники «Альфы» при поддержке отряда «Вега» предприняли штурм больницы: старшим группы был генерал-лейтенант А. В. Гусев. Ожидалось, что помощь будет оказывать подразделение внутренних дел «Витязь», которое должно было доставить 14 или 15 единиц бронетехники со станковыми пулемётами для подавления огневых точек в здании, поскольку с помощью ручного стрелкового оружия это было невозможно выполнить. Штурм шёл примерно с 5 часов утра, но не увенчался успехом. В распоряжении «Альфы» оказалось всего три единицы бронетехники, которые появились в разгар штурма, но были сожжены. Боевики прикрывались заложниками, выставляя их у окон, и обстреливали наступавших солдат из автоматов, пулемётов и гранатомётов из-за спин заложников, что не давало оперативникам возможности продвигаться вперёд и применять тяжёлое оружие. На протяжении более двух часов штурмующие находились под плотным огнём и не могли наступать, неся потери в живой силе и технике.