8 сентября 2003 года. Захват в селении Ялхой-Мохк Курчалоевского района Чечни «амира», главаря крупной банды. В ходе операции погиб сотрудник «Альфы» майор Владимир Ульянов. Посмертно удостоен звания Героя России.
8 апреля 2004 года. Ликвидация выученика Хаттаба и одного из ближайших подручных террориста № 1 Шамиля Басаева — Абу Бакара Висимбаева, отвечавшего за вербовку «черных вдов» для совершения акции на Дубровке. Станица Шелковская, Чеченская Республика. В ходе операции погиб сотрудник «Альфы» майор Юрий Данилин. Посмертно удостоен звания Героя России.
1-3 сентября 2004 года. Освобождение совместно с бойцами «Вымпела» большого числа заложников, удерживаемых бандой террористов в здании школы № 1. Город Беслан, Республика Северная Осетия-Алания.
В течение двух с половиной дней боевики удерживали в заминированном здании 1128 заложников (преимущественно детей, их родителей и сотрудников школы) в тяжелейших условиях, подвергая людей морально-психологическому и физическому террору.
В ходе предпринятой (после подрыва в спортзале СВУ) спасательной операции, не имеющей аналогов в мировой практике спецслужб, погибли десять сотрудников Центра специального назначения ФСБ России. В их числе трое из Управления «А»: майор Александр Перов (Герой России — посмертно), майор Вячеслав Маляров и прапорщик Олег Лоськов — награждены орденами «За заслуги перед Отечеством» IV степени с изображением мечей.
8 марта 2005 года. В составе оперативно-боевой группы ЦСН ФСБ России ликвидация главаря Ичкерии Аслана Масхадова. На острие атаки находились сотрудники Управления «А». Село Толстой-Юрт, Чеченская Республика.
26 ноября 2006 года. Хасавюртовский район, Республика Дагестан. Ликвидация представителя «Аль-Кайды» и главаря всех иностранных боевиков, одного из руководителей и финансистов «джихада» в Чечне и в сопредельных регионах араба Абу Хавса.
13 мая 2009 года. Уничтожение «амира» Хасавюртовской террористической группы Арсена Асульбегова в районе горного селения Эндирей, Дагестан. В ходе боя погиб сотрудник «Альфы» капитан Руслан Холбан. Награжден орденом «За заслуги перед Отечеством» IV степени.
Май 2009 года и по настоящее время. Уничтожение террористического подполья, проведение специальных операций на территории Северного Кавказа в составе оперативно-боевых групп Центра специального назначения ФСБ России.
2 марта 2010 года. Ликвидация сотрудниками ЦСН ФСБ России идеолога террористического «Имарата Кавказа» Саида Бурятского (Александра Тихомирова). Поселок Экажево, Ингушетия. Старший — Юрий Торшин.
Зима 2014 года. Обеспечение безопасности Зимних Олимпийских Игр в городе Сочи.
16-17 июня 2016 года. Уничтожение крупной банды террористов Гасана Абдуллаева («Ясир») в Сулейман-Стальском районе Республики Дагестан. В ходе нее погиб сотрудник «Альфы» подполковник Игорь Марьенков. Посмертно удостоен звания Героя России.
Специализацией сотрудников «Альфы», как и раньше, является нейтрализация террористов, захватывающих воздушные и водные суда, наземный транспорт, а также удерживающих заложников в зданиях.
Региональные подразделения:
30 июня 1984 г. Председатель КГБ СССР В.М. Чебриков подписал приказ о создании 7-го отделения Группы «А» с дислокацией в г. Хабаровске. Его первым командиром, а по должности он являлся заместителем начальника Группы «А», был назначен М.В. Головатов.
3 марта 1990 г. приказом Председателя Комитета государственной безопасности СССР В.?А. Крючкова от 3 марта 1990 года были внесены изменения в штат Седьмого управления КГБ. Этим приказом седьмое отделение в г. Хабаровске переименовывалось в 7-ю группу с увеличением своей численности.
Также были созданы новые подразделения — 10-е в Киеве (командир — П.Ф. Закревский), 11-е в Минске (командир — А.М. Лопанов), 12-е в Алма-Ате (командир — В.Н. Зорькин), 13-е в Краснодаре (командир — Г.А. Кузнецов) и 14-е в Свердловске (командир — С.А. Журавлёв).
Все они назывались группами в составе Группы «А» Седьмого управления. Штат — 45 человек в каждой.
К моменту развала Советского Союза численность Группы «А» с учетом региональных подразделений составила пятьсот человек. Информация о ней стала достоянием широкой общественности только в 1991 году. С подачи журналистов подразделение окрестили «Альфой». После ГКЧП оно было передано в состав Управления охраны при Аппарате Президента СССР, а затем в Главное управление охраны (ГУО) России.