К моменту развала Советского Союза численность Группы «А» Седьмого управления КГБ СССР с учетом шести региональных подразделений (Хабаровск, Екатеринбург, Краснодар, Киев, Минск и Алма-Ата) составила пятьсот человек.
Информация о ней стала достоянием широкой общественности только в 1991 году. С подачи журналистов подразделение окрестили «Альфой». После ГКЧП оно было передано в состав Управления охраны при Аппарате Президента СССР, а затем в Главное управление охраны (ГУО) России.
Созданная для освобождения заложников и предотвращения угонов самолетов, Группа «А» постепенно преобразовалась в мощную структуру по борьбе с терроризмом во всех его проявлениях. Как показали дальнейшие события, рождение «Альфы» было своевременным и адекватным вызовом времени.
Знаковые операции Группы «АЛЬФА» КГБ-ФСБ. 1990-е годы:
Январь 1990 года. Азербайджанская ССР. «Альфа» и «Вымпел» совместно с учебным батальоном спецназа («Витязь») переброшены в город Баку. Во главе сводной группы спецназа находился Герой Советского Союза Геннадий Зайцев. Задача: нейтрализация лидеров Народного фронта Азербайджана (НФА), обеспечение защиты граждан (прежде всего советских, преследуемых представителями Народного фронта), недопущение свержения законного правительства республики, пресечение массовых беспорядков, выявление и задержание лиц, подозревавшихся в подрывной деятельности. Сотрудники Группы «А» обеспечивали безопасность первого секретаря Компартии Азербайджана Абдурахмана Визирова.
Январь-февраль 1990 года. Нагорный Карабах. Выполнение оперативных мероприятий в Степанакерте и на территории автономии совместно с сотрудниками «Вымпела».
12-13 февраля 1990 года. Город Душанбе, Таджикская ССР. Охрана зданий Центрального комитета Компартии Таджикистана и КГБ Таджикской ССР во время массовых антиправительственных выступлений, а также решение оперативных задач.
Май 1990 года. Операция «Капкан». Внедрение в среду подпольных торговцев оружием и захват лиц, причастных к этому криминальному бизнесу. Операция была проведена успешно, организаторы поставок были арестованы.
Август 1990 года. Город Ереван, Армянская ССР. Участие в нейтрализации особо опасной вооруженной группы — «банды Серого». Во время операции три уголовника были уничтожены, двое ранены, шестеро задержаны.
1990-е годы. Охрана Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II во время его архипастырских поездок в Прибалтику, на Западную Украину и на юг России.
11-15 августа 1990 года. Город Сухуми, Абхазская АССР. 22 сотрудника Группы «А» под командованием Героя Советского Союза Виктора Карпухина, а также 31 боец Учебного батальона спецназа («краповые береты») ОМСДОН имени Ф. Э. Дзержинского (командир — Сергей Лысюк) были срочно переброшены в Сухуми, где 75 уголовников захватили заложников в изоляторе временного содержания с огромным арсеналом конфискованного оружия. Во время переговоров главари выдвинули требование: предоставить им микроавтобус РАФ, чтобы они могли выехать за пределы ИВС, в горы.
Когда вооруженные бандиты вместе с заложниками погрузились в микроавтобус, группа захвата начала операцию по их обезвреживанию. Одновременно две группы начали штурм изолятора. Буквально за считанные секунды преступники в РАФе были обезврежены, заложники освобождены. Бандиты в изоляторе после недолгого сопротивления также сдались. Во время операции ранение получили сотрудник «Альфы» Игорь Орехов и один из бойцов «Витязя» Олег Лебедь.
Данная специальная операция не имеет аналогов в отечественной и мировой практике использования подразделений спецназа для освобождения захваченных бандитами заложников в учреждениях уголовно-исполнительной системы.
11-13 января 1991 года. Город Вильнюс, Литовская ССР. Сотрудники Группы «А», выполняя поставленную Михаилом Горбачёвым и КГБ СССР задачу, обеспечивали восстановление конституционного порядка: Группа «А» взяла под контроль Комитет по телевидению и радиовещанию, телевизионную вышку и радиопередающий центр. Старшие — заместитель командира Группы «А» Михаил Головатов и командир отделения Евгений Чудеснов.
Здания были окружены многочисленными сторонниками движения «Саюдис». Сотрудники Группы «А» взяли под контроль все три объекта и удерживали их до подхода подразделений внутренних войск. В ходе освобождения здания Комитета по телевидению и радиовещанию был убит лейтенант Виктор Викторович Шатских — он получил смертельное огнестрельное ранение в спину. Посмертно награжден орденом Красного Знамени.