В 1997 году во время освещения захвата заложника у посольства Швеции пресса утверждала, что погибший сотрудник группы «А» Анатолий Савельев скончался не от сердечного приступа, а от полученных огнестрельных ранений, и обвиняла группу в крайнем непрофессионализме и неоказании медицинской помощи соответствующими квалифицированными сотрудниками, хотя официальные данные говорили о том, что было всего одно ранение от срикошетившей пули, не являвшееся смертельным. Было возбуждено уголовное дело, однако в 2000 году следственное управление Главной военной прокуратуры сняло все обвинения с сотрудников ФСБ, признав, что все действия оперативников были законными и адекватными в соответствии со сложившейся ситуацией.
Ещё одно решение группы — о применении усыпляющего газа в 2002 году во время операции по освобождению заложников на Дубровке — подвергается критике со стороны некоторых родственников погибших заложников: родные и близкие некоторых погибших полагали, что газ стал одним из факторов, повлёкших смерть многих людей, которые уже страдали от обезвоживания и ослабления организма. В декабре 2011 года Европейский суд по правам человека поддержал претензии родственников погибших, заявив о плохой организации действий силовиков, чем и было обусловлено большое число погибших и пострадавших. Также ряд британских военнослужащих Особой воздушной службы и Королевской морской пехоты в 2004 году в интервью The Guardian критиковали действия сотрудников ЦСН ФСБ (в том числе оперативников групп «А» и «В») во время операции по освобождению заложников в Беслане, полагая, что оперативники действовали исключительно по ситуации, без предварительно разработанного плана. Вместе с тем британцы заявили, что в случае присутствия террористов-смертников в здании школы полицейским спецподразделениям других стран также пришлось бы отказаться от традиционной тактики. По их мнению, она не помогла бы бескровно разрешить кризисную ситуацию и спасти всех заложников.
Легенда об акте мести против «Хезболлы»: В общественности распространена городская легенда об участии группы «Альфа» в освобождении советских дипломатов из шиитского плена. 30 сентября 1985 года шииты из исламской экстремистской организации «Хезболла» похитили четверых советских дипломатов в Бейруте и расстреляли одного из них, Аркадия Каткова, подбросив тело на футбольный стадион и выдвинув ряд требований к советским властям (в том числе в плане прекращения военно-политической поддержки Сирии, занимавшей территорию Ливана). Согласно легенде, в ответ на эти действия группа «Альфа» прибыла в Бейрут, арестовала родственника одного из членов «Хезболлы», после чего над пленным совершили акт членовредительства, отрезав часть тела и отправив её представителям боевиков с угрозами расправы над остальными деятелями партии, если заложники не будут освобождены. После этого, согласно легенде, запуганная угрозами «Хезболла» немедленно освободила оставшихся в живых заложников — Валерия Мырикова, Николая Свирского и Олега Спирина. Первоисточниками этой легенды служат несколько публикаций в прессе начала 1986 года.
Дальнейшие описания событий давались в ряде книг, в том числе в книге сотрудника ЦРУ Роберта Бэра «Идеальное убийство: 21 правило киллера» (англ. The Perfect Kilclass="underline" 21 laws for assassins) и в книге Мэттью Льюитта «Хезболла: Глобальный след ливанской „Партии Бога“» (англ. Hezbollah: The Global Footprint of Lebanon's Party of God). В разных источниках приводятся разные описания того, что сделали с заложником: согласно Бэру, оперативники расчленили тело заложника и отправили его куски должностному лицу «Хезболлы», отдавшему приказ о похищении. Мэттью Льюитт цитировал другую, наиболее распространённую версию: группа «А» захватила в плен 12 шиитов, один из которых был кастрирован, а затем кастрированному заложнику прострелили голову и запихали гениталии в рот. Его тело отправили лично руководителю «Хезболлы» Имаду Мугнии, к телу прилагалось письмо со списком родственников всех членов «Хезболлы» и предупреждение: «Если советские дипломаты не будут освобождены, все остальные члены „Партии Бога“ закончат свою жизнь таким же образом, как этот человек». Также Льюиттом приводилась версия, что члену «Хезболлы» отрезали не то ухо, не то два пальца, отправив отрезанные части тела отдельными посылками по почте родственникам.