Ликвидация Аслана Масхадова и Абу Хафса: 8 марта 2005 года — Толстой-Юрт, Чечня. Ликвидация президента Чеченской Республики Ичкерия Аслана Масхадова. Операция по задержанию Масхадова и его ближайшего окружения планировалась долго и тщательно: благодаря полученной в начале марта 2005 года информации удалось определить адрес убежища Масхадова. В ответ на предложение сдаться боевики ответили категорическим отказом. Оперативно-боевые группы ЦСН обезвредили бандитов, а сам Масхадов был застрелен своим же племянником.
26 ноября 2006 года — Хасавюрт, Республика Дагестан. Ликвидация Абу Хафса (настоящее имя — Фарис Юсейф Умейрат), представителя «Аль-Каиды», командира иностранных исламских боевиков на Северном Кавказе, финансиста «джихада» в Чечне и сопредельных регионах (вместе с ним уничтожены четверо человек). Силовая фаза операции началась на рассвете с уничтожения снайперами двоих боевиков, занявших оборону в частном доме; позже по воротам был произведён выстрел из гранатомёта, а затем на бронированном КамАЗе во двор дома ворвалась штурмовая группа. В ходе получасового боя все боевики были уничтожены.
Деятельность в Дагестане и Сирии: 13 мая 2009 года — Хасавюрт, Республика Дагестан. Уничтожение «амира» Хасавюртовской бандгруппы Арсена Асульбегова в районе горного селения Эндирей. В результате операции погиб капитан Р. К. Холбан.
С мая 2009 года и по настоящее время — Северный Кавказ. Проведение специальных операций на территории Северного Кавказа в составе оперативно-боевых групп Центра специального назначения ФСБ России. 4 ноября 2013 года группа «А» потеряла своего 30-го сотрудника за всю свою историю: погиб старший лейтенант А. А. Матюшин.
2 марта 2010 года — Экажево, Ингушетия. Ликвидация идеолога террористической организации «Имарат Кавказ» Саида Бурятского. Старший — Ю. Н. Торшин.
21 июня 2011 года — Кузнецовское, Дагестан. Бой против членов Кизлярской диверсионно-террористической группировки. В ходе боя погибли два сотрудника «Альфы» — майор И. С. Панин и капитан Р. А. Лашин; был тяжело ранен полковник С. А. Савчук, однако он выжил и вернулся в строй.
Зима 2014 года — Сочи. Обеспечение безопасности при проведении зимних Олимпийских игр.
19 апреля 2015 года — Буйнакск, Республика Дагестан. Спецоперация по ликвидации Алиасхаба Кебекова, лидера террористического движения «Имарат Кавказ».
С 2015–2016 годов — Сирия. Участие группы «А» в военной операции ВС РФ в Сирии: от подготовки батальонов военной полиции с участием инструкторов из «Альфы» до привлечения оперативников группы «А» к участию в наземных операциях. Имели место потери личного состава (майор С. И. Чернышов).
16—17 июня 2016 года — Дагестан. В Сулейман-Стальском районе ликвидирована банда террористов Гасана Абдуллаева («Абу Ясир»). В ходе нее погиб сотрудник «Альфы» подполковник И. В. Марьенков, посмертно удостоенный звания Героя России.
Командиры (начальники управления):
Виталий Дмитриевич Бубенин (5 сентября 1974 — 29 апреля 1977), генерал-майор в отставке, Герой Советского Союза.
Роберт Петрович Ивон (29 апреля — 10 ноября 1977), полковник.
Геннадий Николаевич Зайцев (10 ноября 1977 — 4 ноября 1988), генерал-майор в отставке, Герой Советского Союза.
Виктор Фёдорович Карпухин (4 ноября 1988 — 23 августа 1991), генерал-майор, Герой Советского Союза.
Михаил Васильевич Головатов (23 августа 1991 — 26 июня 1992), полковник в отставке.
Геннадий Николаевич Зайцев (4 июля 1992 — 31 января 1995), генерал-майор в отставке, Герой Советского Союза.
Александр Владимирович Гусев (31 января 1995 — 8 октября 1998), генерал-лейтенант запаса.
Александр Иванович Мирошниченко (8 октября 1998 — 18 декабря 1999), генерал-лейтенант.
Валентин Григорьевич Андреев (18 декабря 1999 — 19 июня 2003), генерал-лейтенант запаса.
Владимир Николаевич Винокуров (20 июня 2003 — 19 марта 2014), генерал-майор.
Герой Российской Федерации Валерий Владимирович Канакин (19 марта 2014 — июль 2019), генерал-майор, Герой Российской Федерации.
Кирилл Владимирович Курносов, полковник.
Заместители командира (заместители начальника управления):