7 июня 1991 года. Москва, Васильевский спуск. Вооруженный ножом преступник захватил в экскурсионном автобусе «Икарус», выехавшем с площади трех вокзалов, 7-летнюю Машу Пономаренко. В переговорах участвовал народный депутат СССР Аман Тулеев. В ходе стремительной операции террорист был обезврежен. Старший — заместитель командира Группы «А» Владимир Зайцев.
13 июня 1991 года. Москва. Аэропорт «Внуково». Пресечение попытки угона самолета Ту-154А Северо-Кавказского Управления гражданской авиации с 114 пассажирами на борту, выполнявшего рейс № 1174 по маршруту Москва — Ростов.
19-21 августа 1991 года. Москва. По приказу Председателя КГБ сотрудники Группы «А» блокировали в подмосковном поселке Архангельское-2 дачу, в которой находились Президент России Б. Н. Ельцин и лица из его ближайшего окружения. В дальнейшем, выполняя распоряжение руководства, они осуществляли рекогносцировку вокруг Белого дома.
20 августа перед командиром Группы «А» Героем Советского Союза Виктором Карпухиным в устной форме была поставлена задача: «Захватить Белый дом, интернировать правительство и руководство России». Для этого ему были приданы Группа «Вымпел» и силы МВД. Без больших человеческих жертв среди гражданского населения взять Белый дом было неосуществимо. Это было основной причиной отказа старших офицеров Группы «А» принимать участие в штурме.
5 декабря 1992 года. Москва. Аэропорт «Внуково». Освобождение 347 пассажиров (рейс Минеральные Воды — Москва), захваченных террористом-одиночкой.
Зима 1992 года. Северный Кавказ. Выполнение оперативных задач в зоне осетино-ингушского вооруженного конфликта совместно с сотрудниками «Вымпела». Старший — Герой Советского Союза Геннадий Зайцев.
1990-е годы. Сотрудники Группы «А» КГБ-ФСБ обеспечивали личную безопасность главы Русской Православной Церкви (РПЦ) во время поездок по стране и за рубежом. Командировки в Прибалтику, на Западную Украину, в Ростовскую область и город Волгодонск.
3-4 октября 1993 года. Москва. Дом Советов. Сотрудники Группы «А» и бойцы «Вымпела» приняли участие в разрешении острейшего политического кризиса, приведшего к массовым акциям неповиновения и боевым действиям в центре российской столицы. Отказавшись штурмовать Белый дом, они вступили в переговоры с защитниками парламента и вывели из горящего здания всех находившихся в нем людей. От пули снайпера погиб сотрудник Группы «А» младший лейтенант Геннадий Сергеев. Посмертно удостоен звания Героя России.
Командир Группы «А» — Герой Советского Союза генерал-майор Геннадий Зайцев, руководитель «Вымпела» — генерал-лейтенант Дмитрий Герасимов.
23-26 декабря 1993 года. Ростов-на-Дону — Краснодар — Минеральные Воды — Махачкала. Освобождение учительницы и 15 учеников 9-го класса «В» средней школы № 25 Ростова-на-Дону, захваченных вооруженной «бандой Казака». Старший — Герой Советского Союза Геннадий Зайцев.
26-27 мая 1994 года. Населенный пункт Кинжал (Ставропольский край) — Бачи-Юрт (Чечня). Освобождение 30 пассажиров экскурсионного автобуса «Икарус» со школьниками, их родителями и учителями, захваченных группой вооруженных чеченцев. Старший — Герой Советского Союза Геннадий Зайцев.
Весна-зима 1994 года. Город Моздок, Северная Осетия-Алания. Выполнение оперативных задач и охрана спецпоезда, в котором находились министр обороны Павел Грачёв и глава МВД Виктор Ерин. Старшие — Анатолий Савельев и Юрий Дёмин.
1995–1996 годы. Чеченская Республика. Сотрудники Группы «А» участвовали в боевых действиях, а также привлекались для ночного усиления в качестве мобильных групп антитеррора и дополнительной охраны Дома правительства и здания УФСБ в чеченской столице.
14-19 июня 1995 года. Группа хорошо вооруженных террористов численностью 195 человек, возглавляемая Шамилем Басаевым, захватила в заложники более 1600 жителей города Будённовска (Святой Крест), которых согнали в местную больницу. Тех, кто отказывался идти, расстреливали.
Террористы выдвинули требования российским властям: остановить военные действия в Чечне и вступить в переговоры с режимом Джохара Дудаева.
В ходе войсковой операции (командир «Альфы» — Александр Гусев) погибли сотрудники Группы «А» майор Владимир Соловов, лейтенанты Дмитрий Бурдяев и Дмитрий Рябинкин. Посмертно награждены орденами Мужества.
Август 1995 года. Москва — Северная Осетия-Алания. Задержание группы лиц, занимавшихся перепродажей огнестрельного оружия, поступавшего с Кавказа в столичный регион.
20 сентября 1995 года. Город Махачкала, Республика Дагестан. Освобождение пассажиров автобуса (маршрут Махачкала — Нальчик), захваченных двумя вооруженными террористами. Старший — Александр Гусев.