Теракт на Дубровке: 23–26 октября 2002 года — Москва, Театральный центр на Дубровке. Группа террористов во главе с Мовсаром Бараевым, собравшись в Москве, взяла в заложники до 800 зрителей мюзикла «Норд-Ост», актёров и работников Театрального центра на Дубровке. Бараев и его люди потребовали прекратить боевые действия в Чечне, угрожая взорвать здание с помощью размещённых в зале мощных взрывных устройств и поясов смертников, скрытых на телах нескольких женщин. В ходе предварительных действий сотрудники ФСБ добились освобождения нескольких десятков человек из числа заложников, однако от рук террористов в зале погибли несколько людей. Силами Центра специального назначения ФСБ был предпринят штурм: с момента штурма и до захвата шахидок, сопровождавших Бараева, прошло около 15–18 секунд. В результате операции был уничтожен 41 террорист (в том числе главарь группы Мовсар Бараев), все террористки-смертницы были убиты выстрелами в голову с близкого расстояния. Освобождено более 750 заложников (из них 60 иностранцев), но 120 человек спасти не удалось. Для нейтрализации шахидок использовался усыпляющий газ, однако целесообразность его применения в присутствии большого числа заложников оспаривают до сих пор.
Ликвидации чеченских «амиров»: В течение 2003 года группа «А» работала в Чечне, занимаясь не только нейтрализацией незаконных вооружённых формирований, но и обнаруживая склады. Так, летом в одном из чеченских сёл группа во главе с майором В. А. Ульяновым обнаружила подозрительный дом, в котором могли скрываться сепаратисты, однако Ульянов предположил, что в доме находился схрон с оружием. Несмотря на то, что за день работы Ульянов не раскопал схрон, последующие группы подтвердили его догадку и обнаружили на большой глубине подпольный склад с оружием и боеприпасами. Осенью того же года состоялась очередная командировка группы «А» в Чечню, которая работала в горах и за время командировки взяла базу чеченских сепаратистов. Утром 8 сентября группа приступила к очередному заданию: в селении Ялхой-Мохк находились два «амира» (главари крупных группировок), которых надо было взять живыми для получения ценной информации, а рядом с селением была база. Оперативники для маскировки переоделись так, чтобы не отличаться от чеченцев. Ночью бойцы добрались до нужных позиций, а через несколько минут появились противники, вооружённые автоматами с подствольными гранатомётами и ручными гранатами. В первой группе работал майор В. А. Ульянов: одного «амира» удалось схватить живым, однако его охрана начала отстреливаться. В ходе перестрелки Ульянов получил тяжёлое ранение, от которого скончался. Второго «амира» захватить живым не удалось: в результате завязавшейся перестрелки он был уничтожен. Посмертно Ульянову было присвоено звание Героя России.
8 апреля 2004 года бойцы Управлений «А» и «В» участвовали в спецоперации по поиску и ликвидации Абубакара Висимбаева по кличке «Одноглазый Бакар», который был ближайшим подручным Шамиля Басаева и прошёл обучение диверсионному делу в одном из лагерей Хаттаба. Висимбаев был вербовщиком женщин-смертниц («шахидок»), готовившихся к совершению теракта на Дубровке, а также был причастен к серии взрывов (теракты на религиозном празднике в селении Илисхан-Юрт и в селе Знаменское, взрывы автобуса с персоналом базы ВВС и на территории военного госпиталя). Предварительные поиски в Грозном не дали ничего, и обе группы отправились в станицу Шелковская Наурского района, где было одно из убежищ Висимбаева. Когда они вошли в дом, где скрывался «Одноглазый», то при обыске комнат обнаружили двух женщин, ребёнка и молодого мужчину. Сотрудник «Альфы» майор Ю. Н. Данилин, открывая одну из больших комнат, попал под обстрел находившегося в здании боевика, и был тяжело ранен. Ранение Данилина оказалось смертельным, однако Висимбаева удалось уничтожить, а его подручного захватить в плен. Данилину посмертно было присвоено звание Героя России.
13 июля 2004 года «Альфа» понесла очередную потерю: в Грозном погиб прапорщик С. А. Цаплин, который осуществлял личную охрану и.о. президента Чеченской Республики Сергея Абрамова. Цаплин находился в автомобиле сопровождения, который был взорван в результате срабатывания радиоуправляемого фугаса.
Операция по освобождению заложников в Беслане: 1–3 сентября 2004 года — Беслан, Северная Осетия. Группа вооружённых боевиков под командованием Руслана Хучбарова по приказу Шамиля Басаева захватила свыше 1100 заложников в здании школы № 1; в первый же день ими были расстреляны более 20 заложников. 3 сентября в 13:05 в здании школы прогремели два мощных взрыва, после чего сотрудники ЦСН пошли на штурм. В ходе многочасовой операции были уничтожены 28 террористов (трое участников захвата, включая одну из смертниц, погибли в период с 1 по 2 сентября), один бандит был захвачен живым. Всего жертвами теракта стали 334 человека (в том числе 186 детей), свыше 800 человек получили ранения. Спасая заложников, погибли три сотрудника «Альфы» — майор А. В. Перов (Герой России посмертно), майор В. В. Маляров, прапорщик О. В. Лоськов, а также семеро бойцов «Вымпела».