Вследствие провала штурма российские власти вынуждены были пойти на переговоры. Басаев связался по мобильному телефону с 1-м Председателем Правительства Российской Федерации Виктором Черномырдиным и добился обеспечения коридора для своих людей в обмен на освобождение заложников: сначала были освобождены роженицы и матери с грудными детьми (по некоторым данным, у боевиков к тому моменту заканчивались боеприпасы), а потом все остальные. Две штурмовые группы бойцов «Альфы», которые прорвались в здание больницы и завязали там бой, получили приказ отступить. Захватив с собой 123 заложника, боевики погрузились в автобусы и колонной направились в сторону Чечни, освободив всех недалеко от горного селения Зандак. В результате акции чеченских боевиков в Будённовске погибло 129 мирных граждан, 18 работников милиции, 18 военнослужащих (включая трёх сотрудников «Альфы» — майора В. В. Соловова, лейтенантов Д. В. Рябинкина и Д. Ю. Бурдяева). Среди казнённых боевиками во время теракта заложников были и мирные жители, и находившиеся на лечении в больнице раненые лётчики. 415 человек получили ранения различной степени тяжести. 22 июня в Клубе имени Дзержинского на Лубянке состоялось прощание с погибшими офицерами «Альфы».
Захват заложников в Будённовске стал одним из наиболее шокирующих эпизодов Первой чеченской войны, а командир группы «Альфа» Александр Гусев утверждал, что решение группы об отказе от штурма было единственным способом спасти жизни людей. Участвовавший в штурме офицер «Альфы» Константин Никитин утверждал, что в случае выхода оперативников на второй этаж была бы слишком высокая вероятность гибели заложников от пуль бойцов группы «А»: Допустим, что «Ашники» всё же вошли бы в больницу и вышли на второй этаж. Трудно даже предположить, как бы они выполняли задачу дальше, когда пространство между террористами и бойцами группы антитеррора забито заложниками. От чьих пуль больше бы пострадали они, и что бы началось, какая паника и сумятица в этой мясорубке?
Президент союза «Офицеры группы «Альфа» Алексей Филатов, бывший пулемётчиком группы во время штурма, в интервью «Московскому комсомольцу» заявил, что в случае доведения боя до конца группа потеряла бы около 70 % бойцов, половина заложников погибла бы от пуль оперативников, а другая половина была бы взорвана террористами вместе со зданием. Об этих возможных последствиях штурма члены штаба «Альфы» в Будённовске постоянно докладывали политическому руководству России, однако президент России Борис Ельцин настоял на силовом решении конфликта и штурме больницы.
Освобождения заложников в Махачкале и на Васильевском спуске: В 1995 году «Альфа» участвовала ещё в нескольких операциях по обезвреживанию преступников. В августе ими была задержана группа лиц, которая занималась перепродажей огнестрельного оружия, поступавшего из Северной Осетии в столицу. 20 сентября 1995 года им пришлось обезвреживать группу бандитов, которые после проверки документов захватили на махачкалинском автовокзале пассажирский автобус, который направлялся в Нальчик. Некоторое время спустя террористы выпустили из автобуса одну женщину, которая сообщила, что под залогом находятся девять мужчин, семь женщин и двое детей. Террористы, удерживавшие заложников, были обезврежены бойцами группы «А». Старшим в операции был командир группы, генерал-лейтенант А. В. Гусев.
14 октября 1995 года на Васильевском спуске в нескольких метрах от Кремля 34-летний предприниматель Виктор Сургай, вооружённый пистолетом ПМ и взрывным устройством, проник в автобус «Мерседес» с 25 южнокорейскими туристами и захватил их в заложники. Он потребовал 10 миллионов долларов США и самолёт, не указав конечный пункт вылета и пригрозив взорвать автобус в случае отказа (при этом он намекал, что собирается лететь на Кавказ и выпрыгнуть из самолёта с парашютом). С преступником велись длительные переговоры, в которых участвовал мэр Москвы Ю. М. Лужков, в то время как группа «А» под руководством командира, генерал-лейтенанта А. В. Гусева, вела разведку и намечала варианты действий, обеспечив снайперское прикрытие. В ходе переговоров Сургай отпустил всех удерживаемых женщин и трёх мужчин, снизив выкуп до миллиона долларов, однако проявлял крайнюю осторожность, что не давало оперативникам подготовиться к штурму. Получив 470 тысяч долларов, он потребовал ему предоставить оставшуюся сумму, легковую машину без водителя и право выезда в любой столичный аэропорт. В 22:38 по команде руководителя операции директора ФСБ М. И. Барсукова начался штурм автобуса силами групп Ю. Н. Торшина и В. Н. Демидкина: после того, как были разбиты стёкла, Сургай открыл огонь из пистолета и получил смертельное ранение в результате выстрела снайпера. В ходе штурма никто из заложников не пострадал.